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- PDB-4v3p: The molecular structure of the left-handed supra-molecular helix ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v3p
タイトルThe molecular structure of the left-handed supra-molecular helix of eukaryotic polyribosomes
要素
  • (40S WHEAT GERM ...) x 2
  • (40S ribosomal protein ...) x 21
  • (60S acidic ribosomal protein ...) x 2
  • (60S ribosomal protein ...) x 27
  • (Ribosomal protein ...) x 12
  • (Unknown 40S wheat germ ribosome protein ...) x 4
  • (Unknown 60S wheat germ ribosome protein ...) x 5
  • 18S ribosomal RNA
  • 26S ribosomal RNA
  • 40S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • G protein beta subunit
  • Putative 40S ribosomal protein S3
  • Ribosomal L32
  • Ribosomal Pr 117
  • Ribosomal protein
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40-1
キーワードRIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic translational elongation / protein kinase activator activity / translational elongation / ribonucleoprotein complex binding / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...cytoplasmic translational elongation / protein kinase activator activity / translational elongation / ribonucleoprotein complex binding / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / signal transduction / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein P2 / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. ...Ribosomal protein P2 / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19e signature. / : / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L1p/L10e family / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L13
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L37a, expressed / Small ribosomal subunit protein uS14 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein P1 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L37a, expressed / Small ribosomal subunit protein uS14 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein P1 / Ribosomal protein L7 / Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein l34 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein L13a / Ribosomal protein L11 / Ribosomal protein / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal Pr 117 / Ribosomal protein L19 / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL29 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta / Uncharacterized protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34 Å
データ登録者Myasnikov, A.G. / Afonina, Z.A. / Menetret, J.F. / Shirokov, V.A. / Spirin, A.S. / Klaholz, B.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The molecular structure of the left-handed supra-molecular helix of eukaryotic polyribosomes.
著者: Alexander G Myasnikov / Zhanna A Afonina / Jean-François Ménétret / Vladimir A Shirokov / Alexander S Spirin / Bruno P Klaholz /
要旨: During protein synthesis, several ribosomes bind to a single messenger RNA (mRNA) forming large macromolecular assemblies called polyribosomes. Here we report the detailed molecular structure of a ...During protein synthesis, several ribosomes bind to a single messenger RNA (mRNA) forming large macromolecular assemblies called polyribosomes. Here we report the detailed molecular structure of a 100 MDa eukaryotic poly-ribosome complex derived from cryo electron tomography, sub-tomogram averaging and pseudo-atomic modelling by crystal structure fitting. The structure allowed the visualization of the three functional parts of the polysome assembly, the central core region that forms a rather compact left-handed supra-molecular helix, and the more open regions that harbour the initiation and termination sites at either ends. The helical region forms a continuous mRNA channel where the mRNA strand bridges neighbouring exit and entry sites of the ribosomes and prevents mRNA looping between ribosomes. This structure provides unprecedented insights into protein- and RNA-mediated inter-ribosome contacts that involve conserved sites through 40S subunits and long protruding RNA expansion segments, suggesting a role in stabilizing the overall polyribosomal assembly.
履歴
登録2014年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Atomic model
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: diffrn / entity / refine / Item: _entity.pdbx_description / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.32017年7月26日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev
改定 1.42017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_software / struct_conn
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.52018年6月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_caveat / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.name
改定 1.62018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.72018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.82019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.92025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
Sa: G protein beta subunit
SA: 40S ribosomal protein SA
SB: Putative 40S ribosomal protein S3
SD: 40S ribosomal protein S4
SE: 40S ribosomal protein S2
SF: 40S ribosomal protein S5
SI: 40S ribosomal protein S16
SJ: 40S ribosomal protein S20
SK: 40S ribosomal protein S14
SL: 40S ribosomal protein S23
SM: 40S ribosomal protein S18
SO: 40S ribosomal protein S13-1
