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万見
- PDB-4li7: TANKYRASE-1 complexed with small molecule inhibitor 4-chloro-5-cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4li7
タイトルTANKYRASE-1 complexed with small molecule inhibitor 4-chloro-5-cyano-N-{2-[4-(4-fluorobenzoyl)piperidin-1-yl]ethyl}-2-methoxybenzamide
要素Tankyrase-1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material ...negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / mitotic spindle pole / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / mRNA transport / spindle assembly / nuclear pore / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / peptidyl-threonine phosphorylation / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / protein transport / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / histone binding / peptidyl-serine phosphorylation / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / nuclear body / Ub-specific processing proteases / cell division / Golgi membrane / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1XP / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / FOURIER METHODS / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kirby, C.A. / Stams, T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Identification of NVP-TNKS656: The Use of Structure-Efficiency Relationships To Generate a Highly Potent, Selective, and Orally Active Tankyrase Inhibitor.
著者: Shultz, M.D. / Cheung, A.K. / Kirby, C.A. / Firestone, B. / Fan, J. / Chen, C.H. / Chen, Z. / Chin, D.N. / Dipietro, L. / Fazal, A. / Feng, Y. / Fortin, P.D. / Gould, T. / Lagu, B. / Lei, H. ...著者: Shultz, M.D. / Cheung, A.K. / Kirby, C.A. / Firestone, B. / Fan, J. / Chen, C.H. / Chen, Z. / Chin, D.N. / Dipietro, L. / Fazal, A. / Feng, Y. / Fortin, P.D. / Gould, T. / Lagu, B. / Lei, H. / Lenoir, F. / Majumdar, D. / Ochala, E. / Palermo, M.G. / Pham, L. / Pu, M. / Smith, T. / Stams, T. / Tomlinson, R.C. / Toure, B.B. / Visser, M. / Wang, R.M. / Waters, N.J. / Shao, W.
履歴
登録2013年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-1
B: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,23411
ポリマ－50,8192
非ポリマー1,4149
水3,279182
1
A: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1656
ポリマ－25,4101
非ポリマー7555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0695
ポリマ－25,4101
非ポリマー6594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.400, 44.000, 87.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tankyrase-1 / TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / ...TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / TNKS-1 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase / Tankyrase I


分子量: 25409.711 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP residues 1105-1325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS, PARP5A, PARPL, TIN1, TINF1, TNKS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-1XP / 4-chloro-5-cyano-N-{2-[4-(4-fluorobenzoyl)piperidin-1-yl]ethyl}-2-methoxybenzamide


分子量: 443.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23ClFN3O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE CONFLICT M1266I PRESENT IN UNP ENTRY O95271

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 17% PEG 3350, 100mM bis-tris, pH 6.2, 100 mM Ammonium Sulfate, 9 mg/ml TNKS1, 1 mM inhibitor, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 22921 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 5.12 / % possible all: 69.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: FOURIER METHODS / 解像度: 2.2→43.7 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1071 -
Rwork0.194 --
obs-22084 90.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.83 Å20 Å2-2.97 Å2
2--14.79 Å20 Å2
3----9.96 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3294 0 89 182 3565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 120 -
Rwork0.228 --
obs-2616 68.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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