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- PDB-4v4o: Crystal Structure of the Chaperonin Complex Cpn60/Cpn10/(ADP)7 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4o
タイトルCrystal Structure of the Chaperonin Complex Cpn60/Cpn10/(ADP)7 from Thermus Thermophilus
要素
  • cpn10(GroES)
  • cpn60(GroEL)
キーワードCHAPERONE / chaperonin / groel / groes / cpn60 / cpn10 / hsp60 / hsp10 / folding / ADP / ATP
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperonin ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / protein refolding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / GroES-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chaperonin GroEL / Co-chaperonin GroES
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shimamura, T. / Koike-Takeshita, A. / Yokoyama, K. / Masui, R. / Murai, N. / Yoshida, M. / Taguchi, H. / Iwata, S.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the native chaperonin complex from Thermus thermophilus revealed unexpected asymmetry at the cis-cavity
著者: Shimamura, T. / Koike-Takeshita, A. / Yokoyama, K. / Masui, R. / Murai, N. / Yoshida, M. / Taguchi, H. / Iwata, S.
履歴
登録2004年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1WE3, 1WF4
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cpn60(GroEL)
B: cpn60(GroEL)
C: cpn60(GroEL)
D: cpn60(GroEL)
E: cpn60(GroEL)
F: cpn60(GroEL)
G: cpn60(GroEL)
H: cpn60(GroEL)
I: cpn60(GroEL)
J: cpn60(GroEL)
K: cpn60(GroEL)
L: cpn60(GroEL)
M: cpn60(GroEL)
N: cpn60(GroEL)
O: cpn10(GroES)
P: cpn10(GroES)
Q: cpn10(GroES)
R: cpn10(GroES)
S: cpn10(GroES)
T: cpn10(GroES)
U: cpn10(GroES)
a: cpn60(GroEL)
b: cpn60(GroEL)
c: cpn60(GroEL)
d: cpn60(GroEL)
e: cpn60(GroEL)
f: cpn60(GroEL)
g: cpn60(GroEL)
h: cpn60(GroEL)
i: cpn60(GroEL)
j: cpn60(GroEL)
k: cpn60(GroEL)
l: cpn60(GroEL)
m: cpn60(GroEL)
n: cpn60(GroEL)
o: cpn10(GroES)
p: cpn10(GroES)
q: cpn10(GroES)
r: cpn10(GroES)
s: cpn10(GroES)
t: cpn10(GroES)
u: cpn10(GroES)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,782,77084
ポリマ－1,775,35542
非ポリマー7,41542
水00
1
A: cpn60(GroEL)
B: cpn60(GroEL)
C: cpn60(GroEL)
D: cpn60(GroEL)
E: cpn60(GroEL)
F: cpn60(GroEL)
G: cpn60(GroEL)
H: cpn60(GroEL)
I: cpn60(GroEL)
J: cpn60(GroEL)
K: cpn60(GroEL)
L: cpn60(GroEL)
M: cpn60(GroEL)
N: cpn60(GroEL)
O: cpn10(GroES)
P: cpn10(GroES)
Q: cpn10(GroES)
R: cpn10(GroES)
S: cpn10(GroES)
T: cpn10(GroES)
U: cpn10(GroES)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)891,38542
ポリマ－887,67721
非ポリマー3,70721
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
a: cpn60(GroEL)
b: cpn60(GroEL)
c: cpn60(GroEL)
d: cpn60(GroEL)
e: cpn60(GroEL)
f: cpn60(GroEL)
g: cpn60(GroEL)
h: cpn60(GroEL)
i: cpn60(GroEL)
j: cpn60(GroEL)
k: cpn60(GroEL)
l: cpn60(GroEL)
m: cpn60(GroEL)
n: cpn60(GroEL)
o: cpn10(GroES)
p: cpn10(GroES)
q: cpn10(GroES)
r: cpn10(GroES)
s: cpn10(GroES)
t: cpn10(GroES)
u: cpn10(GroES)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)891,38542
ポリマ－887,67721
非ポリマー3,70721
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.378, 156.424, 273.153
Angle α, β, γ (deg.)82.88, 85.35, 68.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 ...
cpn60(GroEL) / 60 kDa chaperonin


分子量: 57965.238 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P61490
#2: タンパク質
cpn10(GroES) / 10 kDa chaperonin


分子量: 10880.584 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P61492
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG4000, NaCl, MgCl2, DMSO, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: -1.5 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
AMoRE位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→39.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 5976085.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 12690 3 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 429625 81.3 %-
all-647041 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.5177 Å2 / ksol: 0.316722 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-11.2 Å2-5.95 Å2
2---1.37 Å22.42 Å2
3---1.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.69 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数60415 0 224 0 60639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 1717 2.9 %
Rwork0.376 56941 -
obs--66.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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