PDB-4de9: LytR-CPS2A-psr family protein YwtF (TagT) with bound octaprenyl p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4de9

タイトル

LytR-CPS2A-psr family protein YwtF (TagT) with bound octaprenyl pyrophosphate lipid

要素

Putative transcriptional regulator ywtF

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Possible role in wall techoic acid synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / cell wall organization / transferase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.787 Å

データ登録者

Eberhardt, A. / Hoyland, C.N. / Vollmer, D. / Bisle, S. / Cleverley, R.M. / Johnsborg, O. / Havarstein, S. / Lewis, R.J. / Vollmer, W.

引用

ジャーナル: Microb Drug Resist / 年: 2012
タイトル: Attachment of Capsular Polysaccharide to the Cell Wall in Streptococcus pneumoniae.
著者: Eberhardt, A. / Hoyland, C.N. / Vollmer, D. / Bisle, S. / Cleverley, R.M. / Johnsborg, O. / Havarstein, L.S. / Lewis, R.J. / Vollmer, W.

履歴

登録	2012年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4de9.cif.gz	156.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4de9.ent.gz	125.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4de9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4de9_validation.pdf.gz	612.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4de9_full_validation.pdf.gz	618.2 KB	表示
XML形式データ	4de9_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	4de9_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/4de9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/4de9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4de8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5q1h-4 5q0p-2 5q1b-2 3oof-1 4wvd-1 5q0o-1 3oki-1 5q1h-2 3olf-1 3ook-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative transcriptional regulator ywtF

ヘテロ分子

32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.740, 65.740, 137.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-688- HOH

#1: タンパク質	Putative transcriptional regulator ywtF 分子量: 32063.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 98-481 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ywtF, BSU35840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q7WY78
#2: 化合物	ChemComp-VTP / (2Z,6Z,10Z,14Z,18Z,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-octaen-1-yl trihydrogen diphosphate 分子量: 722.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₆₈O₇P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES 20% PEG 3350 0.2M MgCl2 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月27日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.787→47.5 Å / Num. all: 29369 / Num. obs: 29369 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.787→1.88 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.787→32.87 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 20.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2186	1486	5.08 %	Random
R_work	0.1951	-	-	-
all	0.1964	29245	-	-
obs	0.1964	29245	99.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.843 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.787→32.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1888	0	49	211	2148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1961
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	2634
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.891	748
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	334

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7871-1.8447	0.3375	120	0.2902	2486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8447-1.9107	0.3199	123	0.2534	2491	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9107-1.9872	0.2506	122	0.217	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9872-2.0776	0.2422	137	0.2011	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0776-2.1871	0.2259	143	0.1966	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1871-2.3241	0.243	135	0.1912	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3241-2.5035	0.2338	146	0.1816	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5035-2.7553	0.2322	136	0.1988	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7553-3.1537	0.2377	138	0.1965	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1537-3.9723	0.2053	153	0.1817	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9723-32.8755	0.1805	133	0.1904	2685	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.671	0.8563	2.1845	6.4029	2.9703	6.7551	0.0905	-0.2724	-0.1723	0.1862	-0.0036	0.709	-0.0784	-0.59	0.0627	0.1276	0.0021	0.0414	0.1843	0.1009	0.2228	-25.908	8.4614	-9.3227
2	3.6874	-0.8569	0.9896	2.2029	0.1294	2.1618	-0.0707	-0.039	0.0187	0.0992	0.0514	0.263	-0.0987	-0.0946	0.0085	0.1399	0.0127	-0.0024	0.1647	0.0496	0.1541	-16.8573	15.7953	-8.734
3	4.2041	-1.2055	3.0189	0.6807	-0.8139	3.873	-0.1579	-0.3373	0.1618	0.1014	0.1262	0.1122	-0.1696	-0.2061	0.045	0.1533	0.0148	0.0054	0.1372	0.021	0.1811	-6.3706	6.8145	5.8644
4	3.3621	0.8122	0.9695	4.6622	-1.0858	1.5403	0.1034	-0.3431	-0.2146	0.1645	-0.0406	-0.0784	0.0015	-0.1624	-0.0416	0.1047	0.0061	0.0146	0.2217	0.015	0.0587	-13.3366	9.9521	-7.038
5	2.0761	2.069	0.5158	2.114	1.1653	8.4006	-0.3102	0.7472	-0.4864	-0.7539	0.4388	-0.4114	0.3111	0.2131	-0.0209	0.2289	0.0107	0.001	0.3322	-0.0064	0.3137	-12.272	10.7372	-20.7386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 51:95)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 96:152)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 153:243)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 244:305)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 306:322)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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