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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | The Structure of Spiroplasma Virus 4 | |||||||||
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![]() | Microviridae / bacteriophage / capsid / Spiroplasma virus 4 / SpV4 / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() T=1 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | |||||||||
![]() | Mietzsch M / McKenna R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Structure of Spiroplasma Virus 4: Exploring the Capsid Diversity of the Microviridae 著者: Mietzsch M / Kailasan S / Bennett A / Chipman P / Bentley F / Huiskonen JT / Clarke IN / McKenna R | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 589.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 58.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 151.5 MB 151.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 956 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 955.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9cgmMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.061 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_45583_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_45583_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Spiromicrovirus SpV4
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Spiromicrovirus SpV4
超分子 | 名称: Spiromicrovirus SpV4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: SpV4 was propagated in the S. melliferum strain G1 / NCBI-ID: 10855 / 生物種: Spiromicrovirus SpV4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 62.294344 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKKKMSKLNA RVHDFSMFKG NHIPRSKIHI PHKTIRAFNV GEIIPIYQTP VYPGEHIKMD LTSLYRPSTF IVPPMDDLIV DTYAFAVPW RIVWKDLEKF FGENSDSWDV KNAPPVPDIV APSGGWDYGT LADHFGITPK VPGIRVKSLR FRAYAKIIND W FRDQNLSS ...文字列: MKKKMSKLNA RVHDFSMFKG NHIPRSKIHI PHKTIRAFNV GEIIPIYQTP VYPGEHIKMD LTSLYRPSTF IVPPMDDLIV DTYAFAVPW RIVWKDLEKF FGENSDSWDV KNAPPVPDIV APSGGWDYGT LADHFGITPK VPGIRVKSLR FRAYAKIIND W FRDQNLSS ECALTLDSSN SQGSNGSNQV TDIQLGGKPY IANKYHDYFT SCLPAPQKGA PTTLNVGGMA PVTTKFRDVP NL SGTPLIF RDNKGRTIKT GQLGIGPVDA GFLVAQNTAQ AANGERAIPS NLWADLSNAT GISISDLRLA ITYQHYKEMD ARG GTRYVE FTLNHFGVHT ADARLQRSEF LGGHSQSLLV QSVPQTSSTV EKMTPQGNLA AFSETMIQNN YLVNKTFTEH SYII VLAVV RYKHTYQQGI EADWFRGQDK FDMYDPLLAN ISEQPVKNRE IMVQGNSQDN EIFGFQEAWA DLRFKPNSVA GVMRS SHPQ SLDYWHFADH YAQLPKLSSE WLKEDYKNVD RTLALKASDN TPQLRVDFMF NTIAEKPMPL YSTPGLRRI UniProtKB: Capsid protein VP1 |
-分子 #2: DNA binding protein ORF8
分子 | 名称: DNA binding protein ORF8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 4.644519 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MRRKVKNTKR HQWRLTHSAR SIKRANIMPS NPRGGRRF UniProtKB: DNA binding protein ORF8 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77204 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |