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- PDB-4f9c: Human CDC7 kinase in complex with DBF4 and XL413 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f9c
タイトルHuman CDC7 kinase in complex with DBF4 and XL413
要素
  • Cell division cycle 7-related protein kinase
  • Protein DBF4 homolog A
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / SER/THR PROTEIN KINASE / TRANSFERASE / PHOSPHORYLATION / CELL CYCLE / CELL DIVISION / MITOSIS / S PHASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / DBF4-dependent kinase / DDK / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / ZINC-BINDING / NUCLEUS / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dbf4-dependent protein kinase complex / regulation of cell cycle phase transition / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / cell cycle phase transition / Activation of the pre-replicative complex / double-strand break repair via break-induced replication / Activation of ATR in response to replication stress / intercellular bridge / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Transcriptional Regulation by E2F6 ...Dbf4-dependent protein kinase complex / regulation of cell cycle phase transition / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / cell cycle phase transition / Activation of the pre-replicative complex / double-strand break repair via break-induced replication / Activation of ATR in response to replication stress / intercellular bridge / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / protein serine/threonine kinase activator activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / mitotic spindle / kinase activity / DNA replication / nucleic acid binding / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 - #40 / DBF zinc finger / Zinc finger, DBF-type / DBF-type zinc finger superfamily / : / DBF zinc finger / Zinc finger DBF4-type profile. / Zinc finger in DBF-like proteins / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 - #40 / DBF zinc finger / Zinc finger, DBF-type / DBF-type zinc finger superfamily / : / DBF zinc finger / Zinc finger DBF4-type profile. / Zinc finger in DBF-like proteins / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0SX / Cell division cycle 7-related protein kinase / Protein DBF4 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Hughes, S. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of human CDC7 kinase in complex with its activator DBF4.
著者: Hughes, S. / Elustondo, F. / Di Fonzo, A. / Leroux, F.G. / Wong, A.C. / Snijders, A.P. / Matthews, S.J. / Cherepanov, P.
履歴
登録2012年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division cycle 7-related protein kinase
B: Protein DBF4 homolog A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9124
ポリマ－57,5572
非ポリマー3552
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.270, 61.270, 238.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Cell division cycle 7-related protein kinase / CDC7-related kinase / HsCdc7 / huCdc7


分子量: 40633.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC7, CDC7L1 / プラスミド: pRSF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2(DE3)
参照: UniProt: O00311, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Protein DBF4 homolog A / Activator of S phase kinase / Chiffon homolog A / DBF4-type zinc finger-containing protein 1


分子量: 16923.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: coexpression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASK, DBF4, DBF4A, ZDBF1 / プラスミド: pCDF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2(DE3) / 参照: UniProt: Q9UBU7
#3: 化合物 ChemComp-0SX / 8-chloro-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl][1]benzofuro[3,2-d]pyrimidin-4(3H)-one


分子量: 289.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12ClN3O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG-1500, 15% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→61.27 Å / Num. all: 28800 / Num. obs: 28512 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2059 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→59.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.524 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24884 1455 5.1 %RANDOM
Rwork0.20352 ---
obs0.20579 28458 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→59.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3177 0 21 81 3279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.181.9814412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7635388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3424.276152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.92515588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1191518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 104 -
Rwork0.258 1711 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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