SQ: 40S ribosomal protein S17-4
SP: 40S ribosomal protein S11
SS: 40S ribosomal protein S19
SR: 40S ribosomal protein S15
SV: 40S ribosomal protein S25
SW: 40S WHEAT GERM RIBOSOME1
SY: 40S ribosomal protein S28
SZ: 40S ribosomal protein S30
Sc: Unknown 40S wheat germ ribosome protein 2
Sb: Unknown 40S wheat germ ribosome protein 3
SU: Unknown 40S wheat germ ribosome protein 3
SX: 40S ribosomal protein S27
SC: 40S ribosomal protein S9
SG: Unknown 40S wheat germ ribosome protein 4
SH: Ribosomal protein S15
SN: 40S ribosomal protein S29
ST: 40S ribosomal protein S21
S3: 40S WHEAT GERM RIBOSOME protein 4
S2: 40S ribosomal RNA
S1: 18S ribosomal RNA
L1: 26S ribosomal RNA
L3: 5S ribosomal RNA
L2: 5.8S ribosomal RNA
LA: Ribosomal protein
LB: 60S ribosomal protein L2
LE: Ribosomal protein L11
LF: 60S ribosomal protein L9
LH: 60S ribosomal protein L7a
LM: Ribosomal Pr 117
LP: Ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L27a-3
LR: 60S ribosomal protein L18
LQ: 60S ribosomal protein L5
LT: Ribosomal protein L19
LU: 60S ribosomal protein L21
LV: 60S ribosomal protein L17
LX: 60S ribosomal protein L23a
LZ: 60S ribosomal protein L24
LY: 60S ribosomal protein L26
Lb: 60S ribosomal protein l28
Ld: 60S ribosomal protein L29
Lf: 60S ribosomal protein L30
Lg: 60S ribosomal protein L31
Lh: Ribosomal L32
Ll: Ribosomal protein L37
Ln: 60S ribosomal protein L38
Lo: Ribosomal protein L39
Lr: 60S ribosomal protein L44
Lq: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 1
Ly: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 2
Lz: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 3
LG: 60S ribosomal protein L6
LL: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 5
LN: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 6
LS: 60S ribosomal protein L18a
LW: 60S ribosomal protein L22
La: 60S ribosomal protein L27
Li: Ribosomal protein l34
Lj: ribosomal protein L35A
Lk: 60S ribosomal protein L36
Lp: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40-1
Lx: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 2
LJ: 60S ribosomal protein L12
Lt: Ribosomal protein P1
Lu: Ribosomal protein P1
Lv: 60S acidic ribosomal protein P2A
Lw: 60S acidic ribosomal protein P2A
Lc: 60S ribosomal protein L35
Le: Ribosomal protein L7
Ls: 60S acidic ribosomal protein P0
LC: Ribosomal protein L3
LD: 60S ribosomal protein L4/L1
LK: Ribosomal protein L13a
Lm: 60S ribosomal protein L37a, expressed
LI: 60S ribosomal protein L10-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,001,44587
ポリマ－3,001,44587
非ポリマー00
水00
1
Sa: G protein beta subunit
SA: 40S ribosomal protein SA
SB: Putative 40S ribosomal protein S3
SD: 40S ribosomal protein S4
SE: 40S ribosomal protein S2
SF: 40S ribosomal protein S5
SI: 40S ribosomal protein S16
SJ: 40S ribosomal protein S20
SK: 40S ribosomal protein S14
SL: 40S ribosomal protein S23
SM: 40S ribosomal protein S18
SO: 40S ribosomal protein S13-1
SQ: 40S ribosomal protein S17-4
SP: 40S ribosomal protein S11
SS: 40S ribosomal protein S19
SR: 40S ribosomal protein S15
SV: 40S ribosomal protein S25
SW: 40S WHEAT GERM RIBOSOME1
SY: 40S ribosomal protein S28
SZ: 40S ribosomal protein S30
Sc: Unknown 40S wheat germ ribosome protein 2
Sb: Unknown 40S wheat germ ribosome protein 3
SU: Unknown 40S wheat germ ribosome protein 3
SX: 40S ribosomal protein S27
SC: 40S ribosomal protein S9
SG: Unknown 40S wheat germ ribosome protein 4
SH: Ribosomal protein S15
SN: 40S ribosomal protein S29
ST: 40S ribosomal protein S21
S3: 40S WHEAT GERM RIBOSOME protein 4
S2: 40S ribosomal RNA
S1: 18S ribosomal RNA
L1: 26S ribosomal RNA
L3: 5S ribosomal RNA
L2: 5.8S ribosomal RNA
LA: Ribosomal protein
LB: 60S ribosomal protein L2
LE: Ribosomal protein L11
LF: 60S ribosomal protein L9
LH: 60S ribosomal protein L7a
LM: Ribosomal Pr 117
LP: Ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L27a-3
LR: 60S ribosomal protein L18
LQ: 60S ribosomal protein L5
LT: Ribosomal protein L19
LU: 60S ribosomal protein L21
LV: 60S ribosomal protein L17
LX: 60S ribosomal protein L23a
LZ: 60S ribosomal protein L24
LY: 60S ribosomal protein L26
Lb: 60S ribosomal protein l28
Ld: 60S ribosomal protein L29
Lf: 60S ribosomal protein L30
Lg: 60S ribosomal protein L31
Lh: Ribosomal L32
Ll: Ribosomal protein L37
Ln: 60S ribosomal protein L38
Lo: Ribosomal protein L39
Lr: 60S ribosomal protein L44
Lq: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 1
Ly: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 2
Lz: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 3
LG: 60S ribosomal protein L6
LL: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 5
LN: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 6
LS: 60S ribosomal protein L18a
LW: 60S ribosomal protein L22
La: 60S ribosomal protein L27
Li: Ribosomal protein l34
Lj: ribosomal protein L35A
Lk: 60S ribosomal protein L36
Lp: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40-1
Lx: Unknown 60S wheat germ ribosome protein 2
LJ: 60S ribosomal protein L12
Lt: Ribosomal protein P1
Lu: Ribosomal protein P1
Lv: 60S acidic ribosomal protein P2A
Lw: 60S acidic ribosomal protein P2A
Lc: 60S ribosomal protein L35
Le: Ribosomal protein L7
Ls: 60S acidic ribosomal protein P0
LC: Ribosomal protein L3
LD: 60S ribosomal protein L4/L1
LK: Ribosomal protein L13a
Lm: 60S ribosomal protein L37a, expressed
LI: 60S ribosomal protein L10-1
x 23


