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万見
- PDB-4lcc: Crystal structure of a human MAIT TCR in complex with a bacterial... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lcc
タイトルCrystal structure of a human MAIT TCR in complex with a bacterial antigen bound to humanized bovine MR1
要素
  • (Human MAIT TCR ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin, MHC class I-related protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin domain / MHC-class I-like / Antigen presentation / Antigen recognition / B Vitamins metabolites / Cell membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / alpha-beta T cell receptor complex / Neutrophil degranulation / response to metal ion / T cell receptor complex ...Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / alpha-beta T cell receptor complex / Neutrophil degranulation / response to metal ion / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / beta-2-microglobulin binding / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / T cell receptor binding / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / : / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin ...: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1XL / Major histocompatibility complex class I-related protein 1 / T cell receptor beta constant 1 / Beta-2-microglobulin / TRA@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.263 Å
データ登録者Lopez-Sagaseta, J. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2013
タイトル: MAIT Recognition of a Stimulatory Bacterial Antigen Bound to MR1.
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Dulberger, C.L. / McFedries, A. / Cushman, M. / Saghatelian, A. / Adams, E.J.
履歴
登録2013年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Beta-2-microglobulin, MHC class I-related protein
A: Human MAIT TCR alpha chain
B: Human MAIT TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4348
ポリマ－96,7223
非ポリマー7135
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area33890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.902, 88.585, 155.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin, MHC class I-related protein


分子量: 45265.551 Da / 分子数: 1 / 断片: P01888 residues 21-118, C1ITJ8 residues 19-295 / 変異: A185M, R260Q, Q264L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fusion Protein / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MR1, Bt.63045 / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C1ITJ8, UniProt: P01888

-
Human MAIT TCR ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 Human MAIT TCR alpha chain


分子量: 23164.713 Da / 分子数: 1 / 変異: T157C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q6P4G7*PLUS
#3: タンパク質 Human MAIT TCR beta chain


分子量: 28291.428 Da / 分子数: 1 / 変異: S172C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: Pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01850*PLUS

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非ポリマー , 3種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-1XL / 1-deoxy-1-[6-(hydroxymethyl)-2,4-dioxo-3,4-dihydropteridin-8(2H)-yl]-D-arabinitol


分子量: 328.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N4O7
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes, 1.5 M Ammonium Sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.263→50 Å / Num. all: 18509 / Num. obs: 18509 / % possible obs: 97.04 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 89.8 Å2 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 3.263→3.36 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique all: 766 / % possible all: 78.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 3.263→48.316 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3124 938 5.07 %
Rwork0.2569 --
obs0.2597 18496 96.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.263→48.316 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5783 0 43 1 5827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065986
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.048142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9832076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069867
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.263-3.43510.34921080.31062062X-RAY DIFFRACTION81
3.4351-3.65020.37761260.28642476X-RAY DIFFRACTION97
3.6502-3.9320.31391540.27782535X-RAY DIFFRACTION100
3.932-4.32740.32671400.24232553X-RAY DIFFRACTION100
4.3274-4.95310.25741360.19942591X-RAY DIFFRACTION100
4.9531-6.23820.28311600.24862581X-RAY DIFFRACTION100
6.2382-48.3160.32231140.26452760X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.80010.03030.3836.2436-0.28283.3379-0.066-0.18550.61870.8141-0.35210.2172-1.6162-0.64470.44431.56060.11520.08470.66540.03930.66-21.916234.123833.7299
22.1858-0.238-0.68885.3741-2.91164.169-0.097-0.2722-0.09730.808-0.1049-0.0434-2.01350.2370.11890.9316-0.14780.02880.68330.16680.6604-13.928512.254940.4703
30.6171-0.2796-0.50414.1811-4.22124.6275-0.0234-0.08260.03430.25260.0002-0.2257-0.76420.03580.1311.0372-0.1094-0.09020.55160.00710.5681-16.225528.822714.7382
44.07861.7054-1.81883.41141.32083.77120.12580.0079-0.1841-0.075-0.0638-0.13650.57480.2445-0.05770.65280.111-0.02860.52670.14670.5449-11.7575-18.611743.8511
51.2506-0.4402-0.26612.1412-0.63463.1653-0.6453-0.47920.33210.0561-0.0128-0.15951.54520.64910.66551.59550.1972-0.11540.67450.06770.7104-13.9771-45.944763.0883
60.36060.3113-0.81280.4437-0.93692.62590.0807-0.14580.21220.7304-0.13640.01580.6189-0.57690.19791.37860.2376-0.03520.8626-0.18580.9234-19.5848-49.193160.2377
78.06861.1253-6.21230.3219-1.15315.4517-0.58070.51430.38220.698-0.15790.26590.3783-0.48230.41940.95540.0107-0.1140.65590.00010.665-20.3858-44.783561.4581
83.90690.6517-1.41514.6718-0.35794.80330.2983-0.07980.6645-0.05310.03060.8199-0.763-0.9664-0.29480.65580.1340.090.74520.22470.7731-29.1488-8.581458.2082
94.02420.04220.84542.39671.69553.4669-1.01080.5923-0.0033-0.94350.70940.1220.8717-0.88890.11910.5039-0.06820.03390.76890.16660.6204-26.5831-15.484859.1147
106.9636-1.8219-1.62265.09271.47645.2547-0.44230.1788-0.16340.71650.2718-0.66651.0514-0.06290.20230.8634-0.03650.07950.50060.05070.4337-18.409-41.150870.8505
113.6844-0.093-1.19275.266-0.03711.78180.19621.00160.7689-0.7725-0.39530.17930.3917-0.45920.15950.4844-0.19190.01540.9637-0.00450.7428-23.672-35.46264.8275
125.1388-2.7205-1.09775.13130.89374.7843-0.4660.06480.29382.22680.0366-0.01581.2472-0.11650.04541.0422-0.26430.04190.58490.04430.575-21.5374-35.442976.0439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 91 through 272 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 273 through 384 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 2 through 103 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 104 through 129 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 130 through 151 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 152 through 177 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 86 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 87 through 124 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 125 through 162 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 163 through 188 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 189 through 244 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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