[日本語] English
万見
- PDB-4qjg: Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from At... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qjg
タイトルStructure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with penicillin V
要素Peptidoglycan glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / glycosyltransferase activity / penicillin binding / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin binding protein A dimerisation domain / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain ...: / Penicillin binding protein A dimerisation domain / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-35P / Peptidoglycan glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Atopobium parvulum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with penicillin V
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22015年8月12日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan glycosyltransferase
B: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0024
ポリマ－101,2982
非ポリマー7052
水10,449580
1
A: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0012
ポリマ－50,6491
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0012
ポリマ－50,6491
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.723, 70.019, 114.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999949, 0.003942, 0.009334), (0.003771, -0.999825, 0.018316), (0.009404, -0.01828, -0.999789)6.78855, 48.18832, -56.11718

-
要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan glycosyltransferase


分子量: 50648.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 505-954 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atopobium parvulum (バクテリア) / 株: ATCC 33793 / DSM 20469 / JCM 10300 / VPI 0546 / 遺伝子: Apar_1344 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: C8W8H7, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-35P / (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-{(1R)-2-oxo-1-[(phenoxyacetyl)amino]ethyl}-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / OPEN FORM - PENICILLIN V


分子量: 352.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N2O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月9日 / 詳細: beryllium lenses
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 89289 / Num. obs: 89289 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JBF

4jbf


解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.723 / SU ML: 0.099 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20568 4423 5 %RANDOM
Rwork0.17479 ---
obs0.17631 84846 99.58 %-
all-84846 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.064 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.26 Å2-0 Å22.13 Å2
2---3.57 Å2-0 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6012 0 48 580 6640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.821.9728513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.894313288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3165841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.77624.957230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.98715834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4861524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0217289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.021355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7312.3633364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7292.3633363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8493.5184205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8493.5194206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.192.782870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1892.7812871
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7414.0234309
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.00911.5917510
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.91111.2917239
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 311 -
Rwork0.256 6002 -
obs--95.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2011-0.4932-1.02986.11371.44571.0698-0.2339-0.3238-0.4395-0.2157-0.0111-0.79580.14320.23850.2450.0640.07670.12260.11050.09160.45355.3247-1.0342-47.6109
20.2744-0.15020.16490.110.00670.44630.0335-0.09990.0277-0.05610.0815-0.0567-0.10270.0494-0.1150.138-0.029-0.01360.0785-0.0570.1637-2.0693-1.0267-51.9876
32.2615-1.4885-1.36.7509-0.09210.91550.24960.09260.2850.0188-0.0402-0.1558-0.1826-0.0631-0.20940.07540.03080.05120.1110.00180.175712.5734-7.4399-60.1701
40.3034-0.34630.13320.6906-0.09210.23270.0125-0.0479-0.0079-0.07690.039-0.0202-0.0071-0.0003-0.05150.0568-0.0115-0.03570.11830.00270.0793-23.160620.1786-49.7675
50.33160.29490.0250.66490.03910.5054-0.0591-0.0730.03530.06230.0849-0.0730.0266-0.0354-0.02580.07110.0096-0.05360.1474-0.02030.0914-20.62822.6029-37.3921
60.1284-0.58920.09644.337-0.59460.0896-0.09430.09320.09750.6048-0.0116-0.5565-0.08320.02950.10590.094-0.0304-0.05510.17380.03060.2255-7.304248.2517-9.2779
73.09714.17750.00266.0388-0.77761.54650.2148-0.11790.01410.1261-0.2980.03120.23330.31430.08320.13980.005-0.12520.12230.01420.27243.75155.67955.996
80.580.1854-0.0081.4666-0.39820.31110.00810.04780.01930.0080.0819-0.1267-0.03210.0366-0.08990.0556-0.0017-0.00320.1185-0.01070.1144-15.499838.1697-14.0366
90.38090.2435-0.24620.8173-0.210.17990.03230.04560.08510.12580.03760.1118-0.0012-0.0001-0.06990.08490.0226-0.02650.10550.01180.0898-33.271124.7443-6.0006
100.11540.1158-0.20090.5521-0.17060.4598-0.02420.03860.0013-0.10870.10430.0450.0236-0.0184-0.08010.0804-0.007-0.03840.14020.00060.0982-27.082926.4258-18.7347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A524 - 552
2X-RAY DIFFRACTION2A553 - 597
3X-RAY DIFFRACTION3A598 - 606
4X-RAY DIFFRACTION4A607 - 872
5X-RAY DIFFRACTION5A873 - 950
6X-RAY DIFFRACTION6B523 - 582
7X-RAY DIFFRACTION7B583 - 603
8X-RAY DIFFRACTION8B604 - 661
9X-RAY DIFFRACTION9B667 - 884
10X-RAY DIFFRACTION10B885 - 950

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る