PDB-4lvb: Fragment-based Identification of Amides Derived From trans-2-(Pyr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lvb

タイトル

Fragment-based Identification of Amides Derived From trans-2-(Pyridin-3-yl)cyclopropanecarboxylic Acid as Potent Inhibitors of Human Nicotinamide Phosphoribosyltransferase (NAMPT)

要素

Nicotinamide phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / : / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.836 Å

データ登録者

Giannetti, A.M. / Zheng, X. / Skelton, N. / Wang, W. / Bravo, B. / Feng, Y. / Gunzner-Toste, J. / Ho, Y. / Hua, R. / Wang, C. ...

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Identification of amides derived from 1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxylic acid as potent inhibitors of human nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT).
著者: Zheng, X. / Bair, K.W. / Bauer, P. / Baumeister, T. / Bowman, K.K. / Buckmelter, A.J. / Caligiuri, M. / Clodfelter, K.H. / Feng, Y. / Han, B. / Ho, Y.C. / Kley, N. / Li, H. / Liang, X. / ...

履歴

登録	2013年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月2日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lvb.cif.gz	398.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lvb.ent.gz	321.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lvb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lvb_validation.pdf.gz	469.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lvb_full_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示
XML形式データ	4lvb_validation.xml.gz	42 KB	表示
CIF形式データ	4lvb_validation.cif.gz	64.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lv9C 4lvaC 4lvdC 4lvfC 4lvgC 4m6pC 4m6qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o1d-d 5wi0-d 4kfp-d 4o14-d 4o0z-d 4l4m-d 5wi1-d 4n9c-d 6atb-1 4o1a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.612, 106.681, 83.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin 分子量: 56942.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-20N / N-[4-(acetylamino)phenyl]cyclopropanecarboxamide 分子量: 218.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 966 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 0.2uL + 0.2uL drops containing 6mg/mL Nampt, 0.1M Sodium phosphate, 25-29% polyethylene glycol 3350, 0.2M NaCl, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月25日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.836→82.63 Å / Num. all: 91599 / Num. obs: 90042 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.836→1.846 Å / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.836→82.63 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 22.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2154	4300	5 %	5% random
R_work	0.1752	-	-	-
all	0.2154	91599	-	-
obs	0.1772	89996	95.09 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.151 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.7742 Å²	0 Å²	-2.3029 Å²
2-	-	8.3911 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.9467 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.836→82.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7524	0	54	966	8544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	10495
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.313	2852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1148
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.836-1.8564	0.3151	296	0.2907	5525	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8564-1.8782	0.3144	264	0.2817	5582	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8782-1.9011	0.3137	264	0.2654	5600	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9011-1.9252	0.321	278	0.2605	5445	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9252-1.9505	0.2869	286	0.2358	5622	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9505-1.9772	0.3023	276	0.2438	5536	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9772-2.0055	0.2788	294	0.233	5439	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0055-2.0354	0.2739	318	0.2176	5515	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0354-2.0672	0.2728	309	0.2075	5433	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0672-2.1011	0.22	305	0.1966	5447	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1011-2.1374	0.2863	304	0.2007	5417	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1374-2.1762	0.2759	300	0.206	5293	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1762-2.2181	0.242	259	0.1937	5420	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2181-2.2634	0.2333	262	0.1767	5550	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2634-2.3126	0.2587	283	0.1758	5561	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3126-2.3664	0.2477	305	0.1837	5486	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3664-2.4256	0.2405	253	0.1691	5509	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4256-2.4911	0.2157	305	0.1647	5506	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4911-2.5645	0.2408	283	0.1722	5462	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5645-2.6472	0.2053	328	0.1608	5435	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6472-2.7419	0.2058	301	0.1631	5337	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7419-2.8516	0.2191	288	0.1654	5232	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8516-2.9814	0.218	267	0.172	5512	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9814-3.1386	0.2049	281	0.1593	5487	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1386-3.3353	0.1911	271	0.1699	5351	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3353-3.5928	0.1898	284	0.1637	5467	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5928-3.9543	0.1704	271	0.1436	5251	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9543-4.5265	0.1569	277	0.1314	5213	X-RAY DIFFRACTION	91
4.5265-5.7027	0.1571	312	0.1347	5379	X-RAY DIFFRACTION	94
5.7027-82.63	0.1836	277	0.1757	5412	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.5738 Å / Origin y: 1.4741 Å / Origin z: 22.7455 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0357 Å²	-0.004 Å²	0.0045 Å²	-	-0.0041 Å²	0.0188 Å²	-	-	-0.0261 Å²
L	0.0405 °²	-0.0029 °²	-0.0004 °²	-	0.0704 °²	-0.0007 °²	-	-	0.0375 °²
S	0.0393 Å °	-0.0054 Å °	-0.0061 Å °	-0.065 Å °	0.0148 Å °	-0.008 Å °	0.0103 Å °	0.0453 Å °	0.0816 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 8:487 OR RESID 603:603 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 8:486 OR RESID 603:604 ) )	A	8 - 487
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 8:487 OR RESID 603:603 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 8:486 OR RESID 603:604 ) )	A	603
3	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 8:487 OR RESID 603:603 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 8:486 OR RESID 603:604 ) )	B	8 - 486
4	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 8:487 OR RESID 603:603 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 8:486 OR RESID 603:604 ) )	B	603 - 604

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