PDB-4b0b: Crystal Structure of 3-hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b0b

タイトル

Crystal Structure of 3-hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabA) from Pseudomonas aeruginosa in complex with 3-(pyridin-2-yloxy)aniline

要素

3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

キーワード

LYASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / BACTERIAL VIRULENCE / DRUG DISCOVERY

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / unsaturated fatty acid biosynthetic process / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Moynie, L. / McMahon, S.A. / Duthie, F.G. / Taylor, J.W. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into the Mechanism and Inhibition of the Beta-Hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase from Pseudomonasaeruginosa.
著者: Moynie, L. / Leckie, S.M. / McMahon, S.A. / Duthie, F.G. / Koehnke, A. / Taylor, J.W. / Alphey, M.S. / Brenk, R. / Smith, A.D. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2012年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references
改定 1.2	2018年5月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b0b.cif.gz	156.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b0b.ent.gz	124.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4b0b_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4b0b_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	4b0b_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	4b0b_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/4b0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/4b0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4b0cC 4b0iC 4b0jC 4b8uC 4fq9SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cl6-1 4b0j-8 4fq9-5 4b0j-3 4b8u-1 4fq9-4 4b0j-7 6kvc-d 3fmu-d 6rr6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

B: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE

ヘテロ分子

37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.320, 117.990, 47.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	2 - 107
2	1	1	2	B	2 - 107
1	2	1	2	A	112 - 151
2	2	1	2	B	112 - 151
1	3	1	2	A	152 - 171
2	3	1	2	B	152 - 171

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9995, -0.03104, 0.002804), (-0.03096, 0.9992, 0.02352), (-0.003532, 0.02343, -0.9997)
ベクター: 25.89, 0.1637, 23.46)

#1: タンパク質	3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE / BETA-HYDROXYDECANOYL THIOESTER DEHYDRASE 分子量: 18768.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PA01 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: O33877, EC: 4.2.1.60
#2: 化合物	ChemComp-54F / 3-(pyridin-2-yloxy)aniline / 3-(2-ピリジルオキシ)アニリン分子量: 186.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₀N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 15 % PEG 8000,0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS-HCL PH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→37.3 Å / Num. obs: 26978 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 7.78 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 4.43 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
TRUNCATE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FQ9

4fq9

解像度: 1.9→37.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 8.29 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2357	1353	5 %	RANDOM
R_work	0.20318	-	-	-
obs	0.20486	25582	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.927 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2617	0	28	299	2944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.255	1.97	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.747	3.004	4574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.012	5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.577	23.171	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.266	15	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.733	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.51	1.5	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.584	1.5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.25	2	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.703	3	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.632	4.5	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	964	tight positional	0.08	0.05
2	B	964	tight positional	0.08	0.05
1	A	1215	medium positional	0.34	0.5
2	B	1215	medium positional	0.34	0.5
1	A	964	tight thermal	1	0.5
2	B	964	tight thermal	1	0.5
1	A	1215	medium thermal	1.36	2
2	B	1215	medium thermal	1.36	2

LS精密化シェル

解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.403	92	-
R_work	0.358	1822	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0368	-1.6987	0.475	3.3953	-1.6488	6.9236	0.0157	0.2682	-0.1275	-0.1429	-0.117	-0.3258	0.3417	0.5939	0.1013	0.1309	0.0791	0.0615	0.1324	-0.0245	0.1964	28.118	9.315	-3.342
2	1.1849	-0.0131	-0.0968	0.5005	-0.0643	1.2278	0.0433	0.0341	0.0176	-0.0204	-0.0365	-0.0577	0.0268	0.0894	-0.0068	0.0808	0.0029	0.0135	0.0108	-0.0056	0.1014	17.787	17.776	2.602
3	0.889	0.2497	0.1961	1.0775	0.8532	2.707	0.1289	-0.3186	0.0401	0.008	0.0461	-0.2007	-0.0575	0.1249	-0.175	0.1227	-0.044	0.0172	0.1419	-0.0173	0.1713	20.758	22.371	9.21
4	1.6094	0.8216	1.5709	4.8437	1.7387	5.7166	-0.0916	-0.2128	-0.0656	0.361	-0.1184	0.6263	0.4388	-0.4018	0.21	0.1558	-0.0431	0.0938	0.0856	0.0273	0.1891	-2.403	8.484	27.059
5	1.27	-0.1685	-0.6547	0.6309	0.0827	1.5664	0.0071	-0.1586	-0.0458	0.0785	-0.0016	0.056	-0.023	-0.0012	-0.0055	0.0852	0.0032	0.0025	0.0352	0.01	0.0848	7.663	17.396	21.271
6	4.5388	-0.3721	1.3881	1.5351	-0.407	3.072	0.0591	0.2077	0.1246	-0.0649	0.0253	0.1127	-0.0925	0.0103	-0.0844	0.1566	0.004	0.0543	0.1023	-0.014	0.1484	4.516	22.101	14.679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	152 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 19
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	20 - 151
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	152 - 171

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)