[日本語] English
万見
- PDB-4ny4: Crystal structure of CYP3A4 in complex with an inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ny4
タイトルCrystal structure of CYP3A4 in complex with an inhibitor
要素Cytochrome P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P-450 / CYP3A4 / inhibitor / structure-based drug design / drug metabolism / monooxygenase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / Atorvastatin ADME / oxidative demethylation / steroid catabolic process / Xenobiotics / steroid hydroxylase activity / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / Prednisone ADME / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / xenobiotic catabolic process / steroid binding / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / lipid metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2QH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Branden, G. / Sjogren, T. / Xue, Y.
引用ジャーナル: Drug Discov Today / 年: 2014
タイトル: Structure-based ligand design to overcome CYP inhibition in drug discovery projects.
著者: Branden, G. / Sjogren, T. / Schnecke, V. / Xue, Y.
履歴
登録2013年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4323
ポリマ－55,3501
非ポリマー1,0822
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,72912
ポリマ－221,4014
非ポリマー4,3288
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area77780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.548, 101.692, 132.422
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 3A4 / 1 / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 ...1 / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 / CYPIIIA4 / Cytochrome P450 3A3 / Cytochrome P450 HLp / Cytochrome P450 NF-25 / Cytochrome P450-PCN1 / Nifedipine oxidase / Quinine 3-monooxygenase / Taurochenodeoxycholate 6-alpha-hydroxylase


分子量: 55350.289 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-503 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A3, CYP3A4, CYP3A4 CYP3A3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 blue
参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む, EC: 1.14.13.157, EC: 1.14.13.32, EC: 1.14.13.67, EC: 1.14.13.97
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-2QH / (8R)-3,3-difluoro-8-[4-fluoro-3-(pyridin-3-yl)phenyl]-8-(4-methoxy-3-methylphenyl)-2,3,4,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyrimidin-6-amine


分子量: 465.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22F3N5O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: PEG 4000, CaCl2, glycerol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→29.22 Å / Num. obs: 11344 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 122.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. measured all: 11364 / Num. unique all: 1631 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→29.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9183 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2732 543 4.79 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.2502 11342 98.63 %-
原子変位パラメータBiso max: 289.58 Å2 / Biso mean: 124.6155 Å2 / Biso min: 76.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0797 Å20 Å20 Å2
2--10.8661 Å20 Å2
3----7.7864 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.91 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3700 0 77 0 3777
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1331SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes84HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes555HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3878HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion488SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4318SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3878HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5265HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.09
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.23 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3308 135 5.01 %
Rwork0.274 2561 -
all0.2767 2696 -
obs-2696 98.63 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.7098 Å / Origin y: -24.124 Å / Origin z: -14.1338 Å
111213212223313233
T-0.0049 Å20.0139 Å20.1515 Å2--0.008 Å2-0.0177 Å2--0.0019 Å2
L2.763 °2-1.4985 °2-1.9859 °2-3.0425 °20.7334 °2--1.9243 °2
S0.0063 Å °0.0606 Å °-0.0344 Å °0.0374 Å °-0.0417 Å °-0.0499 Å °-0.0182 Å °0.0503 Å °0.0353 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る