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- PDB-4icl: HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the incoming d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4icl
タイトルHIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the incoming dNTP binding site
要素
  • Reverse transcriptase/ribonuclease H
  • p51 RT
キーワードtransferase/transferase inhibitor / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA POLYMERASE / ENDONUCLEASE / HYDROLASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzoic acid / Chem-T27 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bauman, J.D. / Patel, D. / Arnold, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Detecting Allosteric Sites of HIV-1 Reverse Transcriptase by X-ray Crystallographic Fragment Screening.
著者: Bauman, J.D. / Patel, D. / Dharia, C. / Fromer, M.W. / Ahmed, S. / Frenkel, Y. / Vijayan, R.S. / Eck, J.T. / Ho, W.C. / Das, K. / Shatkin, A.J. / Arnold, E.
履歴
登録2012年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: p51 RT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,55616
ポリマ－114,0862
非ポリマー1,47014
水12,412689
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area46300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.053, 72.648, 109.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT


分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (unp residues 600-1154) / 変異: K771A, K772A, C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 p51 RT / Gag-Pol polyprotein


分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (unp residues 600-1027) / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

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非ポリマー , 5種, 703分子

#3: 化合物 ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略)


分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18N6 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-14N / 4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzoic acid / 4-(4-メチルピペラジノ)安息香酸


分子量: 220.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE, AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 277.0K , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.917 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月20日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 119988 / Num. obs: 117469 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 21.01
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.833.30.735184.6
1.83-1.863.50.625195.7
1.86-1.93.50.52196.5
1.9-1.943.50.403196.9
1.94-1.983.50.332197.4
1.98-2.033.50.271197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Adxvdata processing
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8_1069位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→38 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 2123 2 %
Rwork0.1788 --
obs0.1792 114627 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7929 0 89 689 8707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0148252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44111205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.683129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011408
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83910.30981320.29536786X-RAY DIFFRACTION96
1.8391-1.88190.27031290.27166799X-RAY DIFFRACTION96
1.8819-1.9290.26031370.24546871X-RAY DIFFRACTION97
1.929-1.98110.21241400.22816945X-RAY DIFFRACTION97
1.9811-2.03940.22081390.20756913X-RAY DIFFRACTION98
2.0394-2.10530.24281370.19566951X-RAY DIFFRACTION98
2.1053-2.18050.23521500.18887004X-RAY DIFFRACTION98
2.1805-2.26780.22621400.18147049X-RAY DIFFRACTION99
2.2678-2.3710.18891630.17817001X-RAY DIFFRACTION99
2.371-2.4960.22061620.17977094X-RAY DIFFRACTION100
2.496-2.65230.20791440.17517074X-RAY DIFFRACTION100
2.6523-2.8570.22221640.18067098X-RAY DIFFRACTION100
2.857-3.14440.22751730.1847128X-RAY DIFFRACTION100
3.1444-3.59910.19771350.17577165X-RAY DIFFRACTION100
3.5991-4.53330.15641230.15567235X-RAY DIFFRACTION100
4.5333-38.00820.16371230.16887223X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43730.12090.35970.38030.36671.55740.1036-0.1874-0.12940.1330.02250.13570.213-0.2073-0.13690.3216-0.02820.04620.290.05520.286343.6541-21.110352.8672
21.4862-0.04560.72291.8137-0.70332.57650.126-0.0029-0.2915-0.01180.18660.53210.2084-0.4503-0.11450.1983-0.01850.00410.19280.02870.287533.6307-19.026820.9858
32.5624-1.00461.53110.2321-0.36780.7604-0.0811-0.3121-0.12690.07440.14510.16810.0255-0.26270.00380.16270.00090.0760.27730.02540.227619.30354.66886.8146
43.0499-0.3270.81353.6842-0.36782.5568-0.07050.07750.290.1479-0.089-0.1583-0.41710.3615-0.0060.2286-0.06140.00170.19190.0330.136656.40731.47936.6419
51.7114-0.36730.62783.1134-0.98272.2537-0.28050.29580.76570.55130.0217-0.4453-0.77040.676-0.07060.455-0.2927-0.13050.34430.12220.471560.911315.088734.6602
63.5983-0.47882.58590.4653-0.28321.9788-0.0321-0.0582-0.21970.0669-0.1421-0.6096-0.24930.7581-0.00210.279-0.1702-0.05971.09370.26870.78260.171320.363115.1473
72.47970.29672.26262.47280.49485.3668-0.3630.02520.57520.13850.11810.1425-0.8854-0.06720.35480.2881-0.02110.05150.2397-0.00330.267426.817430.02185.4214
82.4419-0.11821.62614.2576-0.46682.3606-0.04080.16690.0864-0.0425-0.1615-0.0472-0.15270.07260.12990.2431-0.01710.06160.1872-0.01470.148442.915312.396218.1642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 296 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 297 through 383 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 384 through 554 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 83 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 84 through 194 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 195 through 253 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 254 through 325 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 326 through 428 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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