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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4800 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in extended state, 3-fold symmetrised | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in extended state, 3-fold symmetrised. Scaling by factor of 2 is recommended for visualization | |||||||||
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![]() | Anti-feeding prophage / secretion system / AFP / contractile / VIRUS LIKE PARTICLE / baseplate | |||||||||
機能・相同性 | Contractile injection system tube protein, N-terminal domain / Contractile injection system tube protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Afp8 / Afp7![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Desfosses A | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structures of an entire contractile injection system in both the extended and contracted states. 著者: Ambroise Desfosses / Hariprasad Venugopal / Tapan Joshi / Jan Felix / Matthew Jessop / Hyengseop Jeong / Jaekyung Hyun / J Bernard Heymann / Mark R H Hurst / Irina Gutsche / Alok K Mitra / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, ...Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, bacterial type six secretion systems and R-pyocins is rapidly increasing, structural information on the contraction of bacterial phage-like protein-translocation structures directed towards eukaryotic hosts is scarce. Here, we characterize the antifeeding prophage AFP from Serratia entomophila by cryo-electron microscopy. We present the high-resolution structure of the entire AFP particle in the extended state, trace 11 protein chains de novo from the apical cap to the needle tip, describe localization variants and perform specific structural comparisons with related systems. We analyse inter-subunit interactions and highlight their universal conservation within contractile injection systems while revealing the specificities of AFP. Furthermore, we provide the structure of the AFP sheath-baseplate complex in a contracted state. This study reveals atomic details of interaction networks that accompany and define the contraction mechanism of toxin-delivery tailocins, offering a comprehensive framework for understanding their mode of action and for their possible adaptation as biocontrol agents. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 22.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 112 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 140.6 MB 140.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 904.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 904 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6rbkMC ![]() 4782C ![]() 4783C ![]() 4784C ![]() 4801C ![]() 4802C ![]() 4803C ![]() 4859C ![]() 4871C ![]() 4876C ![]() 6raoC ![]() 6rapC ![]() 6rbnC ![]() 6rc8C ![]() 6rglC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in extended state, 3-fold symmetrised. Scaling by factor of 2 is recommended for visualization | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: None
ファイル | emd_4800_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: None
ファイル | emd_4800_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in extended state, 3-fold symmetrised |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in extended state, 3-fold symmetrised タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: A scaling by a factor of 2 is recommended for visualisation |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Afp7
分子 | 名称: Afp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.259434 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSLLERGLSK LTLNAWKDRE GKIPAGSMSA MYNPETIQLD YQTRFDTEDT INTASQSNRY VISEPVGLNL TLLFDSQMPG NTTPIETQL AMLKSLCAVD AATGSPYFLR ITWGKMRWEN KGWFAGRARD LSVTYTLFDR DATPLRATVQ LSLVADESFV I QQSLKTQS ...文字列: MSLLERGLSK LTLNAWKDRE GKIPAGSMSA MYNPETIQLD YQTRFDTEDT INTASQSNRY VISEPVGLNL TLLFDSQMPG NTTPIETQL AMLKSLCAVD AATGSPYFLR ITWGKMRWEN KGWFAGRARD LSVTYTLFDR DATPLRATVQ LSLVADESFV I QQSLKTQS APDRALVSVP DLASLPLLAL SAGGVLASSV DYLSLAWDND LDNLDDFQTG DFLRATKGEE V UniProtKB: Afp7 |
-分子 #2: Afp8
分子 | 名称: Afp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 58.091715 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSHITLDIAG QRSTLGIRRL RVQQLINEIP LAQLELHIPT DNHGAADNAV QHEVSRFTLG VRVGIAQDNK PLFDGYLVQK KMQLKGKEW SVRLEARHAL QKLTFLPHSR VFRQQDDSTV MKGLLQSAGV KLTQESAAQL SSKHDQLLQF RLSDWQFIRS R LLSTNCWL ...文字列: MSHITLDIAG QRSTLGIRRL RVQQLINEIP LAQLELHIPT DNHGAADNAV QHEVSRFTLG VRVGIAQDNK PLFDGYLVQK KMQLKGKEW SVRLEARHAL QKLTFLPHSR VFRQQDDSTV MKGLLQSAGV KLTQESAAQL SSKHDQLLQF RLSDWQFIRS R LLSTNCWL LPDAASDTVV IRPLSDAAMA SRTLARDSHD YTLYEINLNF DNRFTPDSLS LQGWDIAAQR LTAAQKSPAG AF RPWKPAG KVGQSSAGRQ DYALAFSMLP EATLQTLSNS WLNYQQMTGV QGHIVLAGTR DFAPGESITL SGFGAGLDGT AML SGVNQQ FDTQYGWRSE LVIGLPASML EPAPPVRSLH IGTVAGFTAD PQHLDRIAIH LPALNLPDSL IFARLSKPWA SHAS GFCFY PEPGDEVVVG FIDSDPRYPM ILGALHNPKN TAPFPPDEKN NRKGLIVSQA DQTQALMIDT EEKTLRLMAG DNTLT LTGE GNLTMSTPNA LQLQADTLGL QADSNLSIAG KQQVEITSAK INMKK UniProtKB: Afp8 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |