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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bo7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG) from Pseudomonas aeruginosa in complex with N-(2,3-dihydro-1H-inden- 5-yl)tetrazolo(1,5-b)pyridazin-6-amine at 2.6A resolution | ||||||
要素 | 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE FABG | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / FATTY ACID BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Cukier, C.D. / Schnell, R. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: Discovery of an Allosteric Inhibitor Binding Site in 3-Oxo-Acyl-Acp Reductase from Pseudomonas Aeruginosa 著者: Cukier, C.D. / Hope, A. / Elamin, A. / Moynie, L. / Schnell, R. / Schach, S. / Kneuper, H. / Singh, M. / Naismith, J. / Lindqvist, Y. / Gray, D. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bo7.cif.gz | 185.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bo7.ent.gz | 148.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bo7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bo7_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4bo7_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4bo7_validation.xml.gz | 34.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bo7_validation.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/4bo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/4bo7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4afnC 4ag3C 4bntC 4bnuC 4bnvC 4bnwSC 4bnxC 4bnyC 4bnzC 4bo0C 4bo1C 4bo2C 4bo3C 4bo4C 4bo5C 4bo6C 4bo8C 4bo9C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28167.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PNIC-PA2967 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O54438, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE LIGAND N-(2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-5-YL)TETRAZOLO[1,5-B] PYRIDAZIN-6-AMINE IS BOUND AT THE ...THE LIGAND N-(2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-5-YL)TETRAZOLO[1,5-B] PYRIDAZIN-6-AMINE IS BOUND AT THE INTERFACES | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.85 % / 解説: LIGAND-FREE PDB |
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結晶化 | 詳細: 24% (W/V) PEG1500, 20% (W/V) GLYCEROL, 1 MM N-(2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-5-YL)TETRAZOLO[1,5-B] PYRIDAZIN-6-AMINE, FINAL PROTEIN CONCENTRATION 6.7 MG/ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月9日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220) AND A MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→37.26 Å / Num. obs: 27396 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4BNW 解像度: 2.6→37.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 11.291 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.126 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.29 Å
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拘束条件 |
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