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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the icosahedral lumazine synthase from Vicia faba. | |||||||||
![]() | Sharpened map (from RELION Postprocess) | |||||||||
![]() |
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![]() | icosahedral enzyme / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / Lumazine synthase / riboflavin synthase complex / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / riboflavin biosynthetic process / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
![]() | Chee M / Trapani S / Hoh F / Lai Kee Him J / Yvon M / Blanc S / Bron P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the icosahedral lumazine synthase from Vicia faba. 著者: Chee M / Trapani S / Hoh F / Lai Kee Him J / Yvon M / Blanc S / Bron P | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 117 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 231.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 95 MB 95.8 MB 95.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9ez8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map (from RELION Postprocess) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2625 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_50071_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50071_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50071_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Icosahedral 60-mer
全体 | 名称: Icosahedral 60-mer |
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要素 |
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-超分子 #1: Icosahedral 60-mer
超分子 | 名称: Icosahedral 60-mer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 1.45 MDa |
-分子 #1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
分子 | 名称: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 16.505764 KDa |
配列 | 文字列: AVRHLTGSVT RTQGLRFAVV VARFNEIITR PLLEGALGTF KNYSVQDEDI DVVWVPGCFE IGAVATRLGK SGKYHAIICI GAVIRGDTT HYDAVANSAA SGVLSAGLNS GVPCIFGVLT CEDMDQAINR AGGKSGNKGA EAALTAIEMA SLFEHHLQ UniProtKB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 7.34 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other / 詳細: poly-Ala model manually built using Coot |
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得られたモデル | ![]() PDB-9ez8: |