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- EMDB-50339: Cryo-EM structure of Trypanosoma cruzi glycosomal malate dehydrogenase -
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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Trypanosoma cruzi glycosomal malate dehydrogenase | |||||||||
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![]() | Oxidoreductase / Tetramer / Metabolic enzyme | |||||||||
機能・相同性 | ![]() malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | |||||||||
![]() | Lipinski O / Sonani RR / Blat A / Jemiola-Rzeminska M / Patel SN / Sood T / Dubin G | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Trypanosoma cruzi glycosomal malate dehydrogenase 著者: Lipinski O / Sonani RR / Blat A / Jemiola-Rzeminska M / Patel SN / Sood T / Dubin G | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 38.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 172.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 37.8 MB 37.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9feeMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50339_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50339_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Tetrameric complex of glycosomal malate dehydrogenase
全体 | 名称: Tetrameric complex of glycosomal malate dehydrogenase |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrameric complex of glycosomal malate dehydrogenase
超分子 | 名称: Tetrameric complex of glycosomal malate dehydrogenase タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: malate dehydrogenase
分子 | 名称: malate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: malate dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 35.13798 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAHHHHHHMV NVAVIGAAGG IGQSLSLLLL RELPFGSTLS LYDVVGAPGV AADLSHIDRA GITVKHAAGK LPPVPRDPAL TELAEGVDV FVIVAGVPRK PGMTRDDLFN VNAGIVMDLV LTCASVSPNA CFCIVTNPVN STTPIAAQTL RKIGVYNKNK L LGVSLLDG ...文字列: MAHHHHHHMV NVAVIGAAGG IGQSLSLLLL RELPFGSTLS LYDVVGAPGV AADLSHIDRA GITVKHAAGK LPPVPRDPAL TELAEGVDV FVIVAGVPRK PGMTRDDLFN VNAGIVMDLV LTCASVSPNA CFCIVTNPVN STTPIAAQTL RKIGVYNKNK L LGVSLLDG LRATRFINNA RHPLVVPYVP VVGGHSDVTI VPLYSQIPGP LPDESTLKEI RKRVQVAGTE VVKAKAGRGS AT LSMAEAG ARFTMHVVKA LMGLDTPMVY AYVDTDGEHE CPFLAMPVVL GKNGIERRLP IGPITTVEKE MLEEAVGVVK KNI AKGETF ARSKL UniProtKB: malate dehydrogenase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 42.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 312103 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |