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万見
- EMDB-45644: Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45644
タイトルLineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with polyclonal antibody (GPC-A epitope) from rabbit 189
マップデータ
試料
  • 複合体: Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GPC-A-2 epitope)
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit polyclonal Fv heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit polyclonal Fv light chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードLassa / polyclonal antibody / LL-1 / glycoprotein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Lassa virus Josiah (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Brouwer PJM / Perrett HR / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI171438 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Defining bottlenecks and opportunities for Lassa virus neutralization by structural profiling of vaccine-induced polyclonal antibody responses.
著者: Philip J M Brouwer / Hailee R Perrett / Tim Beaumont / Haye Nijhuis / Sabine Kruijer / Judith A Burger / Ilja Bontjer / Wen-Hsin Lee / James A Ferguson / Martin Schauflinger / Helena Müller- ...著者: Philip J M Brouwer / Hailee R Perrett / Tim Beaumont / Haye Nijhuis / Sabine Kruijer / Judith A Burger / Ilja Bontjer / Wen-Hsin Lee / James A Ferguson / Martin Schauflinger / Helena Müller-Kräuter / Rogier W Sanders / Thomas Strecker / Marit J van Gils / Andrew B Ward /
要旨: Lassa fever continues to be a major public health burden in West Africa, yet effective therapies or vaccines are lacking. The isolation of protective neutralizing antibodies against the Lassa virus ...Lassa fever continues to be a major public health burden in West Africa, yet effective therapies or vaccines are lacking. The isolation of protective neutralizing antibodies against the Lassa virus glycoprotein complex (GPC) justifies the development of vaccines that can elicit strong neutralizing antibody responses. However, Lassa vaccine candidates have generally been unsuccessful at doing so, and the associated antibody responses to these vaccines remain poorly characterized. Here, we establish an electron microscopy-based epitope mapping workflow that enables high-resolution structural characterization of polyclonal antibodies to the GPC. By applying this method to rabbits vaccinated with a recombinant GPC vaccine and a GPC-derived virus-like particle, we reveal determinants of neutralization that involve epitopes of the GPC-A competition cluster. Furthermore, by identifying undescribed immunogenic off-target epitopes, we expose the challenges that recombinant GPC vaccines face. By enabling detailed polyclonal antibody characterization, our work ushers in a next generation of more rational Lassa vaccine design.
履歴
登録2024年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_45644.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 500 pix.
= 359. Å		0.72 Å/pix.
x 500 pix.
= 359. Å		0.72 Å/pix.
x 500 pix.
= 359. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.718 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.58389735 - 0.9022382
平均 (標準偏差)-0.00012661357 (±0.019262077)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 359.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45644_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_45644_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45644_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45644_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabb...

全体名称: Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GPC-A-2 epitope)
要素
  • 複合体: Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GPC-A-2 epitope)
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit polyclonal Fv heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit polyclonal Fv light chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabb...

超分子名称: Lineage IV Lassa virus glycoprotein (Josiah) in complex with rabbit polyclonal antibody (GPC-A-2 epitope)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Rabbit polyclonal Fv heavy chain

分子名称: Rabbit polyclonal Fv heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 10.060393 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #2: Rabbit polyclonal Fv light chain

分子名称: Rabbit polyclonal Fv light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.039134 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #3: Glycoprotein GP1

分子名称: Glycoprotein GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)
分子量理論値: 29.010352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQT LELNMETLNM TMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKKNLY DHALMSIIST FHLSIPNFNQ YEAMSCDFNG G KISVQYNL ...文字列:
MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQT LELNMETLNM TMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKKNLY DHALMSIIST FHLSIPNFNQ YEAMSCDFNG G KISVQYNL SHSYAGDAAN HCGTVANGVL QTFMRMAWGG SYIALDSGCG NWDCIMTSYQ YLIIQNTTWE DHCQFSRPSP IG YLGLLSQ RTRDIYISRR LL

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #4: Glycoprotein G2

分子名称: Glycoprotein G2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)
分子量理論値: 46.421793 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GTFTWTLSDS EGKDTPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIQRLKAP AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MCIPYCNYSK YWYLNHTTTG RTSLPKCWLV SNGSYLNETH FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y MERQGGSG ...文字列:
GTFTWTLSDS EGKDTPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIQRLKAP AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MCIPYCNYSK YWYLNHTTTG RTSLPKCWLV SNGSYLNETH FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y MERQGGSG GSGGSGGSGG SEKAAKAEEA ARKMEELFKK HKIVAVLRAN SVEEAIEKAV AVFAGGVHLI EITFTVPDAD TV IKALSVL KEKGAIIGAG TVTSVEQCRK AVESGAEFIV SPHLDEEISQ FCKEKGVFYM PGVMTPTELV KAMKLGHDIL KLF PGEVVG PEFVKAMKGP FPNVKFVPTG GVDLDNVCEW FDAGVLAVGV GDALVEGDPD EVREKAKEFV EKIRGCTEGS LEHH HHHHG GLNDIFEAQK IEWHE

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 17 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 41.21 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 86915
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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