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- PDB-4lb3: Crystal structure of human AR complexed with NADP+ and {5-chloro-... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4lb3 | ||||||
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Title | Crystal structure of human AR complexed with NADP+ and {5-chloro-2-[(2-fluoro-4-iodobenzyl)carbamoyl]phenoxy}acetic acid | ||||||
![]() | Aldose reductase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Ruiz, F.X. / Fanfrlik, J. / Kolar, M. / Hobza, P. / Podjarny, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Modulation of aldose reductase inhibition by halogen bond tuning. Authors: Fanfrlik, J. / Kolar, M. / Kamlar, M. / Hurny, D. / Ruiz, F.X. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Rezac, J. / Munusamy, E. / Lepsik, M. / Matejicek, P. / Vesely, J. / Podjarny, A. / Hobza, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 169.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 129.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4lauC ![]() 4lazC ![]() 4lb4C ![]() 4lbrC ![]() 4lbsC ![]() 1us0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 35898.340 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-NAP / ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-M15 / { |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Sequence details | ACCORDING TO UNIPROT SEQUENCE DATABASE, THERE IS A L->I SEQUENCE CONFLICT AT THIS POSITION. |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.16 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 50 mM ammonium citrate, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 16, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: BARTELS MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 0.8→50 Å / Num. all: 314390 / Num. obs: 314390 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 15.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 1US0 Resolution: 0.8→33.353 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / SU ML: 0.05 / σ(F): 1.34 / Phase error: 9.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.1789 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 0.8→33.353 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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