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- PDB-4wuy: Crystal Structure of Protein Lysine Methyltransferase SMYD2 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wuy
タイトルCrystal Structure of Protein Lysine Methyltransferase SMYD2 in complex with LLY-507, a Cell-Active, Potent and Selective Inhibitor
要素N-lysine methyltransferase SMYD2
キーワードTransferase/transferase inhibitor / SMYD2 - LLY-507 / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone H3 methyltransferase activity / RNA polymerase II complex binding ...lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone H3 methyltransferase activity / RNA polymerase II complex binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / heart development / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SMYD2, SET domain / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain ...SMYD2, SET domain / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UJ / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / N-lysine methyltransferase SMYD2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Nguyen, H. / Allali-Hassani, A. / Antonysamy, S. / Chang, S. / Chen, L.H. / Curtis, C. / Emtage, S. / Fan, L. / Gheyi, T. / Li, F. ...Nguyen, H. / Allali-Hassani, A. / Antonysamy, S. / Chang, S. / Chen, L.H. / Curtis, C. / Emtage, S. / Fan, L. / Gheyi, T. / Li, F. / Liu, S. / Martin, J.R. / Mendel, D. / Olsen, J.B. / Pelletier, L. / Shatseva, T. / Wu, S. / Zhang, F.F. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Campbell, R.M. / Garcia, B.A. / Barsyte-Lovejoy, D. / Mader, M. / Vedadi, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: LLY-507, a Cell-active, Potent, and Selective Inhibitor of Protein-lysine Methyltransferase SMYD2.
著者: Nguyen, H. / Allali-Hassani, A. / Antonysamy, S. / Chang, S. / Chen, L.H. / Curtis, C. / Emtage, S. / Fan, L. / Gheyi, T. / Li, F. / Liu, S. / Martin, J.R. / Mendel, D. / Olsen, J.B. / ...著者: Nguyen, H. / Allali-Hassani, A. / Antonysamy, S. / Chang, S. / Chen, L.H. / Curtis, C. / Emtage, S. / Fan, L. / Gheyi, T. / Li, F. / Liu, S. / Martin, J.R. / Mendel, D. / Olsen, J.B. / Pelletier, L. / Shatseva, T. / Wu, S. / Zhang, F.F. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Campbell, R.M. / Garcia, B.A. / Barsyte-Lovejoy, D. / Mader, M. / Vedadi, M.
履歴
登録2014年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-lysine methyltransferase SMYD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,27210
ポリマ－50,7751
非ポリマー1,4979
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.025, 99.920, 60.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 N-lysine methyltransferase SMYD2 / HSKM-B / Histone methyltransferase SMYD2 / Lysine N-methyltransferase 3C / SET and MYND domain- ...HSKM-B / Histone methyltransferase SMYD2 / Lysine N-methyltransferase 3C / SET and MYND domain-containing protein 2


分子量: 50775.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD2, KMT3C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NRG4, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, histone-lysine N-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 439分子

#2: 化合物 ChemComp-3UJ / 5-cyano-2'-{4-[2-(3-methyl-1H-indol-1-yl)ethyl]piperazin-1-yl}-N-[3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]biphenyl-3-carboxamide / LLY-507


分子量: 574.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H42N6O
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM Tris HCl pH 8.6, 14% PEG 20K and 200 mM Sodium Chloride
PH範囲: 8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→19.7 Å / Num. obs: 66084 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 9.3

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.63→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.253 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20013 3340 5.1 %RANDOM
Rwork0.15116 ---
obs0.1536 62742 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å2-0 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3218 0 91 430 3739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193437
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0041.9894655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8565427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01324.138145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.21215572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6631516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.50134.651696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.33654.3762127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.59838.1181741
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.4775754
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.72733437
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.1555112
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded21.41653682
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 214 -
Rwork0.244 4496 -
obs--96.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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