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- PDB-4lp6: Crystal Structure of Human Carbonic Anhydrase II in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lp6
タイトルCrystal Structure of Human Carbonic Anhydrase II in complex with a quinoline oligoamide foldamer
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLyase/lyase Inhibitor / protein-foldamer complex / protein foldamer interactions / modified inhibitor / anchored foldamer / HCAII dimerisation / Quinoline oligoamide foldamer / Benzene sulfonamide modified inhibitor / Lyase-lyase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / Developmental Lineage of Pancreatic Ductal Cells / carbonic anhydrase / regulation of intracellular pH ...positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / Developmental Lineage of Pancreatic Ductal Cells / carbonic anhydrase / regulation of intracellular pH / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / apical part of cell / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q4I / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Buratto, J. / Granier, T. / Langlois D'estaintot, B. / Huc, I. / Gallois, B.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Structure of a complex formed by a protein and a helical aromatic oligoamide foldamer at 2.1 angstrom resolution.
著者: Buratto, J. / Colombo, C. / Stupfel, M. / Dawson, S.J. / Dolain, C. / Langlois d'Estaintot, B. / Fischer, L. / Granier, T. / Laguerre, M. / Gallois, B. / Huc, I.
履歴
登録2013年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,10317
ポリマ－58,5782
非ポリマー3,52515
水2,666148
1
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,21511
ポリマ－29,2891
非ポリマー1,92610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8886
ポリマ－29,2891
非ポリマー1,5995
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.960, 84.170, 76.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 260 / Label seq-ID: 4 - 260

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological unit is the protein-foldamer complex. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & E and chains B & D)

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-Q4I / 8-({[4-(3-aminopropoxy)-8-({[4-hydroxy-8-({[4-(2-methylpropoxy)-8-({[4-(3-{[(4-sulfamoylbenzoyl)amino]methyl}phenoxy)butyl]carbamoyl}amino)quinolin-2-yl]carbonyl}amino)quinolin-2-yl]carbonyl}amino)quinolin-2-yl]carbonyl}amino)-4-(carboxymethoxy)quinoline-2-carboxylic acid


分子量: 1337.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C68H64N12O16S / 詳細: Organic chemistry - Solid Phase Synthesis
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.15
詳細: ZnAc, NaCac, PEG 8000, NaN3, pH 7.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日 / 詳細: Pt coated Si mirror
放射モノクロメーター: Silicon 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→45.64 Å / Num. all: 200947 / Num. obs: 31709 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 51.792 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.15-2.286.20.8372.21314385017501798.2
2.28-2.446.40.5163.63067247764776100
2.44-2.636.40.3046288564477447799.9
2.63-2.886.40.1610.892653041264126100
2.88-3.226.50.08219.36240303725372599.9
3.22-3.716.40.04532.39211003299329999.9
3.71-4.546.30.03543.751771928112811100
4.54-6.396.20.03248.861355021782178100
6.395.80.0349.9170301221122197.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3KS3

3ks3


解像度: 2.15→41.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.1827 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.815 / SU B: 6.117 / SU ML: 0.156 / SU R Cruickshank DPI: 0.2403 / SU Rfree: 0.2089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 1582 5 %RANDOM
Rwork0.1912 30046 --
obs0.1942 31628 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.86 Å2 / Biso mean: 49.0193 Å2 / Biso min: 24.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0 Å2-0.26 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3927 0 201 148 4276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8011.9885823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1623.0118554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7725512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53524.413179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.79315577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.5561513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2340.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2934.8232052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2914.8232052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6517.2222562
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14432 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.148→2.204 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 113 -
Rwork0.287 2166 -
all-2279 -
obs--98.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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