PDB-4bf4: PikC D50N mutant in complex with the engineered cycloalkane subst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bf4

タイトル

PikC D50N mutant in complex with the engineered cycloalkane substrate mimic bearing a termianl N,N-dimethylamino group

要素

CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / PIKROMYCIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Podust, L.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Recognition of Synthetic Substrates by P450 Pikc
著者: Podust, L.M.

履歴

登録	2013年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bf4.cif.gz	2.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bf4.ent.gz	2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bf4_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bf4_full_validation.pdf.gz	6 MB	表示
XML形式データ	4bf4_validation.xml.gz	228.3 KB	表示
CIF形式データ	4bf4_validation.cif.gz	303.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/4bf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/4bf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zpiC 4b7dC 4umzC 2bvjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zk5-1 2xc3-d 6f0c-d 4b7d-2 3zpi-1 2whw-2 4b7s-2 4ego-4 2xn8-d 2bvj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

B: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

C: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

D: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

E: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

F: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

G: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

H: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

I: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

J: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

K: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

L: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

M: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

N: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

O: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

P: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

784 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

11

K: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

12

L: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

13

M: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

14

N: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

15

O: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

16

P: CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.273, 130.113, 134.898
Angle α, β, γ (deg.)	66.48, 70.25, 72.23
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC / CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE 分子量: 48267.758 Da / 分子数: 16 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: O87605
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-17Q / 1.7.6 5-cyclododecyloxy-N,N-dimethyl-pentan-1-amine 分子量: 297.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₉NO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	1.7.6 5-CYCLODODECYLOXY-N,N-DIMETHYL-PENTAN-1-AMINE (17Q): ENGINEERED SUBSTRATRATE MIMIC

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 27% PEG3350, 0.2 M LI SULFATE, 0.1 M NA CACODILATE, PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→119.84 Å / Num. obs: 169609 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 63.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BVJ

