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- PDB-4b2z: Structure of Osh6 in complex with phosphatidylserine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b2z
タイトルStructure of Osh6 in complex with phosphatidylserine
要素Oxysterol-binding protein homolog 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Acyl chain remodelling of PS / sterol transfer activity / sterol homeostasis / sterol binding / phospholipid transporter activity / sterol transport / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cortical endoplasmic reticulum / sterol metabolic process / maintenance of cell polarity ...Acyl chain remodelling of PS / sterol transfer activity / sterol homeostasis / sterol binding / phospholipid transporter activity / sterol transport / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cortical endoplasmic reticulum / sterol metabolic process / maintenance of cell polarity / phosphatidic acid binding / phospholipid transport / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / phosphatidylserine binding / exocytosis / endocytosis / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / Chem-P5S / Oxysterol-binding protein homolog 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Maeda, K. / Anand, K. / Chiapparino, A. / Kumar, A. / Poletto, M. / Kaksonen, M. / Gavin, A.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Interactome Map Uncovers Phosphatidylserine Transport by Oxysterol-Binding Proteins
著者: Maeda, K. / Anand, K. / Chiapparino, A. / Kumar, A. / Poletto, M. / Kaksonen, M. / Gavin, A.C.
履歴
登録2012年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22013年8月21日Group: Database references
改定 1.32013年9月18日Group: Database references
改定 1.42018年12月12日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref
Item: _entity.pdbx_description / _entity.src_method ..._entity.pdbx_description / _entity.src_method / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.52023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterol-binding protein homolog 6
B: Oxysterol-binding protein homolog 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4158
ポリマ－103,3302
非ポリマー2,0856
水6,539363
1
A: Oxysterol-binding protein homolog 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7074
ポリマ－51,6651
非ポリマー1,0423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Oxysterol-binding protein homolog 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7074
ポリマ－51,6651
非ポリマー1,0423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.000, 72.600, 122.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 36:191 OR RESSEQ 193:218 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 35:191 OR RESSEQ 193:218 OR RESSEQ...

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Oxysterol-binding protein homolog 6


分子量: 51664.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OSH6, YKR003W, YK102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q02201

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非ポリマー , 5種, 369分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン


分子量: 792.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO10P
#4: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES PH6.5, 13% PEG6000, 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 65896 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 1.63 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZHT

1zht


解像度: 1.95→46.566 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 1318 2 %
Rwork0.1975 --
obs0.1982 65887 91.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.39 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.186 Å20 Å2-4.3005 Å2
2---2.9646 Å20 Å2
3---7.1506 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6533 0 133 363 7029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2199216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9822662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061183
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2839X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2839X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.02810.3029950.25344652X-RAY DIFFRACTION60
2.0281-2.12040.31371170.22015743X-RAY DIFFRACTION74
2.1204-2.23220.2631470.20857220X-RAY DIFFRACTION93
2.2322-2.3720.24411580.20117741X-RAY DIFFRACTION100
2.372-2.55520.25281590.20317781X-RAY DIFFRACTION100
2.5552-2.81230.25881600.2017837X-RAY DIFFRACTION100
2.8123-3.21910.20441590.19047790X-RAY DIFFRACTION100
3.2191-4.05540.20211600.1747842X-RAY DIFFRACTION100
4.0554-46.57940.21761630.18217963X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.9179 Å / Origin y: -17.9992 Å / Origin z: 30.9626 Å
111213212223313233
T0.0798 Å2-0.0099 Å2-0.0147 Å2-0.1168 Å20.0052 Å2--0.0765 Å2
L0.5846 °20.0597 °2-0.0103 °2-0.3148 °2-0.099 °2--0.506 °2
S0.0117 Å °0.1578 Å °0.0427 Å °-0.0134 Å °0.0409 Å °0.014 Å °0.0467 Å °0.0334 Å °-0.0442 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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