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- PDB-4r23: Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from At... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r23
タイトルStructure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with dicloxacillin
要素Peptidoglycan glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / penicillin-binding protein / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / glycosyltransferase activity / penicillin binding / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin binding protein A dimerisation domain / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain ...: / Penicillin binding protein A dimerisation domain / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DXU / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / Peptidoglycan glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Atopobium parvulum DSM 20469 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with dicloxacillin
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.52025年5月28日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan glycosyltransferase
B: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,21413
ポリマ－101,2982
非ポリマー1,91611
水7,674426
1
A: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8008
ポリマ－50,6491
非ポリマー1,1517
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4145
ポリマ－50,6491
非ポリマー7654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.611, 69.882, 114.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999938, 0.001857, 0.011), (0.001726, -0.999928, 0.011912), (0.011021, -0.011892, -0.999869)6.8026, 48.3396, -56.08216

-
要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan glycosyltransferase


分子量: 50648.797 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 505-954 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Atopobium parvulum DSM 20469 (バクテリア)
株: ATCC 33793 / DSM 20469 / JCM 10300 / VPI 0546 / 遺伝子: Apar_1344 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: C8W8H7, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-DXU / Dicloxacillin, open form / dicloxacillin - open form / (3R,4R,5R)-3-(2,6-dichlorophenyl)-N-{(1R)-1-[(2R,4S)-4-(dihydroxymethyl)-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl]-2-oxoethyl}-5-methyl-1,2-oxazolidine-4-carboxamide


分子量: 478.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25Cl2N3O5S
#3: 化合物
ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Tri-Sodium Citrate, 0.1 M Tris, 15% PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月9日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→30 Å / Num. all: 91253 / Num. obs: 91253 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4542 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QJG

4qjg


解像度: 1.84→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 5.784 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19183 4501 5 %RANDOM
Rwork0.15541 ---
obs0.15717 85416 98.19 %-
all-85416 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å2-0.27 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.05 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5950 0 105 426 6481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7441.9818380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.802313213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4175821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.13424.977221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12815817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7691522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9592.7153305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9592.7143304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8664.0524119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8664.0534120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1843.2152853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1843.2152853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6944.6614262
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.86424.3147065
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.79123.8216898
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 313 -
Rwork0.274 5489 -
obs--85.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46170.7430.40714.20520.04050.7235-0.0746-0.0397-0.1237-0.44120.0408-0.72330.16090.16990.03380.11310.04060.04810.0757-0.0070.2201-0.5418-0.9816-47.6297
25.6662-6.1019-2.57667.10443.25461.62380.56220.30350.183-0.6574-0.2537-0.4066-0.3562-0.037-0.30850.30320.01380.17240.1402-0.01920.29328.0693-6.08-61.3784
31.3322-0.2693-0.2372.6235-0.68611.191-0.0836-0.1511-0.03640.07620.0886-0.37430.12250.1479-0.0050.04870.0126-0.02550.0717-0.02830.0928-9.4489.8955-42.4339
40.7108-0.55830.1821.9424-0.20650.49080.0337-0.0261-0.0346-0.09680.03430.0542-0.0107-0.0113-0.0680.0691-0.01810.01450.05040.00370.0205-27.13722.4115-52.0645
51.816-0.1392-0.76863.4096-0.12272.588-0.0734-0.24960.04840.23830.15310.0208-0.0557-0.1-0.07970.10660.0104-0.00290.0903-0.01650.0195-25.777325.9181-37.5618
61.0460.080.2382.00890.09851.1976-0.0547-0.18650.08110.29030.099-0.2340.0340.0197-0.04420.10860.0077-0.00970.0981-0.03050.0718-18.01321.8688-37.7622
70.4217-0.04230.07553.688-1.20790.452-0.03170.10520.06590.325-0.113-0.7683-0.17280.08290.14470.1326-0.05540.07030.0876-0.03770.4226-7.16449.2527-9.9203
88.2717.48342.23776.81562.18411.22050.434-0.2614-0.2290.4892-0.1755-0.28730.43920.2276-0.25850.35780.0594-0.11410.2055-0.02190.3681-1.225353.00932.912
91.45180.22560.11983.2459-1.01521.365-0.03920.12810.0395-0.16380.1241-0.4542-0.13130.0952-0.0850.0897-0.0030.07770.0606-0.02610.1368-16.121135.8553-14.291
100.77030.3788-0.28672.5674-0.1510.64110.04470.03250.10630.02560.03160.1391-0.0003-0.0366-0.07640.04830.0205-0.00460.04380.01140.0269-33.3225.6558-6.1749
112.6465-0.68850.38214.41320.03741.48560.02920.12120.1099-0.36710.06940.0311-0.0168-0.0507-0.09860.1029-0.0020.01820.07350.01380.0212-29.306825.9692-16.1463
128.6679-1.04621.61162.0782-0.29551.0913-0.05560.51560.0054-0.6280.1331-0.2966-0.1704-0.0149-0.07750.2678-0.02090.10790.1115-0.02340.0736-23.88827.7633-22.7061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A522 - 580
2X-RAY DIFFRACTION2A581 - 603
3X-RAY DIFFRACTION3A605 - 667
4X-RAY DIFFRACTION4A668 - 865
5X-RAY DIFFRACTION5A866 - 901
6X-RAY DIFFRACTION6A902 - 950
7X-RAY DIFFRACTION7B523 - 576
8X-RAY DIFFRACTION8B577 - 603
9X-RAY DIFFRACTION9B606 - 655
10X-RAY DIFFRACTION10B656 - 884
11X-RAY DIFFRACTION11B885 - 923
12X-RAY DIFFRACTION12B924 - 950

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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