2bvj

解像度: 2.7→119.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU B: 37.957 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27903	8479	5 %	RANDOM
R_work	0.1959	-	-	-
obs	0.20009	161093	97.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.865 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0.71 Å²	-0.68 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0.53 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→119.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	48831	0	790	514	50135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	51118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	2.023	70079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.171	5	6379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.744	22.284	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.829	15	7742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.318	15	576
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	7786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.022	39754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.96	1.5	31981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.771	2	51472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.025	3	19137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.344	4.5	18607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.069		51118
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	607	-
R_work	0.303	11790	-
obs	-	-	96.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2603	0.0785	0.0333	0.367	-0.0682	0.2635	0.0142	-0.0075	-0.024	-0.0031	-0.0006	0.0423	0.0241	-0.0045	-0.0136	0.0937	0.0099	0.0122	0.0886	0.0161	0.1083	13.996	-17.443	-14.612
2	0.1348	-0.0157	0.0453	0.5702	-0.0276	0.3002	0.035	0.0084	-0.034	-0.0311	-0.0165	0.0588	0.0167	-0.0175	-0.0186	0.1101	0.0037	0.0158	0.0908	0.0171	0.1089	48.729	-60.598	-43.166
3	0.3888	0.0271	-0.008	0.2598	-0.166	0.2114	0.0078	0.0197	0.0069	-0.0012	-0.0032	-0.0328	0.0046	0.0405	-0.0047	0.1065	0.0106	0.0215	0.0834	-0.0004	0.1052	16.151	30.775	-18.181
4	0.2741	0.0689	0.0274	0.2242	-0.1049	0.2829	-0.0122	-0.0023	0.027	-0.0043	0.0051	-0.0066	0.0017	0.0412	0.0071	0.105	0.0154	0.0078	0.0858	0.0117	0.1003	51.877	-50.326	11.489
5	0.4688	-0.0831	-0.1038	0.3167	0.0125	0.3008	-0.0223	-0.0023	0.0534	0.0029	0.0099	-0.0319	0.0214	0.0376	0.0124	0.097	0.0154	0.0205	0.1051	0.0125	0.0825	50.426	-12.774	-46.341
6	0.2832	0.1156	0.3487	0.5579	0.3299	0.6889	0.0207	-0.0021	0.0187	0.0498	-0.0161	-0.0228	-0.0025	0.0391	-0.0046	0.1097	0.0088	0.0171	0.0715	0.0009	0.1111	18.702	-74.765	-10.331
7	0.456	-0.0314	0.0817	0.1383	0.0404	0.2811	-0.0458	0.0082	0.003	0.0152	0.0212	0.0156	-0.0097	0.0004	0.0246	0.1098	-0.0004	0.0149	0.0817	0.0197	0.105	56.63	-5.625	-0.96
8	0.2379	-0.0266	-0.0717	0.5513	0.0122	0.3	-0.0172	-0.0039	-0.0171	-0.0008	0.0174	0.0726	0.033	0.0168	-0.0002	0.1046	0.0138	0.0229	0.0908	0.0188	0.0988	50.766	-98.921	12.789
9	0.5572	0.1726	0.1887	0.1726	0.0383	0.2418	0.0554	-0.0043	-0.1308	0.0059	-0.0205	-0.0619	-0.0593	-0.005	-0.035	0.0963	0.0016	0.0149	0.0857	0.0198	0.1427	93.44	6.532	-42.022
10	0.449	-0.2593	0.0917	1.0059	-0.0098	0.347	-0.0225	0.0031	-0.0355	0.0324	0.0299	0.1122	0.0132	0.0248	-0.0074	0.0968	0.0315	0.0207	0.0919	0.0069	0.1081	18.108	-58.716	44.068
11	0.6893	-0.1435	0.0131	0.2302	-0.1763	0.3341	0.0429	0.0143	0.0093	-0.0232	0.0265	0.0719	-0.0089	-0.013	-0.0694	0.1059	-0.005	0.0019	0.0792	0.009	0.1717	92.404	-48.82	-28.906
12	0.854	-0.2812	0.154	0.2145	-0.2884	0.7386	-0.0482	0.0649	0.0052	0.0727	0.0387	-0.054	-0.122	-0.1596	0.0096	0.1159	0.0406	0.0053	0.1416	0.0002	0.0819	15.727	-90.408	-55.711
13	0.6599	-0.442	-0.1719	0.9012	-0.2258	0.7076	0.1503	0.0281	0.0618	-0.1065	-0.1238	-0.0035	0.0698	0.1061	-0.0265	0.1374	0.0537	0.0142	0.1068	0.0084	0.0854	18.464	-10.875	43.456
14	0.2885	-0.0133	0.6098	-0.0694	0.0299	1.5732	-0.1083	-0.0535	-0.0407	0.0192	-0.0507	-0.0396	-0.1408	-0.3695	0.159	0.0825	0.0688	-0.0297	0.2455	-0.1269	0.2211	93.56	-88.782	32.189
15	0.0976	-0.0589	-0.0213	0.8718	0.0311	0.558	-0.004	-0.006	0.0112	0.0994	0.0998	-0.2325	-0.0399	-0.0417	-0.0958	0.0894	0.0111	-0.0248	0.1108	-0.0424	0.2067	92.891	-31.429	16.451
16	1.2956	-0.1752	-0.0619	0.189	-0.0986	0.1483	-0.1817	-0.556	0.1198	-0.0547	0.0739	-0.0035	-0.0149	-0.0094	0.1079	0.1094	0.1226	-0.0314	0.3966	-0.0932	0.0921	61.955	9.939	44.542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 406
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 406
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	11 - 406
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 406
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	11 - 406
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	11 - 406
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	11 - 406
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	11 - 406
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	11 - 406
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	11 - 406
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	11 - 406
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	11 - 406
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	11 - 406
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	11 - 406
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	11 - 406
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	11 - 406

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)