+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4afh | |||||||||
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Title | Capitella teleta AChBP in complex with lobeline | |||||||||
Components | ACHBP | |||||||||
Keywords | ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN / NICOTINIC RECEPTOR / ION CHANNEL | |||||||||
Function / homology | Function and homology information acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / neuron projection / synapse / identical protein binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | CAPITELLA TELETA (invertebrata) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.88 Å | |||||||||
Authors | Brams, M. / Ulens, C. / Spurny, R. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Molecular Actions of Smoking Cessation Drugs at Alpha4Beta2 Nicotinic Receptors Defined in Crystal Structures of a Homologous Binding Protein. Authors: Billen, B. / Spurny, R. / Brams, M. / Van Elk, R. / Valera-Kummer, S. / Yakel, J.L. / Voets, T. / Bertrand, D. / Smit, A.B. / Ulens, C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4afh.cif.gz | 466.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4afh.ent.gz | 387.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4afh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4afh_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4afh_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | 4afh_validation.xml.gz | 46.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4afh_validation.cif.gz | 66.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/4afh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/4afh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4afgC 2uz6S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26430.957 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: ACETYLCHOLINE BINDING DOMAIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) CAPITELLA TELETA (invertebrata) / Cell line (production host): Sf21 / Production host: SPODOPTERA FRUGIPERDA (fall armyworm) / References: UniProt: I6L8L2*PLUS #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Chemical | ChemComp-L0B / #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | GENBANK ID EY637248 | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.43 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M imidazole-malate at pH 5.5, 33% (vol/vol) PEG 600, and (vol/vol) 3% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→46.35 Å / Num. obs: 93581 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 24.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.98 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 82.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2UZ6 Resolution: 1.88→46.352 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.106 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→46.352 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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