[日本語] English
![](img/lk-miru.gif)
- EMDB-50272: Additional cryo-EM structure of cardiac amyloid AL59 - mixed polymorph -
+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Additional cryo-EM structure of cardiac amyloid AL59 - mixed polymorph | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | systemic AL amyloid fibril / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
![]() | Schulte T / Speranzini V / Chaves-Sanjuan A / Milazzo M / Ricagno S | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Helical superstructures between amyloid and collagen in cardiac fibrils from a patient with AL amyloidosis. 著者: Schulte T / Chaves-Sanjuan A / Speranzini V / Sicking K / Milazzo M / Mazzini G / Rognoni P / Caminito S / Milani P / Marabelli C / Corbelli A / Diomede L / Fiordaliso F / Anastasia L / ...著者: Schulte T / Chaves-Sanjuan A / Speranzini V / Sicking K / Milazzo M / Mazzini G / Rognoni P / Caminito S / Milani P / Marabelli C / Corbelli A / Diomede L / Fiordaliso F / Anastasia L / Pappone C / Merlini G / Bolognesi M / Nuvolone M / Fernandez-Busnadiego R / Palladini G / Ricagno S | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.889 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form
全体 | 名称: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form
超分子 | 名称: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Amyloid fibrils extracted ex vivo from cardiac tissue of AL patient |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)
分子 | 名称: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.923335 KDa |
配列 | 文字列: SFELTQPSSV SVSPGQTANI TCSGGYLGET YRSWYQQKPG QSPVLVIYQS SKRPSGIPGR FSGSNSGNTA TLTISGTQPL DEADYFCQA WDFTSVVFGG GTKLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATL |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2049 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 120000 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.9058 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -0.7381 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12355 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |