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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45309 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase in complex with adenosine-5'-ethylphosphate | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | trimer / LIGASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu Z / Schnicker NJ / Jezeski AJ / Krysan DJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase in complex with adenosine-5'-ethylphosphate 著者: Xu Z / Schnicker NJ / Jezeski AJ / Krysan DJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45309.map.gz | 49.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45309-v30.xml emd-45309.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_45309_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_45309.png | 136.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45309.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_45309_half_map_1.map.gz emd_45309_half_map_2.map.gz | 48.9 MB 48.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45309 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45309 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45309_validation.pdf.gz | 834.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45309_full_validation.pdf.gz | 833.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45309_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45309_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45309 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45309 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9c8sMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.985 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_45309_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_45309_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase
全体 | 名称: Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase
超分子 | 名称: Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類) |
分子量 | 理論値: 238 KDa |
-分子 #1: Acetyl-coenzyme A synthetase
分子 | 名称: Acetyl-coenzyme A synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: acetate-CoA ligase |
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由来(天然) | 生物種: Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類) |
分子量 | 理論値: 77.47575 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHE NLYFQGKTEV APGVHHVHPL PDSVPESEDL FAPPPRMQGK EGRPKPHIGP NYESYVKEWA KTVGPNSDEW WAAKARETL DWYDDFKTVR AGGFEHGDVQ WFPEGTLNAA YNCLDRHYYK NPKKTAIIYE ADEPSESREV SYEELMQETC R VANVLKSY ...文字列: MHHHHHHHHE NLYFQGKTEV APGVHHVHPL PDSVPESEDL FAPPPRMQGK EGRPKPHIGP NYESYVKEWA KTVGPNSDEW WAAKARETL DWYDDFKTVR AGGFEHGDVQ WFPEGTLNAA YNCLDRHYYK NPKKTAIIYE ADEPSESREV SYEELMQETC R VANVLKSY GVKKGDAVSI YLPMTWQAAA AFLACARIGA IHSAVFAGFS AESLRDRVND CECKVLITTD EGRRGGKTIA TK QIVDAAL QQCPLVENVL VLRRTGNKVP MTEGRDKWWD EECAKMPAYC PCERMASEDP LFILYTSGST GKPKGVVHST AGY LLGTAL TLKYVFDAHP DDRFACMADI GWITGHSYII YGPLANGITT AVFESTPVYP TPSRYWDFVD KWKATQLYTA PTAI RLLRR MGEDHVKNHD LSSLRVLGSV GEPINPEAWH WYNDFAGKNQ CAIVDTYWMT ETGSISIAPL PGAISTKPGS ATFPF FGMD VDIIDPQTGQ VLEGNDVEGV LVARRPWPSI ARTVYRDHKR YLETYMKPYP GYFFFGDGAA RDYDGYMWIK GRVDDV INV SGHRLSTAEV ESALILHKGV AETAVVGCAD DLTGQAVYAF VTMKPEFDLK ATKEADLSKE LAIQVRKVIG PFAAPKK IY LVSDLPKTRS GKIMRRVLRK IVAGEGDQLG DLSSIADPQI VEEVKQKVTG SA UniProtKB: Acetyl-coenzyme A synthetase |
-分子 #2: 5'-O-[(S)-ethoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine
分子 | 名称: 5'-O-[(S)-ethoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: WTA |
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分子量 | 理論値: 375.274 Da |
Chemical component information | ChemComp-WTA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 10 mM Tris pH7.5, 150 mM NaCl, 4mM MgCl2 and 10mM DTT | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.25 µm |