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- PDB-4kzd: Crystal structure of an RNA aptamer in complex with fluorophore a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kzd
タイトルCrystal structure of an RNA aptamer in complex with fluorophore and Fab
要素
  • (BL3-6 Fab antibody, ...) x 2
  • RNA (84-MER)
キーワードimmune system/rna / G-quadruplex / Fluorescence / Fluorophore binding / In vitro / immune system-rna complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / sucrose / Chem-1TU / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.186 Å
データ登録者Huang, H. / Suslov, N.B. / Li, N. / Koldobskaya, Y. / Rice, P.A. / Piccirilli, J.A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: A G-quadruplex-containing RNA activates fluorescence in a GFP-like fluorophore.
著者: Huang, H. / Suslov, N.B. / Li, N.S. / Shelke, S.A. / Evans, M.E. / Koldobskaya, Y. / Rice, P.A. / Piccirilli, J.A.
履歴
登録2013年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32015年5月20日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: BL3-6 Fab antibody, heavy chain
L: BL3-6 Fab antibody, light chain
R: RNA (84-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0877
ポリマ－75,4273
非ポリマー6604
水8,395466
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: BL3-6 Fab antibody, heavy chain
L: BL3-6 Fab antibody, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4033
ポリマ－48,0602
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
3
R: RNA (84-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6844
ポリマ－27,3661
非ポリマー3183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
R: RNA (84-MER)
ヘテロ分子

H: BL3-6 Fab antibody, heavy chain
L: BL3-6 Fab antibody, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0877
ポリマ－75,4273
非ポリマー6604
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area7610 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.425, 79.602, 95.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 BL3-6 Fab antibody, heavy chain


分子量: 24665.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 BL3-6 Fab antibody, light chain


分子量: 23394.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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RNA鎖 / 糖 , 2種, 2分子 R

#3: RNA鎖 RNA (84-MER)


分子量: 27366.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Spinach RNA aptamer
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 469分子

#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-1TU / 4-(3,5-difluoro-4-hydroxybenzyl)-1,2-dimethyl-1H-imidazol-5-ol


分子量: 254.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12F2N2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% Tacsimate, 20% PEG 3,350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→46.69 Å / Num. all: 52772 / Num. obs: 52477 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 2.19→2.3 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
RAPDモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
RAPDデータスケーリング
RAPD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IVK

3ivk


解像度: 2.186→46.687 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 2000 3.81 %
Rwork0.179 --
obs0.1803 52457 98.01 %
all-52772 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.186→46.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 1815 43 466 5645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1687864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1232236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068946
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1857-2.24040.3521420.28343589X-RAY DIFFRACTION99
2.2404-2.3010.29121410.26623573X-RAY DIFFRACTION98
2.301-2.36870.28711440.23993595X-RAY DIFFRACTION98
2.3687-2.44510.2771430.22443614X-RAY DIFFRACTION99
2.4451-2.53250.25021430.21233611X-RAY DIFFRACTION99
2.5325-2.63390.25191440.20433655X-RAY DIFFRACTION99
2.6339-2.75370.24091440.20453614X-RAY DIFFRACTION98
2.7537-2.89890.24131420.20353594X-RAY DIFFRACTION98
2.8989-3.08050.23461430.19313601X-RAY DIFFRACTION99
3.0805-3.31830.22841430.18173584X-RAY DIFFRACTION98
3.3183-3.65210.23091410.16543566X-RAY DIFFRACTION96
3.6521-4.18030.17341420.15213597X-RAY DIFFRACTION98
4.1803-5.26560.15181430.13733608X-RAY DIFFRACTION97
5.2656-46.69780.18061450.16963656X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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