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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cdd | |||||||||
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タイトル | Human DPP1 in complex with (2S)-N-((1S)-1-cyano-2-(4-(4-cyanophenyl) phenyl)ethyl)piperidine-2-carboxamide | |||||||||
要素 | (DIPEPTIDYL PEPTIDASE 1 ...) x 3 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / INHIBITOR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dipeptidyl-peptidase I / peptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / negative regulation of myelination / positive regulation of microglial cell activation / Cargo concentration in the ER / dipeptidyl-peptidase activity / COPII-mediated vesicle transport / chloride ion binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle ...dipeptidyl-peptidase I / peptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / negative regulation of myelination / positive regulation of microglial cell activation / Cargo concentration in the ER / dipeptidyl-peptidase activity / COPII-mediated vesicle transport / chloride ion binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / : / phosphatase binding / cysteine-type peptidase activity / MHC class II antigen presentation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of apoptotic signaling pathway / proteolysis involved in protein catabolic process / T cell mediated cytotoxicity / azurophil granule lumen / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / lysosome / immune response / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Debreczeni, J. / Edman, K. / Furber, M. / Tiden, A. / Gardiner, P. / Mete, T. / Ford, R. / Millichip, I. / Stein, L. / Mather, A. ...Debreczeni, J. / Edman, K. / Furber, M. / Tiden, A. / Gardiner, P. / Mete, T. / Ford, R. / Millichip, I. / Stein, L. / Mather, A. / Kinchin, E. / Luckhurst, C. / Cage, P. / Sanghanee, H. / Breed, J. / Wissler, L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Cathepsin C Inhibitors: Property Optimization and Identification of a Clinical Candidate. 著者: Furber, M. / Gardiner, P. / Tiden, A.K. / Mete, A. / Ford, R. / Millichip, I. / Stein, L. / Mather, A. / Kinchin, E. / Luckhurst, C. / Barber, S. / Cage, P. / Sanganee, H. / Austin, R. / ...著者: Furber, M. / Gardiner, P. / Tiden, A.K. / Mete, A. / Ford, R. / Millichip, I. / Stein, L. / Mather, A. / Kinchin, E. / Luckhurst, C. / Barber, S. / Cage, P. / Sanganee, H. / Austin, R. / Chohan, K. / Beri, R. / Thong, B. / Wallace, A. / Oreffo, V. / Hutchinson, R. / Harper, S. / Debreczeni, J. / Breed, J. / Wissler, L. / Edman, K. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cdd.cif.gz | 293.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cdd.ent.gz | 240.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cdd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cdd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-DIPEPTIDYL PEPTIDASE 1 ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 13601.268 Da / 分子数: 2 / 断片: DPP1 EXCLUSION DOMAIN, RESIDUES 25-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53634, dipeptidyl-peptidase I #2: タンパク質 | 分子量: 18630.018 Da / 分子数: 2 / 断片: DPP1 HEAVY CHAIN, RESIDUES 230-394 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53634, dipeptidyl-peptidase I #3: タンパク質 | 分子量: 7583.444 Da / 分子数: 2 / 断片: DPP1 LIGHT CHAIN, RESIDUES 371-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53634, dipeptidyl-peptidase I |
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-糖 , 2種, 4分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 糖 |
-非ポリマー , 3種, 98分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.81 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 21% PEG3350, 200MM AMSO4, 100MM NA ACCETATE PH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 1.0723 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2008年5月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→44.1 Å / Num. obs: 38846 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K3B 解像度: 2.35→44.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 14.103 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→44.07 Å
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拘束条件 |
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