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- PDB-4tlr: NS5b in complex with lactam-thiophene carboxylic acids -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tlr
タイトルNS5b in complex with lactam-thiophene carboxylic acids
要素NS5b
キーワードHYDROLASE / complex polymerase inhbitor
機能・相同性Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Chem-33H / Chem-79Z
機能・相同性情報
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Chopra, R.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Design and synthesis of lactam-thiophene carboxylic acids as potent hepatitis C virus polymerase inhibitors.
著者: Barnes-Seeman, D. / Boiselle, C. / Capacci-Daniel, C. / Chopra, R. / Hoffmaster, K. / Jones, C.T. / Kato, M. / Lin, K. / Ma, S. / Pan, G. / Shu, L. / Wang, J. / Whiteman, L. / Xu, M. / Zheng, R. / Fu, J.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS5b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3313
ポリマ－64,4371
非ポリマー8942
水9,404522
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.410, 68.060, 143.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 NS5b / RNA-directed RNA polymerase / p68


分子量: 64436.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus (isolate 1) (C型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-33H / 3-{(2R,5R)-5-cyclohexyl-2-[(2R)-2-hydroxypropyl]-3-oxomorpholin-4-yl}-5-(3,3-dimethylbut-1-yn-1-yl)thiophene-2-carboxylic acid


分子量: 447.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H33NO5S
#3: 化合物 ChemComp-79Z / 5-cyclopropyl-2-(4-fluorophenyl)-6-[(2-hydroxyethyl)(methylsulfonyl)amino]-N-methyl-1-benzofuran-3-carboxamide / ネスブビル


分子量: 446.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23FN2O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.25-05M (NH4)2HCitrate, 28-31% PEG 3350 / PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→71.86 Å / Num. obs: 50197 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 20.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 366030
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all
1.86-2.077.40.4084.5103869140600.9510.16
4.15-71.8670.06127.93328047820.9970.025

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT精密化
BUSTER0.1.27精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→71.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9365 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9135 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.12
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 2524 5.07 %RANDOM
Rwork0.1659 ---
obs0.1678 49789 99.98 %-
原子変位パラメータBiso max: 120.32 Å2 / Biso mean: 22.53 Å2 / Biso min: 6.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.2071 Å20 Å20 Å2
2--3.7821 Å20 Å2
3---4.425 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.174 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→71.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4386 0 62 522 4970
Biso mean--14.88 34.32 -
残基数----564
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1595SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes87HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes677HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4576HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion602SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5852SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4576HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6224HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.38
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 170 4.66 %
Rwork0.2098 3477 -
all0.2118 3647 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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