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万見
- PDB-4dfm: Crystal structure of the large fragment of DNA polymerase I from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dfm
タイトルCrystal structure of the large fragment of DNA polymerase I from Thermus aquaticus in ternary complex with 5-(aminopentinyl)-2-dCTP
要素
  • 5'-d(AAAGCGCGCCGTGGTC)-3'
  • 5'-d(GACCACGGCGC ddG)-3'
  • DNA polymerase I, thermostable
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / hydrolase activity, acting on ester bonds / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0L6 / FORMIC ACID / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference Fourier Techniques / 解像度: 1.886 Å
データ登録者Bergen, K. / Steck, A. / Struett, S. / Baccaro, A. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Structures of KlenTaq DNA Polymerase Caught While Incorporating C5-Modified Pyrimidine and C7-Modified 7-Deazapurine Nucleoside Triphosphates.
著者: Bergen, K. / Steck, A.L. / Strutt, S. / Baccaro, A. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
履歴
登録2012年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, thermostable
B: 5'-d(GACCACGGCGC ddG)-3'
C: 5'-d(AAAGCGCGCCGTGGTC)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,52214
ポリマ－69,5193
非ポリマー1,00411
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.260, 108.260, 90.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1062-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / Taq polymerase 1


分子量: 60936.965 Da / 分子数: 1 / 断片: Klenow Fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: pol I, pol1, polA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-d(GACCACGGCGC ddG)-3'


分子量: 3657.395 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Primer / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesizer
#3: DNA鎖 5'-d(AAAGCGCGCCGTGGTC)-3'


分子量: 4924.192 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Template / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesizer

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#4: 化合物 ChemComp-0L6 / 5-(5-aminopent-1-yn-1-yl)-2'-deoxycytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)


分子量: 550.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N4O13P3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 8000, 200mM Mg-Formate, 100 mM Tris pH 8.0 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator, Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.886→47.15 Å / Num. all: 49434 / Num. obs: 48761 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Net I/σ(I): 12.77
反射 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique all: 3643 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928位相決定
精密化構造決定の手法: Difference Fourier Techniques
開始モデル: PDB ENTRY 3M8S

3m8s


解像度: 1.886→46.878 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: isotropic and tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 2442 5.01 %randoom
Rwork0.1859 ---
obs0.1875 48759 98.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.218 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.3973 Å2-0 Å20 Å2
2--9.3973 Å20 Å2
3---2.3756 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.886→46.878 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4260 570 61 248 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9927150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0411950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004804
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8863-1.92480.32221080.27182149X-RAY DIFFRACTION78
1.9248-1.96660.26991480.23122701X-RAY DIFFRACTION99
1.9666-2.01240.27531580.21322714X-RAY DIFFRACTION100
2.0124-2.06270.22641420.21062732X-RAY DIFFRACTION100
2.0627-2.11850.25431330.19962727X-RAY DIFFRACTION100
2.1185-2.18080.24251360.18372740X-RAY DIFFRACTION100
2.1808-2.25120.22721310.17852755X-RAY DIFFRACTION100
2.2512-2.33170.20211390.17712734X-RAY DIFFRACTION100
2.3317-2.4250.2461250.1772806X-RAY DIFFRACTION100
2.425-2.53540.20921500.18132715X-RAY DIFFRACTION100
2.5354-2.6690.25841520.18892759X-RAY DIFFRACTION100
2.669-2.83630.22771500.20592758X-RAY DIFFRACTION100
2.8363-3.05520.2461410.19412754X-RAY DIFFRACTION100
3.0552-3.36260.18991500.17892785X-RAY DIFFRACTION100
3.3626-3.8490.19141630.16752763X-RAY DIFFRACTION100
3.849-4.84850.18751530.16772814X-RAY DIFFRACTION100
4.8485-46.89240.21431630.19592911X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9514-0.1383-0.16082.2130.03771.4836-0.0241-0.0628-0.3694-0.1854-0.0156-0.39550.25680.20180.05340.1644-0.03320.04090.11270.00760.202539.714-43.0274-17.6989
20.82690.53220.07871.07120.21281.1941-0.0055-0.10470.12520.00170.0230.035-0.36620.0609-0.01340.0893-0.03460.0210.04580.02150.080235.7819-12.6161-0.6895
31.64580.4780.08990.5855-1.07562.9445-0.0504-0.75420.5330.30740.1850.3336-0.9978-0.79210.0280.37810.20730.03890.5204-0.01810.257611.3627-13.7142-8.4485
40.7610.1190.32681.2125-0.29082.2956-0.2299-0.12370.2128-0.25630.05190.517-0.6449-0.8828-0.331-0.2217-0.06330.16290.06730.1507-0.082117.2208-24.8958-12.9819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 294:433)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 434:603)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 604:685)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 686:832)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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