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万見
- PDB-4yky: Heat Shock Protein 90 Bound to CS319 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yky
タイトルHeat Shock Protein 90 Bound to CS319
要素Heat shock protein HSP 90-alpha
キーワードCHAPERONE/Inhibitor / Chaperone / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / HSP 90 / CHAPERONE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm mitochondrial sheath / dATP binding / Scavenging by Class F Receptors / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane / positive regulation of tau-protein kinase activity ...sperm mitochondrial sheath / dATP binding / Scavenging by Class F Receptors / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane / positive regulation of tau-protein kinase activity / chaperone-mediated autophagy / telomerase holoenzyme complex assembly / protein insertion into mitochondrial outer membrane / Respiratory syncytial virus genome replication / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Uptake and function of diphtheria toxin / mitochondrial transport / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / TPR domain binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / dendritic growth cone / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / skeletal muscle contraction / HSF1-dependent transactivation / positive regulation of cell size / response to unfolded protein / telomere maintenance via telomerase / chaperone-mediated protein complex assembly / protein unfolding / HSF1 activation / regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / RHOBTB2 GTPase cycle / eNOS activation / axonal growth cone / positive regulation of lamellipodium assembly / DNA polymerase binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / : / Signaling by ERBB2 / cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of defense response to virus by host / endocytic vesicle lumen / positive regulation of cardiac muscle contraction / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / response to salt stress / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / activation of innate immune response / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of interferon-beta production / response to cold / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / AURKA Activation by TPX2 / lysosomal lumen / ESR-mediated signaling / protein tyrosine kinase binding / VEGFR2 mediated vascular permeability / response to cocaine / brush border membrane / ATP-dependent protein folding chaperone / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / neuron migration / Constitutive Signaling by EGFRvIII / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Signaling by ERBB2 ECD mutants / tau protein binding / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Regulation of necroptotic cell death / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cellular response to virus / Downregulation of ERBB2 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / histone deacetylase binding / Aggrephagy / positive regulation of protein import into nucleus / Chaperone Mediated Autophagy / response to estrogen / positive regulation of protein catabolic process / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / regulation of protein localization / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / disordered domain specific binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2,4-dihydroxyphenyl)(4-hydroxyphenyl)methanone / Heat shock protein HSP 90-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Heat Shock Protein 90 Bound to CS319
著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Derived calculations
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0653
ポリマ－26,7431
非ポリマー3222
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.885, 88.878, 99.565
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein HSP 90-alpha / Heat shock 86 kDa / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LPS-associated protein 2 / ...Heat shock 86 kDa / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LPS-associated protein 2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-38


分子量: 26742.840 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-236 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AA1, HSP90A, HSPC1, HSPCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: P07900
#2: 化合物 ChemComp-4EU / (2,4-dihydroxyphenyl)(4-hydroxyphenyl)methanone / 2,4,4′-トリヒドロキシベンゾフェノン


分子量: 230.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 26% Peg 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.0, Cryo conditions: 35% Peg 4000, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 27789 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 27.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.97 / Net I/av σ(I): 44.775 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 198037
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.78-1.817.30.40413841.29100
1.81-1.847.30.3413721.447100
1.84-1.887.30.30813431.562100
1.88-1.927.20.25813871.734100
1.92-1.967.20.22313981.833100
1.96-27.20.20213522.034100
2-2.057.10.17613922.172100
2.05-2.117.10.15613882.222100
2.11-2.1770.1313572.451100
2.17-2.2470.11813942.433100
2.24-2.3270.10713732.42100
2.32-2.427.10.09713742.306100
2.42-2.537.10.08713782.296100
2.53-2.667.20.07913972.207100
2.66-2.837.10.0714002.21100
2.83-3.047.20.06213892.131100
3.04-3.357.20.05314082.025100
3.35-3.837.20.04614181.84100
3.83-4.837.10.03814201.499100
4.83-506.70.03714651.36696.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In-house APO structure

解像度: 1.78→34.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9639 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9607 / SU R Cruickshank DPI: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Blow DPI: 0.09 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.087
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1878 1396 5.02 %RANDOM
Rwork0.1662 ---
obs0.1673 27789 99.37 %-
原子変位パラメータBiso max: 104.85 Å2 / Biso mean: 30.89 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0381 Å20 Å20 Å2
2--0.0276 Å20 Å2
3----2.0658 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.179 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→34.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1627 0 23 214 1864
Biso mean--40.07 40.48 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d813SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes45HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes272HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1711HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion233SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2173SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1711HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2314HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.68
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.85 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1935 127 4.6 %
Rwork0.1654 2636 -
all0.1668 2763 -
obs--99.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8917-0.84581.17060.9835-0.32320.38450.0043-0.09510.0082-0.01010.00850.0494-0.0077-0.0076-0.0128-0.04010.00110.0240.0350.0351-0.0219-11.7736-26.7977-17.9385
21.3836-0.1722-0.31470.4209-0.031.5060.01970.0019-0.0207-0.0441-0.0356-0.09070.06330.02830.0159-0.00940.00830.02-0.05230.0129-0.00998.8722-33.7497-23.0214
32.0991-0.26310.01220.848-0.03621.24680.07520.0162-0.092-0.0739-0.03710.04720.0845-0.0568-0.038-0.02340.01260.0058-0.06060.0107-0.0316-3.9715-30.1538-24.4989
41.1506-0.02320.36990.35260.1381.63890.0005-0.11470.05020.0218-0.0144-0.0209-0.010.01140.0139-0.0048-0.00970.0096-0.0118-0.0058-0.02448.3428-27.2609-10.5885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|16 - 41}A16 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2{A|42 - 95}A42 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3{A|96 - 185}A96 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4{A|186 - 223}A186 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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