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万見
- PDB-4bds: Human butyrylcholinesterase in complex with tacrine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bds
タイトルHuman butyrylcholinesterase in complex with tacrine
要素CHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / NERVE TRANSMISSION / INHIBITIOR / ALPHA-BETA HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cholinesterase / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to folic acid / choline binding / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...cholinesterase / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to folic acid / choline binding / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / choline metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / acetylcholinesterase activity / nuclear envelope lumen / Aspirin ADME / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family ...Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-formyl-L-proline / alpha-L-fucopyranose / TACRINE / Cholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nachon, F. / Carletti, E. / Ronco, C. / Trovaslet, M. / Nicolet, Y. / Jean, L. / Renard, P.-Y.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Human Cholinesterases in Complex with Huprine W and Tacrine: Elements of Specificity for Anti-Alzheimer'S Drugs Targeting Acetyl- and Butyrylcholinesterase.
著者: Nachon, F. / Carletti, E. / Ronco, C. / Trovaslet, M. / Nicolet, Y. / Jean, L. / Renard, P.
履歴
登録2012年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description
改定 2.02017年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 4.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 4.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,60022
ポリマ－59,7141
非ポリマー2,88721
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.660, 155.660, 127.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2129-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CHOLINESTERASE / BUTYRYLCHOLINESTERASE / ACYLCHOLINE ACYLHYDROLASE / BUTYRYLCHOLINE ESTERASE / CHOLINE ESTERASE II / ...BUTYRYLCHOLINESTERASE / ACYLCHOLINE ACYLHYDROLASE / BUTYRYLCHOLINE ESTERASE / CHOLINE ESTERASE II / PSEUDOCHOLINESTERASE


分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 29-557 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGS / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06276, cholinesterase

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糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 7種, 293分子

#5: 化合物 ChemComp-THA / TACRINE / タクリン


分子量: 198.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14N2 / コメント: 阻害剤, アゴニスト*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-FPK / 1-formyl-L-proline / 1-ホルミル-L-プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 143.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO3
#10: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細FPK IS BOUND TO THE OXYANION HOLE OF THE ENZYME, WHICH OFTEN LEADS TO THE DISTORTION OF SOME BONDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 2.1 M AMMONIUM SULFATE, 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.9 Å / Num. obs: 45776 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 34.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.4 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P0I

1p0i


解像度: 2.1→40.904 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2087 1422 3.1 %
Rwork0.1755 --
obs0.1765 45772 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4175 0 192 279 4646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1356192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7961694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1750.29081470.24724332X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.26210.25961420.22924389X-RAY DIFFRACTION100
2.2621-2.36510.24481270.20594409X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.48970.23911570.19324384X-RAY DIFFRACTION100
2.4897-2.64570.26831450.18944407X-RAY DIFFRACTION100
2.6457-2.84990.25441480.18064394X-RAY DIFFRACTION100
2.8499-3.13660.19841290.18124453X-RAY DIFFRACTION100
3.1366-3.59030.21461420.16614453X-RAY DIFFRACTION100
3.5903-4.52240.16551370.14444497X-RAY DIFFRACTION100
4.5224-40.91190.19041480.17164632X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6622-0.5986-0.21272.21350.22191.3772-0.13460.69860.2149-0.75330.12150.1332-0.2378-0.21380.04550.5993-0.1051-0.14460.4181-0.07540.282132.9016127.984917.3185
21.11050.6579-1.040.7403-1.17452.4035-0.19340.1231-0.3089-0.29170.0851-0.06610.4867-0.2820.07990.3708-0.0999-0.08630.2869-0.0810.4113130.2196111.472832.4519
31.8228-0.02590.63981.94330.04322.0755-0.0710.16740.041-0.33990.10760.036-0.2002-0.0484-0.02840.2468-0.0524-0.03680.1603-0.04350.205137.9794130.671930.9152
41.49930.15110.26081.95090.19162.21190.0169-0.16810.00840.02860.00820.1424-0.1279-0.2212-0.04260.1875-0.0008-0.06730.1969-0.05750.207136.1026131.209647.5354
51.77630.0893-0.96453.87151.58855.6974-0.22130.2033-0.6324-0.17480.2905-0.44120.92790.9187-0.09520.48930.08080.01230.4291-0.20270.6282152.3616107.559428.2685
65.25440.6091.4113.5359-0.64613.29920.2434-0.5473-0.4980.36790.062-0.21910.3991-0.1686-0.28840.3803-0.0432-0.1610.24870.02480.3708142.2188110.635658.2482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 1:65
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 66:91
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESSEQ 92:153) OR (CHAIN A AND RESSEQ 164:231)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESSEQ 290:326) OR (CHAIN A AND RESSEQ 397:515)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESSEQ 154:163) OR (CHAIN A AND RESSEQ 232:289)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESSEQ 327:396) OR (CHAIN A AND RESSEQ 516:529)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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