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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bnt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG) from Pseudomonas aeruginosa in complex with 2-(trifluoromethyl)-1H- benzimidazole at 2.3A resolution | ||||||
![]() | 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE FABG | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / FATTY ACID BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cukier, C.D. / Schnell, R. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of an Allosteric Inhibitor Binding Site in 3-Oxo-Acyl-Acp Reductase from Pseudomonas Aeruginosa 著者: Cukier, C.D. / Hope, A. / Elamin, A. / Moynie, L. / Schnell, R. / Schach, S. / Kneuper, H. / Singh, M. / Naismith, J. / Lindqvist, Y. / Gray, D. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 343.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 282.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4afnSC ![]() 4ag3C ![]() 4bnuC ![]() 4bnvC ![]() 4bnwC ![]() 4bnxC ![]() 4bnyC ![]() 4bnzC ![]() 4bo0C ![]() 4bo1C ![]() 4bo2C ![]() 4bo3C ![]() 4bo4C ![]() 4bo5C ![]() 4bo6C ![]() 4bo7C ![]() 4bo8C ![]() 4bo9C C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28167.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O54438, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | 36E: THE LIGAND 2-(TRIFLUOROMETHYL)-1H-BENZIMIDAZOLE IS BOUND AT THE INTERFACES BETWEEN PROTEIN ...36E: THE LIGAND 2-(TRIFLUOROM | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.65 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.2 M SODIUM MALONATE, 20% (W/V) PEG3350, 10 MM 2-(TRIFLUOROMETHYL)-1H-BENZIMIDAZOLE, FINAL PROTEIN CONCENTRATION 5MG/ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月29日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→29.08 Å / Num. obs: 38863 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4AFN CHAIN A 解像度: 2.3→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.49 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.876 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.1 Å
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拘束条件 |
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