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- PDB-4mrv: Structure of a bacterial Atm1-family ABC transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mrv
タイトルStructure of a bacterial Atm1-family ABC transporter
要素ABC transporter related protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Membrane Protein (膜タンパク質) / Exporter / heavy metal resistance / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ / response to mercury ion / ABC-type transporter activity / monoatomic ion transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HGD / リン酸塩 / ATM1-type heavy metal exporter
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lee, J.Y. / Yang, J.G. / Zhitnitsky, D. / Lewinson, O. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structural basis for heavy metal detoxification by an Atm1-type ABC exporter.
著者: Lee, J.Y. / Yang, J.G. / Zhitnitsky, D. / Lewinson, O. / Rees, D.C.
履歴
登録2013年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter related protein
B: ABC transporter related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,87311
ポリマ－136,7622
非ポリマー2,1119
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16680 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area52930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)322.438, 95.625, 78.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter related protein


分子量: 68381.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: DSM 12444 / 遺伝子: ATM1, Saro_2631 / プラスミド: pET15b, pJL-H6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q2G506
#2: 化合物 ChemComp-HGD / mercury bis(L-gamma-glutamyl-3-sulfido-L-alanylglycine) / S-Mercury glutathione / ビス[3-[(カルボキシメチル)アミノ]-3-オキソ-[(R)-2-[[(S)-4-アミノ-4-カルボキシブチリル]ア(以下略)


分子量: 813.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32HgN6O12S2
#3: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / Lauryldimethylamine oxide


分子量: 229.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.4, 200 mM magnesium acetate, and 12% w/v polyethylene glycol 5,000 mono methyl ether, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月5日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 80521 / % possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
REFMAC(rigid body)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC(rigid body)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→39.493 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 3984 4.98 %PHENIX
Rwork0.2057 ---
obs0.2071 80048 98.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9303 0 125 306 9734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29613012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1663500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071652
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.53050.44211510.42692499249991
2.5305-2.56250.40031310.38972645264597
2.5625-2.59620.34421400.36352716271699
2.5962-2.63180.40181340.35742757275799
2.6318-2.66940.3641570.33162647264798
2.6694-2.70920.38041560.32532724272499
2.7092-2.75150.32271380.31762738273899
2.7515-2.79660.37151350.30962731273199
2.7966-2.84480.35941410.29912669266998
2.8448-2.89660.34741660.29322591259195
2.8966-2.95220.36211230.30322723272398
2.9522-3.01250.28771490.268527212721100
3.0125-3.0780.29371400.259427482748100
3.078-3.14950.30481500.238927272727100
3.1495-3.22830.24751410.235127452745100
3.2283-3.31550.30821320.21942760276099
3.3155-3.4130.23641470.20782753275399
3.413-3.52310.22481430.20912709270999
3.5231-3.64890.24481580.20012734273499
3.6489-3.79490.22011330.17282622262296
3.7949-3.96750.18571260.1712776277699
3.9675-4.17650.1971320.16462772277299
4.1765-4.43780.19431500.16472736273699
4.4378-4.77990.1931600.15782740274099
4.7799-5.25990.19341380.16482750275098
5.2599-6.01880.21391270.19122727272797
6.0188-7.57420.18611370.193527892789100
7.5742-39.49760.19521490.17962815281598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6573-0.1811.34151.1611-0.31150.89070.0703-0.188-0.26750.0947-0.01770.13140.1034-0.38520.00290.3619-0.0320.06430.61670.05410.447424.384624.963390.4791
20.2618-0.32260.03570.3372-0.06920.38950.01970.0205-0.1502-0.04390.03830.22630.0078-0.2482-0.04820.3498-0.08180.00420.4132-0.00510.500736.389217.050678.0293
31.6416-0.4766-0.14342.4649-0.36451.47250.07680.05870.4473-0.1756-0.0548-0.4347-0.20610.1654-0.03060.3768-0.02860.05090.3112-0.06120.454479.652126.275397.2108
42.1973-0.1449-0.85471.502-0.21450.73950.03790.12120.1194-0.1664-0.0180.07820.0919-0.3931-0.05510.4101-0.0456-0.08110.6434-0.01360.404825.694831.009659.4128
50.6447-0.58090.38360.5277-0.30710.5684-0.03880.06870.319-0.0461-0.0544-0.02440.071-0.21180.11270.3311-0.00680.02490.5227-0.02440.586529.035438.151878.4405
62.20890.22320.16642.33030.16890.77690.0292-0.1151-0.1820.2396-0.015-0.09620.07940.0433-0.03140.42050.00830.00670.2718-0.02480.134680.196131.362356.7422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 182 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 183 through 376 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 377 through 607 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 9 through 182 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 183 through 340 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 341 through 606 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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