PDB-4zx1: Engineered Carbonic Anhydrase IX mimic in complex with a glucosyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zx1

タイトル

Engineered Carbonic Anhydrase IX mimic in complex with a glucosyl sulfamate inhibitor

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / Carbonic Anhydrase IX mimic / glucosyl sulfamate / inhibitor complex. / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / Salguero, A.L. / McKenna, R.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2015
タイトル: Mapping Selective Inhibition of the Cancer-Related Carbonic Anhydrase IX using Structure-Activity Relationships of Glucosyl-Based Sulfamates
著者: Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / Moeker, J. / Rankin, G.M. / Driscoll, J.M. / Salguero, A.L. / Pinard, M.A. / Vullo, D. / Supuran, C.T. / Poulsen, S.A. / McKenna, R.

履歴

登録	2015年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / pdbx_prerelease_seq ...chem_comp / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zx1.cif.gz	131.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zx1.ent.gz	99.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zx1_validation.pdf.gz	828.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zx1_full_validation.pdf.gz	834 KB	表示
XML形式データ	4zx1_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	4zx1_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zwxC 4zwyC 4zwzC 4zx0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q8x-d 3p4v-d 3m67-d 4zwx-d 1okl-d 6t4p-d 3m40-d 1cra-d 2wd2-d 6b5a-d 6yqt-d 5t72-d 3kon-d 6ugq-d 4ruy-d 3m98-d 2x7s-d 6yzx-d 4knj-d 6qfx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.910, 41.270, 71.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28843.480 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-260 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 糖	ChemComp-5L3 / (6R)-5-O-acetyl-2,6-anhydro-6-{[4-(sulfamoyloxy)piperidin-1-yl]sulfonyl}-L-glucitol タイプ: D-saccharide / 分子量: 448.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₄N₂O₁₁S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	5L3 represents deacetylated ligand of glycoconjugate sulfamate compound 626 observed in the crystal structure.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→19.863 Å / Num. obs: 37841 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 16.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 0.659 / Net I/av σ(I): 9.345 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 126897

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	1.7	0.718	1450	0.503	0.613	0.949	0.187	76.8
1.53-1.55	2.2	0.681	1808	0.56	0.519	0.862	0.201	94.2
1.55-1.58	2.8	0.629	1891	0.657	0.437	0.77	0.211	99.3
1.58-1.62	3.2	0.544	1888	0.733	0.354	0.652	0.219	99.3
1.62-1.65	3.3	0.468	1907	0.778	0.296	0.556	0.223	99.7
1.65-1.69	3.3	0.397	1905	0.831	0.249	0.47	0.239	99.6
1.69-1.73	3.4	0.331	1919	0.877	0.207	0.392	0.244	99.8
1.73-1.78	3.4	0.275	1903	0.905	0.172	0.326	0.27	99.9
1.78-1.83	3.4	0.227	1905	0.933	0.141	0.268	0.307	99.9
1.83-1.89	3.5	0.2	1930	0.949	0.123	0.236	0.352	99.9
1.89-1.96	3.5	0.163	1895	0.955	0.1	0.192	0.417	100
1.96-2.04	3.6	0.145	1905	0.969	0.088	0.17	0.464	100
2.04-2.13	3.6	0.126	1915	0.965	0.077	0.149	0.643	100
2.13-2.24	3.6	0.111	1945	0.975	0.067	0.13	0.673	100
2.24-2.38	3.6	0.105	1909	0.971	0.063	0.123	0.767	100
2.38-2.56	3.6	0.102	1943	0.982	0.062	0.119	0.9	100
2.56-2.82	3.7	0.093	1917	0.983	0.056	0.109	0.934	100
2.82-3.23	3.7	0.081	1956	0.975	0.049	0.095	1.203	100
3.23-4.06	3.7	0.086	1938	0.976	0.052	0.1	1.83	99.9
4.06-20	3.6	0.072	2012	0.982	0.045	0.085	1.686	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev_1839	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.501→19.863 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1955	1671	5.01 %	random selection
R_work	0.1566	31667	-	-
obs	0.1585	33338	86.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.36 Å² / B_iso mean: 21.1787 Å² / B_iso min: 9.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.501→19.863 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	37	264	2343
B_iso mean	-	-	43.53	31.88	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2180
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.164	2974
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	379
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.46	794

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5013-1.5454	0.4998	19	0.4132	431	450	14
1.5454-1.5953	0.3104	91	0.27	1575	1666	53
1.5953-1.6523	0.2392	133	0.2299	2507	2640	84
1.6523-1.7184	0.2957	141	0.2196	2818	2959	93
1.7184-1.7965	0.2153	156	0.1897	2983	3139	98
1.7965-1.8912	0.1948	161	0.1648	3017	3178	100
1.8912-2.0096	0.2086	158	0.153	3012	3170	100
2.0096-2.1646	0.194	153	0.1518	3041	3194	100
2.1646-2.3821	0.196	171	0.1479	3024	3195	100
2.3821-2.726	0.194	159	0.1564	3052	3211	100
2.726-3.4316	0.1796	165	0.1464	3078	3243	100
3.4316-19.8652	0.1708	164	0.1362	3129	3293	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.1636 Å / Origin y: -1.5053 Å / Origin z: 85.7442 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0868 Å²	-0.0018 Å²	0.0047 Å²	-	0.0883 Å²	-0.0013 Å²	-	-	0.0905 Å²
L	0.6152 °²	-0.0012 °²	0.1596 °²	-	0.6074 °²	-0.0652 °²	-	-	0.6544 °²
S	-0.0152 Å °	-0.0179 Å °	0.013 Å °	-0.033 Å °	0.0188 Å °	0.0005 Å °	0.0023 Å °	0.0177 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	262
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 255
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	256 - 269
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1

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