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- PDB-4cr4: Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the confor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cr4
タイトルDeep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome
要素
  • (26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT ...) x 5
  • (26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT ...) x 12
  • (PROTEASOME COMPONENT ...) x 14
  • 26S PROTEASE SUBUNIT RPT4
  • 26S PROTEASOME COMPLEX SUBUNIT SEM1
キーワードHYDROLASE / AAA-ATPASE / ATP-ANALOG / CLASSIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


SAGA complex localization to transcription regulatory region / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / proteasome regulatory particle assembly / transcription export complex 2 / protein deneddylation / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome ...SAGA complex localization to transcription regulatory region / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / proteasome regulatory particle assembly / transcription export complex 2 / protein deneddylation / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle / protein-containing complex localization / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / mitochondrial fission / proteasome regulatory particle, base subcomplex / metal-dependent deubiquitinase activity / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / nonfunctional rRNA decay / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / peptide catabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / proteasome binding / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / regulation of protein catabolic process / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein deubiquitination / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / mRNA export from nucleus / enzyme regulator activity / ERAD pathway / Neutrophil degranulation / protein folding chaperone / proteasome complex / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of protein catabolic process / metallopeptidase activity / peroxisome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / endopeptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cysteine-type deubiquitinase activity / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / protein domain specific binding / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rpn9, C-terminal helix / Rpn9 C-terminal helix / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1 / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1, Pru domain superfamily / Rpn13/ADRM1, Pru domain / Proteasome complex subunit Rpn13, Pru domain / Pru (pleckstrin-like receptor for ubiquitin) domain profile. / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 ...Rpn9, C-terminal helix / Rpn9 C-terminal helix / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1 / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1, Pru domain superfamily / Rpn13/ADRM1, Pru domain / Proteasome complex subunit Rpn13, Pru domain / Pru (pleckstrin-like receptor for ubiquitin) domain profile. / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / PSD13 N-terminal repeats / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / : / 26S proteasome subunit RPN2, N-terminal domain / DSS1/SEM1 / DSS1/SEM1 family / DSS1_SEM1 / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S proteasome regulatory subunit RPN2, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 C-terminal domain / Proteasome subunit Rpn10 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / : / 26S proteasome regulatory subunit 7, OB domain / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / Proteasome/cyclosome repeat / Proteasome/cyclosome repeat / PCI/PINT associated module / : / von Willebrand factor type A domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / HEAT repeats / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / VWFA domain profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / von Willebrand factor, type A / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / TPR repeat region circular profile. / JAB/MPN domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / TPR repeat profile. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome regulatory subunit RPN13 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 ...26S proteasome regulatory subunit RPN13 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / 26S proteasome regulatory subunit RPN12 / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog / 26S proteasome regulatory subunit 7 homolog / Proteasome subunit beta type-1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN10 / 26S proteasome regulatory subunit RPN3 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4 / 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 / 26S proteasome subunit RPT4 / 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog / 26S proteasome regulatory subunit RPN9 / 26S proteasome regulatory subunit RPN7 / 26S proteasome regulatory subunit RPN8 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 / 26S proteasome regulatory subunit RPN6
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Unverdorben, P. / Beck, F. / Sledz, P. / Schweitzer, A. / Pfeifer, G. / Plitzko, J.M. / Baumeister, W. / Foerster, F.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome.
著者: Pia Unverdorben / Florian Beck / Paweł Śledź / Andreas Schweitzer / Günter Pfeifer / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Friedrich Förster /
要旨: The 26S proteasome is a 2.5 MDa molecular machine that executes the degradation of substrates of the ubiquitin-proteasome pathway. The molecular architecture of the 26S proteasome was recently ...The 26S proteasome is a 2.5 MDa molecular machine that executes the degradation of substrates of the ubiquitin-proteasome pathway. The molecular architecture of the 26S proteasome was recently established by cryo-EM approaches. For a detailed understanding of the sequence of events from the initial binding of polyubiquitylated substrates to the translocation into the proteolytic core complex, it is necessary to move beyond static structures and characterize the conformational landscape of the 26S proteasome. To this end we have subjected a large cryo-EM dataset acquired in the presence of ATP and ATP-γS to a deep classification procedure, which deconvolutes coexisting conformational states. Highly variable regions, such as the density assigned to the largest subunit, Rpn1, are now well resolved and rendered interpretable. Our analysis reveals the existence of three major conformations: in addition to the previously described ATP-hydrolyzing (ATPh) and ATP-γS conformations, an intermediate state has been found. Its AAA-ATPase module adopts essentially the same topology that is observed in the ATPh conformation, whereas the lid is more similar to the ATP-γS bound state. Based on the conformational ensemble of the 26S proteasome in solution, we propose a mechanistic model for substrate recognition, commitment, deubiquitylation, and translocation into the core particle.
履歴
登録2014年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2014年4月2日ID: 4C0V
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22014年4月30日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans
改定 1.42018年10月3日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / em_software
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. ... SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2348
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-2596
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: PROTEASOME COMPONENT PRE3
2: PROTEASOME COMPONENT PUP1
3: PROTEASOME COMPONENT PUP3
4: PROTEASOME COMPONENT C11
5: PROTEASOME COMPONENT PRE2
6: PROTEASOME COMPONENT C5
7: PROTEASOME COMPONENT PRE4
A: PROTEASOME COMPONENT C7-ALPHA
B: PROTEASOME COMPONENT Y7
C: PROTEASOME COMPONENT Y13
D: PROTEASOME COMPONENT PRE6
E: PROTEASOME COMPONENT PUP2
F: PROTEASOME COMPONENT PRE5
G: PROTEASOME COMPONENT C1
H: 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 7 HOMOLOG
I: 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 4 HOMOLOG
J: 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 8 HOMOLOG
K: 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 6B HOMOLOG
L: 26S PROTEASE SUBUNIT RPT4
M: 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 6A
N: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN2
O: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN9
P: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN5
Q: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN6
R: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN7
S: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN3
T: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN12
U: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN8
V: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN11
W: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN10
X: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN13
Y: 26S PROTEASOME COMPLEX SUBUNIT SEM1
Z: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,309,28433
ポリマ－1,309,28433
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

