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- PDB-4bcl: FMO protein from Prosthecochloris aestuarii 2K at Room Temperature -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bcl
タイトルFMO protein from Prosthecochloris aestuarii 2K at Room Temperature
要素BACTERIOCHLOROPHYLL A PROTEIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / EXCITATION ENERGY TRANSFER / REACTION CENTER
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriochlorophyll binding / photosynthesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriochlorophyll-a Protein / Bacteriochlorophyll A / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Clam / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / Bacteriochlorophyll a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Prosthecochloris aestuarii (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Photosynthetic Reaction Center / 年: 1993
タイトル: Refinement of the Structure of a Water-Soluble Antenna Complex from Green Photosynthetic Bacteria by Incorporation of the Chemically Determined Amino Acid Sequence
著者: Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Structure and X-Ray Amino Acid Sequence of a Bacteriochlorophyll a Protein from Prosthecochloris Aestuarii Refined at 1.9 A Resolution
著者: Tronrud, D.E. / Schmid, M.F. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: Chem.Scr. / 年: 1983
タイトル: Structural Studies of a Bacteriochlorophyll-Containing Protein
著者: Schmid, M.F. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Lipid-Protein Interactions / 年: 1982
タイトル: Lipid-Protein Interactions in a Bacteriochlorophyll-Containing Protein
著者: Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: Acc.Chem.Res. / 年: 1980
タイトル: Structure of a Green Bacteriochlorophyll Protein
著者: Matthews, B.W. / Fenna, R.E.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Structure of a Bacteriochlorophyll A-Protein from the Green Photosynthetic Bacterium Prosthecochloris Aestuarii
著者: Matthews, B.W. / Fenna, R.E. / Bolognesi, M.C. / Schmid, M.F. / Olson, J.M.
#6: ジャーナル: The Photosynthetic Bacteria / 年: 1978
タイトル: Bacteriochlorophyll A-Protein from Green Bacteria
著者: Olson, J.M.
#7: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1977
タイトル: Atomic Coordinates for the Chlorophyll Core of a Bacteriochlorophyll A-Protein from Green Photosynthetic Bacteria
著者: Fenna, R.E. / Ten Eyck, L.F. / Matthews, B.W.
#8: ジャーナル: J.Ultrastruct.Res. / 年: 1977
タイトル: An Evaluation of Electron Micrographs of Bacteriochlorophyll A-Protein Crystals in Terms of the Structure Determined by X-Ray Crystallography
著者: Matthews, B.W. / Fenna, R.E. / Remington, S.J.
#9: ジャーナル: BROOKHAVEN SYMP.BIOL. / 年: 1976
タイトル: Structure of a Bacteriochlorophyll A-Protein from Prosthecochloris Aestuarii
著者: Fenna, R.E. / Matthews, B.W.
#10: ジャーナル: Nature / 年: 1975
タイトル: Chlorophyll Arrangement in a Bacteriochlorophyll Protein from Chlorobium Limicola
著者: Fenna, R.E. / Matthews, B.W.
履歴
登録1998年4月17日処理サイト: BNL
置き換え1998年7月15日ID: 3BCL
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年3月18日Group: Other
改定 1.22007年5月29日Group: Other
改定 1.32008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.42013年12月18日Group: Other
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIOCHLOROPHYLL A PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6638
ポリマ－40,2821
非ポリマー6,3817
水2,198122
1
A: BACTERIOCHLOROPHYLL A PROTEIN
ヘテロ分子

A: BACTERIOCHLOROPHYLL A PROTEIN
ヘテロ分子

A: BACTERIOCHLOROPHYLL A PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,98824
ポリマ－120,8473
非ポリマー19,14221
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.900, 111.900, 98.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-493-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BACTERIOCHLOROPHYLL A PROTEIN / FENNA-MATTHEWS-OLSON PROTEIN / FMO-PROTEIN / BCHL A PROTEIN / BCP


分子量: 40282.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Prosthecochloris aestuarii (バクテリア)
細胞内の位置: LIGHT GATHERING ANTENNA COMPLEX / 参照: UniProt: P11741
#2: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 9

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 7.8
詳細: PROTEIN CRYSTALLIZES FROM SOLUTION OF 14MG/ML OF PROTEIN IN 10MM TRIS.HCL BUFFER, PH 7.8, AND 1M NACL AND 5% (W/V) NH4 SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: KODAK FILM / 検出器: FILM / 詳細: ADJUSTABLE COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→22.2 Å / Num. obs: 46456 / % possible obs: 73 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
OSCTSTデータ収集
ROTAVATAデータ削減
LYNNTEN EYCK'S NEWREFモデル構築
TNT4C精密化
OSCTSTデータ削減
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
NEWREF(LYNN TEN EYCK)位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→20 Å / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO V1.0
Rfactor反射数%反射
all0.178 45335 -
obs0.178 45335 79 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 212.3 Å2 / ksol: 0.826 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2720 0 462 122 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02133060.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.34745531.1
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.2217880
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0231001
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0244503
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.022810

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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