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万見
- PDB-4ckd: Model of complex between the E.coli enzyme beta-galactosidase and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ckd
タイトルModel of complex between the E.coli enzyme beta-galactosidase and four single chain Fv antibody domains scFv13R4.
要素
  • BETA-GALACTOSIDASE
  • SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN
  • SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / carbohydrate binding / adaptive immune response ...alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / carbohydrate binding / adaptive immune response / immune response / magnesium ion binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / : / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / : / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / : / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / : / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Glycoside hydrolase superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase / Immunoglobulin kappa variable 5-48 / Ig heavy chain V region 36-60
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13 Å
データ登録者Vinothkumar, K.R. / McMullan, G. / Henderson, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanism of antibody-mediated activation of β-galactosidase.
著者: Kutti R Vinothkumar / Greg McMullan / Richard Henderson /
要旨: Binding of a single-chain Fv antibody to Escherichia coli β-galactosidase (β-gal) is known to stabilize the enzyme and activate several inactive point mutants, historically called antibody-mediated ...Binding of a single-chain Fv antibody to Escherichia coli β-galactosidase (β-gal) is known to stabilize the enzyme and activate several inactive point mutants, historically called antibody-mediated enzyme formation mutants. To understand the nature of this activation, we have determined by electron cryo-microscopy the structure of the complex between β-gal and the antibody scFv13R4. Our structure localizes the scFv13R4 binding site to the crevice between domains 1 and 3 in each β-gal subunit. The mutations that scFv13R4 counteracts are located between the antibody binding site and the active site of β-gal, at one end of the TIM-barrel that forms domain 3 where the substrate lactose is hydrolyzed. The mode of binding suggests how scFv stabilizes both the active site of β-gal and the tetrameric state.
履歴
登録2014年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2548
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GALACTOSIDASE
B: BETA-GALACTOSIDASE
C: BETA-GALACTOSIDASE
D: BETA-GALACTOSIDASE
H: SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN
I: SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN
J: SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN
K: SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN
L: SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN
M: SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN
N: SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN
O: SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)564,09312
ポリマ－564,09312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS

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要素

#1: タンパク質
BETA-GALACTOSIDASE / BETA-GAL / LACTASE


分子量: 116602.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 解説: SIGMA CATALOGUE NUMBER G3153 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00722, beta-galactosidase
#2: 抗体
SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN


分子量: 12795.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PM12 PLYSS / 参照: UniProt: P01823*PLUS
#3: 抗体
SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN


分子量: 11624.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PM12 PLYSS / 参照: UniProt: P01642*PLUS
Has protein modificationY
配列の詳細THE DEPOSITED BETA-GALACTOSIDASE SEQUENCE CONTAINS RESIDUES 4-1024 IN THE FULL GENE SEQUENCE ...THE DEPOSITED BETA-GALACTOSIDASE SEQUENCE CONTAINS RESIDUES 4-1024 IN THE FULL GENE SEQUENCE INCLUDING METHIONINE INITIATION CODON. THESE ARE NUMBERED FROM 3 TO 1023 IN THE DEPOSITION, FOLLOWING NORMAL PRACTICE FOR X- RAY DEPOSITIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SINGLE CHAIN FV ANTIBODY DOMAIN BOUND TO THE ENZYME BETA-GALACTOSIDASE
タイプ: COMPLEX / 詳細: 49 BEST IMAGES SELECTED OUT OF 52 RECORDED
緩衝液名称: 20% PHOSPHATE BUFFERED SALINE (PBS) / pH: 7.4 / 詳細: 20% PHOSPHATE BUFFERED SALINE (PBS)
試料濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- OTHER, METHOD- BLOT FOR 10-20 SECONDS UNTIL DIAMETER OF BLOTTED MENISCUS CEASES TO EXPAND, BEFORE PLUNGING.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2012年8月2日
詳細: EXPOSURE INTENSITY SET TO GIVE 50 ELECTRONS PER PIXEL PER SECOND AT THE DETECTOR. THIS TRANSLATES INTO 16 ELECTRONS PER SQUARE ANGSTROM PER SECOND AT THE SPECIMEN.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 81600 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4027 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2678 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 89 K
撮影電子線照射量: 67 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 49
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3FREALIGN３次元再構成
4MRC IMAGE PROCESSING PACKAGE３次元再構成
CTF補正詳細: DONE INSIDE FREALIGN
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 13 Å / 粒子像の数: 2965 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.74 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.72 Å
倍率補正: MAGNIFICATION REFINED BY MAXIMISING FSC AGAINST ATOMIC MODEL
詳細: FREALIGN MAP OBTAINED FROM 2965 PARTICLES USING D2 SYMMETRY THIS IS A MODEL MADE BY DOCKING TWO ATOMIC MODELS AS RIGID BODIES INTO A 13 ANGSTROM RESOLUTION DENSITY MAP. SUBMISSION BASED ON ...詳細: FREALIGN MAP OBTAINED FROM 2965 PARTICLES USING D2 SYMMETRY THIS IS A MODEL MADE BY DOCKING TWO ATOMIC MODELS AS RIGID BODIES INTO A 13 ANGSTROM RESOLUTION DENSITY MAP. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2548. (DEPOSITION ID: 12230).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: FSC CURVE BETWEEN MAP AND MODEL / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 1F4A

1f4a


Accession code: 1F4A / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39672 0 0 0 39672

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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