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- PDB-4nfn: Human tau tubulin kinase 1 (TTBK1) complexed with 3-({5-[(4-amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nfn
タイトルHuman tau tubulin kinase 1 (TTBK1) complexed with 3-({5-[(4-amino-4-methylpiperidin-1-yl)methyl]pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-4-yl}amino)-5-bromophenol
要素Tau-tubulin kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / phosphotransferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of astrocyte activation / positive regulation of microglial cell activation / microtubule associated complex / positive regulation of protein polymerization / tau-protein kinase activity / substantia nigra development / tau protein binding / protein tyrosine kinase activity / learning or memory / non-specific serine/threonine protein kinase ...positive regulation of astrocyte activation / positive regulation of microglial cell activation / microtubule associated complex / positive regulation of protein polymerization / tau-protein kinase activity / substantia nigra development / tau protein binding / protein tyrosine kinase activity / learning or memory / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tau-tubulin kinase 1, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Tau-tubulin kinase 1, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2KC / Tau-tubulin kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: The structure of human tau-tubulin kinase 1 both in the apo form and in complex with an inhibitor.
著者: Kiefer, S.E. / Chang, C.J. / Kimura, S.R. / Gao, M. / Xie, D. / Zhang, Y. / Zhang, G. / Gill, M.B. / Mastalerz, H. / Thompson, L.A. / Cacace, A.M. / Sheriff, S.
履歴
登録2013年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tau-tubulin kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1845
ポリマ－35,4651
非ポリマー7204
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.490, 39.910, 50.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tau-tubulin kinase 1 / Brain-derived tau kinase


分子量: 35464.930 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain (UNP residues 13-343) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTBK1, BDTK, KIAA1855
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: Q5TCY1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-2KC / 3-({5-[(4-amino-4-methylpiperidin-1-yl)methyl]pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-4-yl}amino)-5-bromophenol


分子量: 431.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23BrN6O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Ammonium Acetate, pH 7.0, 19% (w/v) PEG5000 (methyl ester), 100 mM Ammonium Acetate, unbuffered, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.42→38.77 Å / Num. obs: 60739 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.42→1.5 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NFM

4nfm


解像度: 1.42→32.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9539 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9469 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.06 / SU Rfree Blow DPI: 0.062 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.061
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2087 3076 5.06 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1862 60736 98.13 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4326 Å20 Å2-0.8957 Å2
2---6.6595 Å20 Å2
3---2.2269 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.158 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→32.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 42 202 2566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012453HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.013334HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d863SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes388HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2453HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion297SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3004SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 210 4.94 %
Rwork0.2257 4045 -
all0.2273 4255 -
obs--98.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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