PDB-4d43: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2-(2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d43

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2-(2- chloro-4-nitrophenoxy)-5-ethyl-4-fluorophenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI / FABI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Tonge, P.J. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: An Ordered Water Channel in Staphylococcus Aureus Fabi: Unraveling the Mechanism of Substrate Recognition and Reduction.
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Merget, B. / Bommineni, G.R. / Yu, W. / Spagnuolo, L.A. / Baxter, M.V. / Tareilus, M. / Tonge, P.J. / Kisker, C. / Sotriffer, C.A.

履歴

登録	2014年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4d43_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d43_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d43	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4d41C 4d42C 4d44C 4d45C 4d46C 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d41-1 4bnl-2 4bnn-1 4bnn-2 4alk-1 4bng-1 6yur-2 4ali-2 5i7v-1 4ali-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

260 kDa, 8 ポリマー
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1

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
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2

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.180, 94.880, 94.900
Angle α, β, γ (deg.)	98.45, 111.49, 97.30
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0J9X1Y0*PLUS, EC: 1.3.1.10

#1: タンパク質

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE

分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0J9X1Y0*PLUS, EC: 1.3.1.10

-
非ポリマー , 5種, 1581分子

#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#5: 化合物	ChemComp-9W7 / 2-(2-chloro-4-nitrophenoxy)-5-ethyl-4-fluorophenol 分子量: 311.693 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁ClFNO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.79 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 47% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→40.68 Å / Num. obs: 148864 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.15→40.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 10.352 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23031	7495	5 %	RANDOM
R_work	0.17041	-	-	-
obs	0.17342	141365	97.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.295 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.92 Å²	0.02 Å²	0.78 Å²
2-	-	-0.69 Å²	-0.8 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15640	0	684	1550	17874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	17078
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.742	1.999	23144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.016	5	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.69	24.766	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.463	15	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.144	15	109
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	13241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.376	1.5	10364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.119	2	16576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.893	3	6714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.784	4.5	6547
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	548	-
R_work	0.22	10373	-
obs	-	-	96.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6469	1.2281	-1.2707	3.9493	-0.5935	1.6257	-0.0383	-0.3057	-0.2067	0.0619	0.0015	-0.1672	0.1924	0.2862	0.0368	0.1058	0.0486	-0.0269	0.1501	0.07	0.0697	12.7755	32.3347	19.9549
2	5.6219	1.4257	-0.0789	2.3481	-0.2314	2.3428	0.0354	-0.5258	-0.3526	0.2511	-0.0849	0.013	0.2791	0.296	0.0495	0.1703	0.0522	-0.0028	0.1677	0.0882	0.0738	9.2796	28.6757	26.9238
