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万見
- PDB-4xip: Discovery of novel oxazepine and diazepine carboxamides as two ne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xip
タイトルDiscovery of novel oxazepine and diazepine carboxamides as two new classes of heat shock protein 90 inhibitors
要素Heat shock protein HSP 90-alpha
キーワードChaperone/chaperone Inhibitor / CHAPERONE-CHAPERONE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm plasma membrane / sperm mitochondrial sheath / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / Scavenging by Class F Receptors / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / dATP binding / telomerase holoenzyme complex assembly ...sperm plasma membrane / sperm mitochondrial sheath / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / Scavenging by Class F Receptors / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / dATP binding / telomerase holoenzyme complex assembly / chaperone-mediated autophagy / mitochondrial transport / Respiratory syncytial virus genome replication / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / Uptake and function of diphtheria toxin / dendritic growth cone / protein import into mitochondrial matrix / TPR domain binding / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / positive regulation of cell size / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / protein folding chaperone complex / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / regulation of protein-containing complex assembly / protein unfolding / Attenuation phase / enzyme-substrate adaptor activity / HSF1 activation / chaperone-mediated protein complex assembly / neurofibrillary tangle assembly / axonal growth cone / telomere maintenance via telomerase / RHOBTB2 GTPase cycle / positive regulation of lamellipodium assembly / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / nitric oxide metabolic process / response to cold / positive regulation of defense response to virus by host / response to salt stress / skeletal muscle contraction / Signaling by ERBB2 / eNOS activation / cardiac muscle cell apoptotic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / endocytic vesicle lumen / DNA polymerase binding / positive regulation of cardiac muscle contraction / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / lysosomal lumen / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / ESR-mediated signaling / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein tyrosine kinase binding / AURKA Activation by TPX2 / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / nitric-oxide synthase regulator activity / ATP-dependent protein folding chaperone / VEGFR2 mediated vascular permeability / response to cocaine / brush border membrane / myelin sheath / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / neuron migration / cellular response to virus / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / positive regulation of protein import into nucleus / Signaling by ERBB2 KD Mutants / protein refolding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to estrogen / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Regulation of necroptotic cell death / tau protein binding / histone deacetylase binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Downregulation of ERBB2 signaling / Chaperone Mediated Autophagy / disordered domain specific binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-40W / Heat shock protein HSP 90-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zuccola, H.J. / Neubert, T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Discovery of novel oxazepine and diazepine carboxamides as two new classes of heat shock protein 90 inhibitors.
著者: Neubert, T. / Numa, M. / Ernst, J. / Clemens, J. / Krenitsky, P. / Liu, M. / Fleck, B. / Woody, L. / Zuccola, H. / Stamos, D.
履歴
登録2015年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22016年6月1日Group: Data collection
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4802
ポリマ－26,1831
非ポリマー2961
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子

A: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9604
ポリマ－52,3672
非ポリマー5932
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.882, 90.929, 98.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein HSP 90-alpha / Heat shock 86 kDa / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LPS-associated protein 2 / ...Heat shock 86 kDa / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LPS-associated protein 2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-38


分子量: 26183.400 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 131-358 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AA1, HSP90A, HSPC1, HSPCA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07900
#2: 化合物 ChemComp-40W / 4-(3,6,6-trimethyl-4-oxo-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indol-1-yl)benzamide


分子量: 296.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20-25% PEGMME2K, 100MM MGCL2, 100mM cacodylate buffer pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→66.954 Å / Num. obs: 33286 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 12.03 Å2 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→66.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9037 / SU R Cruickshank DPI: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Blow DPI: 0.09 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.088
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 1761 5.33 %RANDOM
Rwork0.2006 ---
obs0.2013 33022 98.41 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3253 Å20 Å20 Å2
2---1.0927 Å20 Å2
3----0.2325 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→66.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1669 0 22 201 1892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0121723HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.272333HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d624SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes46HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes264HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1723HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion235SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2162SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 156 5.51 %
Rwork0.2064 2673 -
all0.2086 2829 -
obs--98.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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