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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50355 | |||||||||
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タイトル | dsDNA-FANCD2-FANCI complex | |||||||||
マップデータ | Consensus map dsDNA-D2-I complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | dsDNA-FANCD2-FANCI / Fanconi Anemia / D2-I complex / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Fanconi Anemia Pathway in DNA repair / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / condensed chromosome / interstrand cross-link repair / DNA polymerase binding / DNA repair / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Alcon P / Passmore LA | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: dsDNA-FANCD2-FANCI complex 著者: Alcon P / Passmore LA | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50355.map.gz | 278.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50355-v30.xml emd-50355.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_50355.png | 50.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50355.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_50355_additional_1.map.gz emd_50355_half_map_1.map.gz emd_50355_half_map_2.map.gz | 306.3 MB 278.2 MB 278.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50355 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50355 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9fffMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Consensus map dsDNA-D2-I complex | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened map dsDNA-D2-I complex
ファイル | emd_50355_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map dsDNA-D2-I complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 dsDNA-D2-I complex
ファイル | emd_50355_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 dsDNA-D2-I complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 dsDNA-D2-I complex
ファイル | emd_50355_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 dsDNA-D2-I complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : dsDNA-FANCD2-FANCI complex
全体 | 名称: dsDNA-FANCD2-FANCI complex |
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要素 |
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-超分子 #1: dsDNA-FANCD2-FANCI complex
超分子 | 名称: dsDNA-FANCD2-FANCI complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 310 MDa |
-分子 #1: Fanconi anemia protein FANCD2
分子 | 名称: Fanconi anemia protein FANCD2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 164.731344 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MVSKRKLSKI DAAEESSKTD LQSRCPETKR SRISDKRAPS QGGLENEGVF EELLRTSGII LKVGEGQNEI AVDQTAFQKK LRVALEKHP SYPGVVNEFI SGLESHIKDR SQFKNCLLPC TPARTEGSRT LVHSYCESLI KLLLGIKILQ PAVVTLLLEK I PEFFFDVV ...文字列: MVSKRKLSKI DAAEESSKTD LQSRCPETKR SRISDKRAPS QGGLENEGVF EELLRTSGII LKVGEGQNEI AVDQTAFQKK LRVALEKHP SYPGVVNEFI SGLESHIKDR SQFKNCLLPC TPARTEGSRT LVHSYCESLI KLLLGIKILQ PAVVTLLLEK I PEFFFDVV GTFGTNFPRL IVNQFKWLDG LLDSQDLVKK LMQMLSVSPV PIQHDIITSL PEILEDSQQN EVARELSCLL KQ GRRLTVP ILDALSRLDL DAELLAKVRQ SAMTIVPSVK LEDLPVVIKF ILHNVKAADA VEVISDLRKS LDLSSCVLPL QLL GSQRKL KSQAQASSSM SQVTTSQNCV KLLFDVIKLA VRFQKDVSEA WIKAIENSTS VSDHKVLDLI VLLLIHSTNS KNRK QTEKV LRSKIRLGCM PEQLMQNAFQ NHSMVIKDFF PSILSLAQTF LHSAHPAVVS FGSCMYKQAF AVFDSYCQQE VVCAL VTHV CSGNETELDI SLDVLTDLVI LHPSLLLRYA TFVKTILDSM QKLNPCQIRK LFYILSTLAF