3	1.8994	0.1199	0.7172	0.7983	0.0846	1.0404	-0.0151	-0.2742	-0.0407	0.2445	-0.0003	0.0386	0.099	-0.0305	0.0154	0.1544	0.0027	0.0144	0.1391	0.0411	0.0968	-0.6581	38.4665	22.5061
4	1.4014	0.1985	0.228	0.3811	0.1371	0.7234	-0.0644	-0.1208	-0.0047	0.0946	0.0431	0.0413	-0.0189	0.009	0.0213	0.105	-0.007	0.0131	0.0698	0.0206	0.1031	-3.0258	41.9252	11.6565
5	0.9818	-0.4427	-0.246	0.5892	-0.2461	0.4018	-0.0227	-0.0607	0	0.0142	0.0315	-0.0029	-0.0026	0.0423	-0.0088	0.0931	-0.0051	0.0055	0.0923	0.0039	0.0718	2.9126	43.8551	8.1155
6	2.1863	0.1304	-1.9303	0.9669	1.046	9.1479	-0.3889	0.5024	-0.6096	0.116	0.0738	-0.0417	1.1132	-0.8794	0.3151	0.2327	-0.0903	0.0642	0.2052	-0.0685	0.3366	2.1585	23.3096	0.6217
7	1.4412	-0.3052	-0.0519	0.7439	0.4669	0.7109	-0.048	-0.0995	-0.1091	0.0087	0.0352	-0.0697	0.0465	0.1561	0.0128	0.0731	-0.0108	-0.0043	0.1083	0.0286	0.0996	13.6576	35.7367	3.885
8	1.7091	-0.0143	-0.3797	0.8739	-0.237	0.1528	0.0099	0.3194	0.0527	0.0844	0.0354	0.1021	-0.0424	-0.0992	-0.0453	0.1575	0.071	-0.0269	0.2038	0.0053	0.1306	-23.3917	57.9293	-11.9023
9	1.4094	-0.6976	0.1592	1.6863	0.1563	3.6831	0.0922	0.1208	0.1687	-0.0558	-0.0934	0.1466	-0.203	-0.5066	0.0011	0.0718	0.1062	-0.0171	0.1889	0.0232	0.1859	-30.2103	60.4871	-7.528
10	2.471	0.1095	1.3088	0.5281	0.239	2.2462	-0.0408	-0.0133	-0.0054	0.0709	0.0143	0.1908	-0.0194	-0.2318	0.0265	0.0646	0.0392	0.0214	0.125	0.0028	0.1194	-24.4258	49.8304	0.9366
11	0.6653	-0.0584	-0.0556	0.5146	0.1974	1.273	0.0138	0.0244	-0.0093	0.0904	0.0128	0.0957	-0.0077	-0.1006	-0.0266	0.0659	0.0021	0.0083	0.0794	0.0017	0.1028	-13.1352	47.6831	2.6195
12	0.8678	-0.818	-0.3194	0.8117	0.0987	1.1901	0.0359	0.0519	0.0092	-0.0322	-0.0331	0.006	-0.0454	-0.1285	-0.0029	0.0536	-0.0077	-0.0045	0.0769	0.0169	0.1105	-9.4937	47.2187	-3.2734
13	10.2641	1.3412	-4.6047	1.8622	-1.02	3.5535	0.3073	-0.6176	0.5179	0.3934	-0.0505	-0.0336	-0.5493	0.3374	-0.2568	0.1793	0.0057	-0.0225	0.1028	-0.0618	0.139	-4.4215	68.4585	-0.1793
14	0.3219	-0.169	-0.5091	0.7881	0.3173	0.8193	0.0778	0.0734	0.0396	-0.0989	-0.0438	-0.0102	-0.138	-0.0898	-0.034	0.1262	0.0104	-0.0139	0.1321	0.0315	0.1245	-6.9163	57.1141	-13.0513
15	1.6251	0.4317	-0.212	2.2107	0.611	0.3392	0.0148	0.2701	-0.0783	-0.2087	-0.01	0.1411	-0.0721	-0.1348	-0.0048	0.1237	0.0555	-0.0421	0.237	-0.0016	0.0673	-6.3593	50.9741	-34.2186
16	4.4075	-1.8313	-0.5941	1.9969	1.0217	1.1894	0.1416	0.2879	0.0461	-0.4399	-0.1432	0.043	-0.1221	-0.2355	0.0016	0.1772	0.0265	-0.0238	0.2411	0.0426	0.0178	-1.8327	49.699	-42.7296
17	1.5137	-0.7353	0.5844	0.5628	-0.1153	1.2658	0.0634	0.2686	0.106	-0.1943	-0.0024	-0.026	-0.118	0.0802	-0.061	0.1896	-0.0272	0.0137	0.2616	0.0407	0.0792	10.0081	52.4773	-34.7016
18	1.6722	-0.7327	0.1881	0.4723	-0.2057	0.9615	0.0567	0.1171	0.1222	-0.1016	0.0117	-0.0824	-0.1149	0.0575	-0.0684	0.1286	-0.0268	0.0163	0.1482	-0.0079	0.0702	12.0161	49.9919	-24.0477
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	F	30 - 61
38	X-RAY DIFFRACTION	38	F	62 - 104
39	X-RAY DIFFRACTION	39	F	105 - 154
40	X-RAY DIFFRACTION	40	F	155 - 193
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	194 - 214
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	215 - 256
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	3 - 29
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	215 - 256
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	30 - 61
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	62 - 104
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	105 - 154
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	155 - 193
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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