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,033,2262001
ポリマ－69,033,2262001
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation22
手法PISA

-
要素

+
タンパク質 , 5種, 5分子 SaSBLALMLh

#1: タンパク質 G protein beta subunit


分子量: 41794.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8LNY6
#3: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S3


分子量: 23255.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L804
#36: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 24604.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L3
#41: タンパク質 Ribosomal Pr 117


分子量: 15040.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7X9K1, UniProt: Q5I7K4*PLUS
#56: タンパク質 Ribosomal L32


分子量: 15740.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
40S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 SASDSESFSISJSKSLSMSOSQSPSSSRSVSYSZSXSCSNST

#2: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 28723.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 22822.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 28859.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 21249.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 14466.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 14070.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 12858.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15696.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17702.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S13-1


分子量: 13904.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S17-4


分子量: 16461.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 9809.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16414.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 10153.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 11071.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 6535.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6953.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#24: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S27


分子量: 5438.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22629.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#28: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S29


分子量: 5465.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K3
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9266.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
40S WHEAT GERM ... , 2種, 2分子 SWS3

#18: タンパク質 40S WHEAT GERM RIBOSOME1


分子量: 7847.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#30: RNA鎖 40S WHEAT GERM RIBOSOME protein 4


分子量: 3498.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
Unknown 40S wheat germ ribosome protein ... , 4種, 4分子 ScSbSUSG

#21: タンパク質・ペプチド Unknown 40S wheat germ ribosome protein 2


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#22: タンパク質・ペプチド Unknown 40S wheat germ ribosome protein 3


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#23: タンパク質 Unknown 40S wheat germ ribosome protein 3


分子量: 11259.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#26: タンパク質 Unknown 40S wheat germ ribosome protein 4


分子量: 12188.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
Ribosomal protein ... , 12種, 13分子 SHLELPLTLlLoLiLjLtLuLeLCLK

#27: タンパク質 Ribosomal protein S15


分子量: 14825.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#38: タンパク質 Ribosomal protein L11


分子量: 19717.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L2
#42: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 23118.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#46: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 22478.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7XY20
#57: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10823.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#59: タンパク質 Ribosomal protein L39


分子量: 6528.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K7
#70: タンパク質 Ribosomal protein l34


分子量: 13808.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K8
#71: タンパク質 ribosomal protein L35A


