PDB-4i42: E.coli. 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthase (ecMenB) in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i42

タイトル

E.coli. 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthase (ecMenB) in complex with 1-hydroxy-2-naphthoyl-CoA

要素

1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / bicarbonate binding / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.848 Å

データ登録者

Sun, Y. / Song, H. / Li, J. / Li, Y. / Jiang, M. / Zhou, J. / Guo, Z.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural basis of the induced-fit mechanism of 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthase from the crotonase fold superfamily
著者: Sun, Y. / Song, H. / Li, J. / Li, Y. / Jiang, M. / Zhou, J. / Guo, Z.

履歴

登録	2012年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4i42.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4i42_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i42_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	4i42_validation.xml.gz	155.6 KB	表示
CIF形式データ	4i42_validation.cif.gz	209.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i42	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4i4zC 4i52C 4elxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nzy-1 1q51-1 4jcs-1 3t88-d 4i4z-2 4zdf-1 6ojm-2 4nek-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

C: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

D: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

E: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

F: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

G: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

H: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

I: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

J: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

K: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

L: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

397 kDa, 12 ポリマー
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1

A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

C: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

D: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

E: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

F: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
199 kDa, 6 ポリマー
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2

G: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

H: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

I: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

J: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

K: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

L: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
199 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.646, 141.659, 288.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / DHNA-CoA synthase 分子量: 31671.105 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2262, JW2257, menB / プラスミド: petM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 参照: UniProt: P0ABU0, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

#1: タンパク質

1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / DHNA-CoA synthase

分子量: 31671.105 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2262, JW2257, menB / プラスミド: petM / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: P0ABU0, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 9種, 2578分子

#2: 化合物	ChemComp-1HA / 1-hydroxy-2-naphthoyl-CoA 分子量: 937.698 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₂N₇O₁₈P₃S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200mM (NH4)2SO4, 23% PEG 3350, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.93 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月15日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.848→44.9 Å / Num. all: 287498 / Num. obs: 286348 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ELX

4elx

解像度: 1.848→44.872 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1819	1999	70 %
R_work	0.1542	-	-
obs	0.1544	286348	99.16 %
all	-	287498	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.4906 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.1556 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.335 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.848→44.872 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26362	0	1093	2476	29931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	28148
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.032	37990
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.021	10678
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	3901
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4928

