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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qiy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human carbonic anhydrase isozyme II with inhibitor | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / drug design / carbonic anhydrase / benzenesulfonamide / metal-binding / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Manakova, E. / Smirnov, A. / Grazulis, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2015 タイトル: Functionalization of Fluorinated Benzenesulfonamides and Their Inhibitory Properties toward Carbonic Anhydrases 著者: Dudutiene, V. / Zubriene, A. / Smirnov, A. / Timm, D.D. / Smirnoviene, J. / Kazokaite, J. / Michailoviene, V. / Zaksauskas, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Matulis, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qiy.cif.gz | 471.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qiy.ent.gz | 387.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qiy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qiy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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-非ポリマー , 5種, 1029分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-WWX / #4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 化合物 | ChemComp-BCN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 % / Mosaicity: 0.19 ° |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M sodium BICINE, pH 9, 0.2M ammonium sulfate, 2M sodium malonate pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.826606 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: High Heat Load (HHL) Monochromator: Si 111; Large Offset Monochromator (LOM) : Si 311, Si 511 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.826606 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→79.324 Å / Num. obs: 206964 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.044 / Rsym value: 0.032 / Net I/av σ(I): 10.792 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 786555 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HLJ 解像度: 1.3→69.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.156 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.833 / SU R Cruickshank DPI: 0.066 / SU Rfree: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.73 Å2 / Biso mean: 16.645 Å2 / Biso min: 4.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→69.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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