分子量: 11858.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#75: タンパク質 Ribosomal protein P1 / Uncharacterized protein


分子量: 6155.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K5
#78: タンパク質 Ribosomal protein L7


分子量: 28175.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K6
#80: タンパク質 Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3-A1 / Ribosomal protein L3A-1 / Uncharacterized protein


分子量: 44720.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7X744
#82: タンパク質 Ribosomal protein L13a / Uncharacterized protein


分子量: 23581.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L1

+
RNA鎖 , 5種, 5分子 S2S1L1L3L2

#31: RNA鎖 40S ribosomal RNA


分子量: 24135.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#32: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 562064.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#33: RNA鎖 26S ribosomal RNA


分子量: 1084820.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#34: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38716.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: 21661
#35: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 51270.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: 17016972

+
60S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 LBLFLHLOLRLQLULVLXLZLYLbLdLfLgLnLrLGLSLWLaLkLJLcLDLmLI

#37: タンパク質 60S ribosomal protein L2


分子量: 27692.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21382.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 22910.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L27a-3


分子量: 15834.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 18349.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L0
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34723.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18691.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5EIT2
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 19536.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 14047.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 9050.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 14966.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#52: タンパク質 60S ribosomal protein l28


分子量: 8227.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#53: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L29


分子量: 2830.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 12294.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K9
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 13719.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8053.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L44


分子量: 12174.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 24589.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L4
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20148.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 12298.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 11154.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 8758.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L5
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L12


分子量: 13754.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14401.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L805
#81: タンパク質 60S ribosomal protein L4/L1


分子量: 41218.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#83: タンパク質 60S ribosomal protein L37a, expressed / Chromosome 3B / genomic scaffold / cultivar Chinese Spring / Uncharacterized protein


分子量: 10266.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: D8L9P6
#84: タンパク質 60S ribosomal protein L10-1


分子量: 21290.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
Unknown 60S wheat germ ribosome protein ... , 5種, 6分子 LqLyLxLzLLLN

#61: タンパク質・ペプチド Unknown 60S wheat germ ribosome protein 1


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#62: タンパク質・ペプチド Unknown 60S wheat germ ribosome protein 2


分子量: 1720.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#63: タンパク質・ペプチド Unknown 60S wheat germ ribosome protein 3


分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#65: タンパク質 Unknown 60S wheat germ ribosome protein 5


分子量: 15507.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#66: タンパク質 Unknown 60S wheat germ ribosome protein 6


分子量: 15418.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Lp

#73: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-60S ribosomal protein L40-1


分子量: 4973.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
60S acidic ribosomal protein ... , 2種, 3分子 LvLwLs

#76: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P2A


分子量: 6355.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5AP46
#79: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 28410.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: POLY-RIBOSOME FROM IN VITRO WHEAT GERM SYSTEM / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 25MM HEPES-KOH, 3MM MG(OAC)2, 85MM KOAC,1.6MM DTT, 0.25MM SPERMIDINE
pH: 7.6
詳細: 25MM HEPES-KOH, 3MM MG(OAC)2, 85MM KOAC,1.6MM DTT, 0.25MM SPERMIDINE
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 --CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY-95, TEMPERATURE- 120,INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- 3UL OF SAMPLE APPLIED ON 300 MESH HOLY CARBON QUANTIFOIL GRID. BLOTTING WAS DONE IN ...詳細: VITRIFICATION 1 --CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY-95, TEMPERATURE- 120,INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- 3UL OF SAMPLE APPLIED ON 300 MESH HOLY CARBON QUANTIFOIL GRID. BLOTTING WAS DONE IN VITROBOT MARK IV, BLOT TIME 0.5 SEC, BLOT FORCE 5

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2013年1月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 150 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 倍率（補正後）: 41176 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 90 K / 傾斜角・最大: 70 ° / 傾斜角・最小: -70 °
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2IMAGIC３次元再構成
3IMOD３次元再構成
4Xmipp３次元再構成
3次元再構成手法: MAXIMUM LIKELIHOOD / 解像度: 34 Å / 粒子像の数: 106 / ピクセルサイズ（実測値）: 6.8 Å / 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 3IZ6

3iz6
PDB 未公開エントリ


Accession code: 3IZ6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 34 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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