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万見
- PDB-4f1l: Human Artd8 (Parp14, Bal2) - catalytic domain in complex with inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f1l
タイトルHuman Artd8 (Parp14, Bal2) - catalytic domain in complex with inhibitor A16(Z)
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 14
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / NAD / ADP-RIBOSE / PARP14 / BAL2 / ARTD8 / ARTD Transferase domain / ADP-ribosylation / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / : / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / : / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / enzyme binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PARP-14, RNA recognition motif 2 / : / : / : / : / : / : / : / : / Parp14 WWE domain ...PARP-14, RNA recognition motif 2 / : / : / : / : / : / : / : / : / Parp14 WWE domain / PARP14, first type I KH domain / PARP14, second RRM domain / PARP14, second type I KH domain / PARP14, third type I KH domain / PARP14, fourth type I KH domain / PARP14, fifth type I KH domain / PARP14, sixth type I KH domain / : / PAR14-like, first RRM domain / : / PARP14-like, eighth type I KH domain / PARP14, third RRM domain / : / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0RY / NITRATE ION / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Karlberg, T. / Andersson, C.D. / Lindgren, A. / Spjut, S. / Thorsell, A.G. / Ekblad, T. / Weigelt, J. / Elofsson, M. / Linusson, A. / Schuler, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of Ligands for ADP-Ribosyltransferases via Docking-Based Virtual Screening.
著者: Andersson, C.D. / Karlberg, T. / Ekblad, T. / Lindgren, A.E. / Thorsell, A.G. / Spjut, S. / Uciechowska, U. / Niemiec, M.S. / Wittung-Stafshede, P. / Weigelt, J. / Elofsson, M. / Schuler, H. / Linusson, A.
履歴
登録2012年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,53510
ポリマ－88,4744
非ポリマー1,0616
水4,414245
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4153
ポリマ－22,1191
非ポリマー2962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3532
ポリマ－22,1191
非ポリマー2341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4153
ポリマ－22,1191
非ポリマー2962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3532
ポリマ－22,1191
非ポリマー2341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7685
ポリマ－44,2372
非ポリマー5303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
6
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7685
ポリマ－44,2372
非ポリマー5303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.649, 81.894, 83.187
Angle α, β, γ (deg.)60.12, 78.32, 80.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1534 - 1720 / Label seq-ID: 7 - 193

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14 / B aggressive lymphoma protein 2


分子量: 22118.590 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAL2, KIAA1268, PARP14 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 pRARE / 参照: UniProt: Q460N5, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-0RY / (2Z)-4-[(3-carbamoylphenyl)amino]-4-oxobut-2-enoic acid


分子量: 234.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10N2O4
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris, 1.3mM A16, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35 Å / Num. all: 67716 / Num. obs: 67716 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4926 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SMI

3smi


解像度: 1.9→34.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.192 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23939 3386 5 %RANDOM
Rwork0.19666 ---
obs0.1988 64330 100 %-
all-64330 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.939 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0.09 Å20.08 Å2
2--0.78 Å20.51 Å2
3----1.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5986 0 76 245 6307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.9338496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9733.00310026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0095738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.52124.132334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83815948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0091533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0281.53711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3591.51473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7826010
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53132538
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0334.52484
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1049medium positional0.40.5
B1049medium positional0.890.5
C1049medium positional0.490.5
D1049medium positional0.420.5
A1367loose positional0.825
B1367loose positional1.465
C1367loose positional0.875
D1367loose positional0.875
A1049medium thermal1.012
B1049medium thermal1.382
C1049medium thermal1.112
D1049medium thermal1.72
A1367loose thermal1.0410
B1367loose thermal1.2810
C1367loose thermal1.0810
D1367loose thermal1.4910
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 245 -
Rwork0.245 4668 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2699-0.01950.27210.2963-0.06560.93740.00950.00780.0288-0.0017-0.02440.03530.07530.06020.0150.06340.0146-0.00170.01880.01060.02431.0210.3280.459
20.197-0.10120.08030.43240.41220.94130.0477-0.0329-0.0001-0.0346-0.0551-0.01550.0137-0.09130.00740.03840.002900.0436-0.00030.01956.35230.0090.485
30.1365-0.1151-0.15190.5104-0.05891.10320.0015-0.0352-0.0433-0.0408-0.05770.0465-0.07860.05110.05630.0361-0.0106-0.01010.05050.01650.01730.97429.761-33.064
40.18360.11710.16120.22860.15780.93610.026-0.05180.0307-0.0021-0.0352-0.01770.058-0.01840.00920.0096-0.01510.00650.0899-0.00570.0328-3.041-0.122-33.605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1534 - 1720
2X-RAY DIFFRACTION2B1532 - 1720
3X-RAY DIFFRACTION3C1534 - 1720
4X-RAY DIFFRACTION4D1534 - 1720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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