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8484-1.8946	0.2449	135	0.2144	19178	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8946-1.9458	0.235	142	0.1968	20200	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9458-2.0031	0.19	141	0.1885	20240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0031-2.0678	0.2363	143	0.1668	20250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0678-2.1417	0.1725	142	0.1581	20235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1417-2.2274	0.2075	143	0.1486	20326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2274-2.3288	0.2017	143	0.1519	20286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3288-2.4515	0.1756	144	0.149	20403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4515-2.6051	0.193	143	0.1507	20423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6051-2.8062	0.1804	144	0.1473	20413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8062-3.0886	0.1739	144	0.1493	20526	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0886-3.5353	0.1683	145	0.1395	20563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5353-4.4535	0.1459	143	0.1296	20412	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4535-44.8851	0.1819	147	0.1698	20894	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7355	-0.1038	-0.1666	4.6291	2.1521	1.8627	0.167	-0.1071	0.2873	0.7743	-0.2964	0.8432	0.2861	-0.3498	0.2037	0.3701	-0.0903	0.0772	0.3332	0.033	0.275	-41.3848	1.7666	10.0727
2	1.5397	-2.2497	-1.5224	6.335	3.1285	1.8759	-0.0827	-0.1427	-0.4815	0.2941	-0.0846	0.8035	0.5845	-0.3598	0.1649	0.3127	-0.1394	-0.0522	0.2687	0.0573	0.2607	-41.9849	-16.2796	-2.3549
3	1.5825	-0.6215	0.2709	2.3393	0.1065	1.612	0.0417	0.0294	-0.1848	-0.0334	-0.0174	0.1568	0.313	-0.2574	-0.0654	0.2023	-0.0908	-0.0391	0.1894	0.0273	0.162	-35.992	-12.954	-3.886
4	1.4784	-0.7142	-0.69	2.2282	0.1821	3.6438	0.1694	0.1384	-0.2556	-0.2141	0.0129	0.0478	0.7692	-0.1474	-0.0992	0.3935	-0.0526	-0.0761	0.197	0.0067	0.2918	-25.2576	-24.2526	-9.0497
5	0.8708	-0.1001	-0.1344	0.2229	-0.1013	0.4807	0.0118	-0.0527	-0.0257	-0.0126	0.0151	0.0098	0.1442	0.0081	-0.0286	0.1829	-0.0064	-0.0222	0.1497	0.0104	0.1528	-19.1264	-8.8951	-1.0583
6	4.3406	-4.7922	3.4979	5.2836	-3.8604	3.013	-0.0617	-0.238	-0.0722	0.4046	0.1471	0.1534	0.0016	-0.2691	-0.0939	0.1529	-0.0429	-0.0183	0.1944	0.0115	0.1424	-34.0217	-1.6941	9.5688
7	0.7139	-0.525	-0.1669	0.4159	0.1971	0.2107	0.0093	0.0634	0.0017	-0.0203	-0.0042	0.0074	0.1496	-0.127	-0.0098	0.1571	-0.0231	-0.0249	0.1763	0.0124	0.1706	-31.0088	7.6768	-12.5636
8	3.901	0.7421	2.1978	0.3657	0.1646	2.498	-0.0594	0.2005	0.4281	-0.1543	-0.0126	0.3374	-0.2459	-0.1227	0.0787	0.17	0.0331	-0.0266	0.2386	0.0283	0.3043	-42.228	22.04	-27.7243
9	1.8923	-0.5088	-0.1838	5.2591	-1.3818	1.9696	0.003	0.0847	0.0771	-0.3675	-0.0981	-0.6582	0.2067	0.6885	0.1013	0.2396	0.1586	0.0632	0.4964	-0.035	0.1894	17.2702	0.7944	-42.7272
10	1.038	-0.0023	0.0141	2.1903	0.0179	1.2171	0.0327	0.0157	-0.0434	-0.1101	-0.0524	-0.0869	0.2847	0.4746	-0.0094	0.2647	0.1823	0.0081	0.38	-0.0248	0.1789	12.4124	-6.8565	-35.386
11	0.7887	0.3788	-0.0901	0.2499	0.0646	0.9738	0.0388	0.0319	-0.078	-0.0677	0.0038	-0.0906	0.3325	0.2394	-0.0135	0.2465	0.1098	-0.0107	0.2059	-0.0248	0.1627	-1.5322	-6.5507	-37.6699
12	1.188	0.5542	0.1803	1.4952	0.2237	0.157	0.1105	0.1239	0.0181	-0.0151	0.0019	-0.1024	0.2113	0.3385	-0.0777	0.1322	0.0465	0.0051	0.2269	-0.0194	0.1668	4.6744	10.9136	-22.6776
13	8.4534	-0.3097	5.1367	1.5726	-0.6331	6.1931	0.0481	0.0817	-0.0767	0.1333	-0.0593	-0.261	0.1752	0.2292	-0.0006	0.1861	0.0054	-0.0046	0.2185	-0.0232	0.3052	15.1232	24.3742	-6.0057
14	6.6809	-1.7776	4.2996	2.6397	-2.3863	4.087	-0.1062	0.2944	0.5387	0.2097	-0.2351	-0.4263	-0.2143	0.395	0.3414	0.1385	-0.0056	0.0234	0.182	-0.05	0.1556	-4.3333	34.2289	7.1344
15	1.4023	0.1985	-0.2297	1.0842	-0.1365	1.1725	0.0339	-0.059	0.0758	-0.0084	-0.0283	-0.0579	-0.1024	0.0943	-0.0222	0.0615	0.0041	0.0102	0.1313	-0.0078	0.1207	-13.2477	33.0686	-0.9028
16	0.7757	0.169	-0.1768	0.6955	-0.2473	1.1127	0.0073	-0.0235	0.0745	-0.0521	0.0504	0.1037	-0.031	-0.1368	-0.0289	0.0757	0.0028	-0.0097	0.1221	-0.0018	0.1435	-22.0476	25.5461	-3.6904
17	0.2702	0.0792	0.0293	0.2045	-0.0423	0.5554	0.0298	-0.0503	-0.0039	-0.0058	-0.0109	-0.0308	0.039	0.053	-0.0145	0.077	0.0163	-0.0071	0.1299	-0.0023	0.1425	-11.4901	16.0197	-0.9787
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精密化 TLSグループ

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4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 77:107 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 108:206 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 207:222 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 223:259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 260:285 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 2:30 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 31:76 )
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12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 223:259 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 260:285 )
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 25:76 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESID 77:140 )
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESID 207:241 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESID 242:259 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN D AND (RESID 260:285 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN E AND (RESID 1:30 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN E AND (RESID 31:96 )
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32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN E AND (RESID 260:285 )
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42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN G AND (RESID 18:30 )
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68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN K AND (RESID 1:30 )
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85	X-RAY DIFFRACTION	85	CHAIN L AND (RESID 260:285 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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