-
PROTEASOME COMPONENT ... , 14種, 14分子 1234567ABCDEFG

#1: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE3 / 20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 1 / MACROPAIN SUBUNIT PRE3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 1 / MACROPAIN SUBUNIT PRE3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE3 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE3


分子量: 23573.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PUP1 / 20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 2 MACROPAIN SUBUNIT PUP1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT ...20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 2 MACROPAIN SUBUNIT PUP1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP1 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PUP1


分子量: 28299.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PUP3 / 20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 3 / MACROPAIN SUBUNIT PUP3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT C11 / 20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 4 / MACROPAIN SUBUNIT C11 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 4 / MACROPAIN SUBUNIT C11 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C11 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE2 / 20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 5 / MACROPAIN SUBUNIT PRE2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 5 / MACROPAIN SUBUNIT PRE2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE2 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE2


分子量: 31698.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT C5 / 20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE


分子量: 26905.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE4 / 20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 7 / MACROPAIN SUBUNIT PRE4 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME BETA SUBUNIT 7 / MACROPAIN SUBUNIT PRE4 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE4 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE4


分子量: 29471.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#8: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT C7-ALPHA / 20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 1 / MACROPAIN SUBUNIT C7-ALPHA / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 1 / MACROPAIN SUBUNIT C7-ALPHA / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX C7 / PROTEASOME COMPONENT Y8 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 7 / SCL1 SUPPRESSOR PROTEIN


