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万見
- PDB-4p8o: S. aureus gyrase bound to an aminobenzimidazole urea inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p8o
タイトルS. aureus gyrase bound to an aminobenzimidazole urea inhibitor
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / antibacterial / gram-positive / gyrase / topoisomerase / Staphylococcus aureus
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. ...DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-883 / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jacobs, M.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Second-generation antibacterial benzimidazole ureas: discovery of a preclinical candidate with reduced metabolic liability.
著者: Grillot, A.L. / Tiran, A.L. / Shannon, D. / Krueger, E. / Liao, Y. / O'Dowd, H. / Tang, Q. / Ronkin, S. / Wang, T. / Waal, N. / Li, P. / Lauffer, D. / Sizensky, E. / Tanoury, J. / Perola, E. ...著者: Grillot, A.L. / Tiran, A.L. / Shannon, D. / Krueger, E. / Liao, Y. / O'Dowd, H. / Tang, Q. / Ronkin, S. / Wang, T. / Waal, N. / Li, P. / Lauffer, D. / Sizensky, E. / Tanoury, J. / Perola, E. / Grossman, T.H. / Doyle, T. / Hanzelka, B. / Jones, S. / Dixit, V. / Ewing, N. / Liao, S. / Boucher, B. / Jacobs, M. / Bennani, Y. / Charifson, P.S.
履歴
登録2014年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Data collection
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6454
ポリマ－42,8902
非ポリマー7552
水2,936163
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8222
ポリマ－21,4451
非ポリマー3771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8222
ポリマ－21,4451
非ポリマー3771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.460, 55.730, 50.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-432-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 21444.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ATPase domain with loop deletion
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 04-02981 / 遺伝子: gyrB, SAR0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GKU0, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-883 / 1-ethyl-3-[5-(5-fluoropyridin-3-yl)-7-(pyrimidin-2-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]urea


分子量: 377.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16FN7O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2M Ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.0, 5-10% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 15076 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 33.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 3.633 / Net I/av σ(I): 15.212 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 41878
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.442.20.2586361.56283
2.44-2.492.30.2876821.47688.8
2.49-2.532.60.4067317.57693.7
2.53-2.592.80.2587561.33499.1
2.59-2.642.80.2347841.47799.5
2.64-2.72.80.2337442.04398.7
2.7-2.772.80.2177712.041100
2.77-2.852.80.1917752.65698.4
2.85-2.932.80.1687652.045100
2.93-3.022.80.1567461.93898.2
3.02-3.132.80.1267932.24799.6
3.13-3.262.80.1717517.62898.4
3.26-3.42.80.117663.84297.8
3.4-3.582.90.0977604.10999.3
3.58-3.812.90.0987745.14298.2
3.81-4.12.90.0827474.71997.9
4.1-4.512.80.0837745.52797.7
4.51-5.162.90.077614.42996.8
5.16-6.492.90.0817803.82397.5
6.49-302.80.0747805.80995.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 2.4→25.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9197 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8801 / SU R Cruickshank DPI: 0.535 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.559 / SU Rfree Blow DPI: 0.264 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.267
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 753 5 %RANDOM
Rwork0.1883 ---
obs0.1909 15072 96.55 %-
原子変位パラメータBiso max: 119.2 Å2 / Biso mean: 26.6 Å2 / Biso min: 3.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.275 Å20 Å2-6.0477 Å2
2---5.3514 Å20 Å2
3---5.0764 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.278 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→25.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2968 0 56 163 3187
Biso mean--23.3 29.08 -
残基数----368
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1096SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes96HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes442HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3080HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion398SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3694SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3080HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4172HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.36
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.57 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 127 5.11 %
Rwork0.2254 2359 -
all0.2281 2486 -
obs--96.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5373-0.55360.5251.5607-0.11370.7646-0.1425-0.11010.11430.1706-0.0008-0.1601-0.0315-0.10650.1433-0.07330.0119-0.1051-0.1257-0.02170.05541.10651.518322.1631
20.57620.0420.29940.64010.06970.656-0.02390.02540.02090.0219-0.02920.0264-0.0507-0.01370.0531-0.07740.0009-0.076-0.07-0.0030.089312.3937-1.4472-4.3555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|24 - A|230 }A24 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|24 - B|230 }B24 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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