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万見
- PDB-4ifg: Crystal structure of TgCDPK1 with inhibitor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ifg
タイトルCrystal structure of TgCDPK1 with inhibitor bound
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1E8 / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者El Bakkouri, M. / Tempel, W. / Crandall, I. / Massad, T. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Kain, K. ...El Bakkouri, M. / Tempel, W. / Crandall, I. / Massad, T. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Kain, K. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TgCDPK1 with inhibitor bound
著者: El Bakkouri, M. / Tempel, W. / Crandall, I. / Massad, T. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Kain, K. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2012年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Non-polymer description
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7743
ポリマ－57,3331
非ポリマー4402
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.397, 72.778, 67.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative


分子量: 57333.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-1E8 / 1-{(3R)-3-[4-amino-3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]piperidin-1-yl}prop-2-en-1-one / Imbruvica / PCI-32765 / イブルチニブ


分子量: 440.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24N6O2
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Hepes pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 26339 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.851 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.11-2.155.20.94512811.1051100
2.15-2.195.30.89313201.131100
2.19-2.235.30.76313071.151100
2.23-2.275.40.64413121.314199.8
2.27-2.325.40.55913201.2111100
2.32-2.385.40.4313161.241100
2.38-2.445.40.34913131.2921100
2.44-2.55.40.31713061.2721100
2.5-2.585.40.26513411.3261100
2.58-2.665.40.20913081.4781100
2.66-2.755.40.1613121.451100
2.75-2.865.40.11913371.5421100
2.86-2.995.50.09313031.661100
2.99-3.155.40.07813131.8631100
3.15-3.355.40.0713372.418199.9
3.35-3.615.30.06413143.0981100
3.61-3.975.30.05113323.071199.9
3.97-4.545.20.04213233.073199.8
4.54-5.725.10.04113423.363199.9
5.72-504.70.03913023.315194.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRPacking: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→48.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2738 / WRfactor Rwork: 0.2137 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.7849 / SU B: 6.832 / SU ML: 0.181 / SU R Cruickshank DPI: 0.2732 / SU Rfree: 0.2202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1332 5.1 %RANDOM
Rwork0.2102 ---
obs0.2131 26323 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.02 Å2 / Biso mean: 53.9187 Å2 / Biso min: 27.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-1.11 Å2
2---1.62 Å2-0 Å2
3---1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→48.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3535 0 34 61 3630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0251.9775043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5555475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1324.667165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.81815681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0891520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1395.2851849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3617.9092320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6155.4311876
LS精密化 シェル解像度: 2.106→2.161 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 105 -
Rwork0.278 1746 -
all-1851 -
obs--96.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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