SQRQEGSYIQ DDMHMV IRK WLSSSVPNHK QMGIIGAVTM MGSVALKRNE ADGGLLERPE LSIECDGQLS TLLDLVGFCC EQTPEVLALY YDELANL IE KQKGNLDLQL LDKFGKSLVE DFPNDFVVDL SPTVDGSFLF PVKSLYNLDE DETQGAIAIN LLPLVSQSEP GRVADEMS N SRKRVVSPIC LSPCFRLLRL YTGEQNNGSL EEIDALLGCP LYLTDLEVEG KLDSLSKQER EFLCSLLFYA LNWFREVVN AFCQQQDAEM KGKVLTRLQN ITELQNVLGK CLAATPGYVP PPATFDSEAP EGVPSINAGG PVRKKNGKKR KSDSSKACSA ERTQADESS DGNQPDTELS ELEKSAAEKE TGNPLAQLQS YRPYFRELDL EVFSVLHCGL LTKSILDTEM HTEASEVVQL G PAELCFLL DDMCWKLEHV LTPGSTRRVP FLKERGNKDV GFSHLCQRSP KEVAVCVVKL LKPLCNHMEN MHNYFQTVIP NQ GVVDESG LNIQEYQLMS SCYHQLLLAF RLLFAWSGFS QHENSNLLRS ALQVLADRLK PGETEFLPLE ELISESFQYL LNF QASIPS FQCAFILTQV LMAISEKPMT GWKREKMASL AKQFLCQSWM KPGGDREKGS HFNSALHTLL CVYLEHTDNI LKAI EEISS VGVPELINSA KDGCSSTYPT LSRQTFPVFF RVMMAQLESS VKSIPAGKPS DSGEVQLEKL LKWNIAVRNF HILIN LVKV FDSRPVLSIC LKYGRLFVEA FLKLAMPLLD HSFKKHRDDV QSLLKTLQLS TRQLHHMCGH SKIHQDLGLT NHVPLL KKS LEQFVYRVKA MLAFNHCQEA FWVGVLKNRD LQGEEILSQA SAAPEEDSAE GSEEDTEDSA AEEPDGTDSD SGGAGRL EV LFQGPWSHPQ FEKGSAGSAA GSGAGWSHPQ FEK UniProtKB: Fanconi anemia protein FANCD2 |
-分子 #2: Fanconi anemia complementation group I
分子 | 名称: Fanconi anemia complementation group I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 149.458297 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAQRILQLAA EGSPERLQEA LQGLTEGELG DMVTRQALRG RETAALLKGI FKGSPCSQQS GVLRRLQVYK HCVSLVESGD LHVGKVSEI IGLLMLEARQ LPGHALAELA TLFVEVIKRG SLSNGKSLEL FSTVLTALSN SKESLAYGKG ELNGEEFKKQ L INTLCSSK ...文字列: MAQRILQLAA EGSPERLQEA LQGLTEGELG DMVTRQALRG RETAALLKGI FKGSPCSQQS GVLRRLQVYK HCVSLVESGD LHVGKVSEI IGLLMLEARQ LPGHALAELA TLFVEVIKRG SLSNGKSLEL FSTVLTALSN SKESLAYGKG ELNGEEFKKQ L INTLCSSK WDPQCVIHLA NMFRDIPLSG EELQFVVEKV LRMFSKLDLQ EIPPLVYQLL LLSAKGSKKT VLEGIISFFN QL DKRQKEE QRVPQSADLE VATVPLDQLR HVEGTVILHI VSAINLDQDI GEELIKHLKT EQQKDPGKAL CPFSVSLLLS TAV KHRLQE QIFDFLKTSI TRSCKDLQIL QASKFLQDLC PQQYDVTAVI LEVVKNSAFG WDHVTQGLVD LGFSLMESYE PKKS FGGKA AETNLGLSKM PAQQACKLGA SILLETFKVH EPIRSDILEQ VLNRVLTKAA SPVSHFIDLL SNIVVSAPLV LQNSS SRVT ETFDNLSFLP IDTVQGLLRA VQPLLKVSMS VRDSLILVLQ KAIFSRQLDA RKAAVAGFLL LLRNFKILGS LTSSQC SQA IGATQVQADV HACYNSAANE AFCLEILGSL RRCLSQQADV RLMLYEGFYD VLRRNSQLAS SIMETLLSQI KQYYLPQ QD LLPPLKLEGC IMAQGDQIFL QEPLAHLLCC IQHCLAWYKS TVHLCKGAED EEEEEDVGFE QNFEEMLESV TRRMIKSE L EDFELDKSAD FSPSSGVGVK NNIYAIQVMG ICEVLIEYNF KIGNFSKNKF EDVLGLFTCY NKLSEILKEK AGKNKSTLG NRIARSFLSM GFVSTLLTAL FRDNAQSHEE SLAVLRSSTE FMRYAVSVAL QKVQQLEEMG QTDGPDGQNP EKMFQNLCKI TRVLLWRYT SIPTAVEESG KKKGKSISLL CLEGLLRIFN TMQQLYAARI PQFLQALDIT DGDAEEADIN VTEKAAFQIR Q FQRSLVNQ LSSAEDDFNS KETQLLITIL STLSKLLDPG SQQFLQFLTW TVKICKENAL EDLSCCKGLL TLLFSLHVLY KS PVSLLRE LAQDIHACLG DIDQDVEIES RSHFAIVNVK TAAPTVCLLV LGQADKVLEE VDWLIKRLTI LGSDTSEDST QAS NQTQAL EKGVILQLGT LLTVFHELVQ TALPAGSCVD SLLRSLSKTY AILTSLIKHY IQACRSTSNT VPGRLEKLVK LSGS HLTPQ CYSFITYVQN IHSESLSFAE EKKKKKKEDE TAVVSTVMAK VLRDTKPIPN LIFAIEQYEK FLIHLSKKSK VNLMQ YMKL STSRDFRINA SMLDSVLQEQ NTEDAENEPD NNQSGTAEQP DENQEPQKKR RRKK UniProtKB: Fanconi anemia complementation group I |
-分子 #3: DNA (32-MER)
分子 | 名称: DNA (32-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.891366 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DA) |
-分子 #4: DNA (33-MER)
分子 | 名称: DNA (33-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 10.133539 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |