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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bo1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG) from Pseudomonas aeruginosa in complex with N-(4-chloro-2,5- dimethoxyphenyl)quinoline-8-carboxamide at 2.2A resolution | ||||||
要素 | 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE FABG | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / FATTY ACID BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Cukier, C.D. / Schnell, R. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: Discovery of an Allosteric Inhibitor Binding Site in 3-Oxo-Acyl-Acp Reductase from Pseudomonas Aeruginosa 著者: Cukier, C.D. / Hope, A. / Elamin, A. / Moynie, L. / Schnell, R. / Schach, S. / Kneuper, H. / Singh, M. / Naismith, J. / Lindqvist, Y. / Gray, D. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bo1.cif.gz | 345.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bo1.ent.gz | 283.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bo1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bo1_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4bo1_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4bo1_validation.xml.gz | 35.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bo1_validation.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/4bo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/4bo1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4afnC 4ag3C 4bntC 4bnuC 4bnvC 4bnwSC 4bnxC 4bnyC 4bnzC 4bo0C 4bo2C 4bo3C 4bo4C 4bo5C 4bo6C 4bo7C 4bo8C 4bo9C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28167.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PNIC-PA2967 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O54438, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | NKH: THE LIGAND N-(4-CHLORO-2,5-DIMETHOXYPHENYL)QUINOLINE-8- CARBOXAMIDE IS BOUND AT THE INTERFACES ...NKH: THE LIGAND N-(4-CHLORO-2,5-DIMETHOXYP | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.62 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 25% (W/V) PEG3350, 1MM N-(4-CHLORO-2,5- DIMETHOXYPHENYL)QUINOLINE-8-CARBOXAMIDE, FINAL PROTEIN CONCENTRATION 6.7 MG/ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9762 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→38.4 Å / Num. obs: 43748 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4BNW 解像度: 2.2→37.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 13.263 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.293 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.16 Å
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拘束条件 |
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