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT Y7 / 20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 2 / MACROPAIN SUBUNIT Y7 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 2 / MACROPAIN SUBUNIT Y7 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y7 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT Y13 / 20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 3 / MACROPAIN SUBUNIT Y13 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 3 / MACROPAIN SUBUNIT Y13 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y13 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE6 / 20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 4 / MACROPAIN SUBUNIT PRE6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 4 / MACROPAIN SUBUNIT PRE6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE6 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PUP2 / 20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 5 / MACROPAIN SUBUNIT PUP2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 5 / MACROPAIN SUBUNIT PUP2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP2 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE5 / 20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 6 / MACROPAIN SUBUNIT PRE5 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 6 / MACROPAIN SUBUNIT PRE5 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE5 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT C1 / 20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 7 / MACROPAIN SUBUNIT C1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX ...20S PROTEASOME ALPHA SUBUNIT 7 / MACROPAIN SUBUNIT C1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C1 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 1


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex

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26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT ... , 5種, 5分子 HIJKM

#15: タンパク質 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 7 HOMOLOG / RPT1 / PROTEIN CIM5 / TAT-BINDING HOMOLOG 3


分子量: 52054.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P33299
#16: タンパク質 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 4 HOMOLOG / RPT2 / TAT-BINDING HOMOLOG 5


分子量: 48898.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40327
#17: タンパク質 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 8 HOMOLOG / RPT6 / PROTEIN CIM3 / PROTEIN SUG1 / TAT-BINDING PROTEIN TBY1


分子量: 45342.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01939
#18: タンパク質 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 6B HOMOLOG / RPT3 / PROTEIN YNT1 / TAT-BINDING HOMOLOG 2


分子量: 47953.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P33298
#20: タンパク質 26S PROTEASE REGULATORY SUBUNIT 6A / RPT5 / TAT-BINDING PROTEIN HOMOLOG 1 / TBP-1


分子量: 48315.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P33297

-
タンパク質 , 2種, 2分子 LY

#19: タンパク質 26S PROTEASE SUBUNIT RPT4 / RPT4 / 26S PROTEASE SUBUNIT SUG2 / PROTEASOMAL CAP SUBUNIT


分子量: 49480.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P53549
#32: タンパク質 26S PROTEASOME COMPLEX SUBUNIT SEM1


分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEM1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: O94742

-
26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT ... , 12種, 12分子 NOPQRSTUVWXZ

#21: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN2 / RPN2


分子量: 104351.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32565
#22: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN9 / RPN9 / PROTEASOME NON-ATPASE SUBUNIT 7


分子量: 45839.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04062
#23: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN5 / RPN5 / PROTEASOME NON-ATPASE SUBUNIT 5


分子量: 51840.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12250
#24: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN6 / RPN6 / PROTEASOME NON-ATPASE SUBUNIT 4


分子量: 49839.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12377
#25: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN7 / RPN7


分子量: 49016.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06103
#26: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN3 / RPN3


分子量: 60464.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40016
#27: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN12 / RPN12 / NUCLEAR INTEGRITY PROTEIN 1


分子量: 31952.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32496
#28: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN8 / RPN8


分子量: 38365.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08723
#29: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN11 / RPN11 / PROTEIN MPR1


分子量: 34442.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P43588
#30: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN10 / RPN10


分子量: 29776.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38886
#31: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN13 / RPN13 / PROTEASOME NON-ATPASE SUBUNIT 13


分子量: 17919.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: O13563
#33: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN1 / HMG-COA REDUCTASE DEGRADATION PROTEIN 2 / PROTEASOME NON-ATPASE SUBUNIT 1


分子量: 109601.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38764

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詳細

配列の詳細LYS 108 ARG CONFLICT IN CHAIN 5 IS DUE TO A MUTATION IN THE STARTING MODEL PDB ENTRY 1RYP

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 26S PROTEASOME / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 7.1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年12月24日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 80.5 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k)

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解析

EMソフトウェア名称: Xmipp / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: MICROGRAPH
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 8.8 Å / 粒子像の数: 560000 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.99 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.99 Å / 倍率補正: FITTING OF 20S XTAL STRUCTURE
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2596 (DEPOSITION ID: 12358).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: FSC / 詳細: METHOD--MDFF
精密化最高解像度: 8.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数80139 0 0 0 80139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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