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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45192 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PqqU with ligand PQQ | |||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of E. coli PqqU with ligand PQQ at 1.99 A global resolution. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | TonD-dependent / outer membrane / transporter / PQQ uptake / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli BW25113 (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.99 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Munder F / Venugopal H / Grinter R | |||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: High-affinity PQQ import is widespread in Gram-negative bacteria. 著者: Munder F / Voutsinos M / Hantke K / Venugopal H / Grinter R | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45192.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45192-v30.xml emd-45192.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_45192_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_45192.png | 189.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45192.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_45192_half_map_1.map.gz emd_45192_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45192 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45192 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45192_validation.pdf.gz | 943.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45192_full_validation.pdf.gz | 942.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45192_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45192_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45192 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45192 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9c4oMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45192.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of E. coli PqqU with ligand PQQ at 1.99 A global resolution. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map B of PqqU with ligand PQQ.
ファイル | emd_45192_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map B of PqqU with ligand PQQ. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map A of PqqU with ligand PQQ.
ファイル | emd_45192_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map A of PqqU with ligand PQQ. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of PqqU with PQQ
全体 | 名称: Complex of PqqU with PQQ |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of PqqU with PQQ
超分子 | 名称: Complex of PqqU with PQQ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: TonB-dependent outer membrane transporter PqqU in complex with its substrate PQQ. |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 78 KDa |
-分子 #1: Pyrroloquinoline quinone transporter
分子 | 名称: Pyrroloquinoline quinone transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 78.401164 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSNHHHHHHH HHHENLYFQG AMDIGINSDP ADEQTMIVSA APQVVSELDT PAAVSVVDGE EMRLATPRIN LSESLTGVPG LQVQNRQNY AQDLQLSIRG FGSRSTYGIR GIRLYVDGIP ATMPDGQGQT SNIDLSSVQN VEVLRGPFSA LYGNASGGVM N VTTQTGQQ ...文字列: MSNHHHHHHH HHHENLYFQG AMDIGINSDP ADEQTMIVSA APQVVSELDT PAAVSVVDGE EMRLATPRIN LSESLTGVPG LQVQNRQNY AQDLQLSIRG FGSRSTYGIR GIRLYVDGIP ATMPDGQGQT SNIDLSSVQN VEVLRGPFSA LYGNASGGVM N VTTQTGQQ PPTIEASSYY GSFGSWRYGL KATGATGDGT QPGDVDYTVS TTRFTTHGYR DHSGAQKNLA NAKLGVRIDE AS KLSLIFN SVDIKADDPG GLTKAEWKAN PQQAPRAEQY DTRKTIKQTQ AGLRYERSLS SRDDMSVMMY AGERETTQYQ SIP MAPQLN PSHAGGVITL QRHYQGIDSR WTHRGELGVP VTFTTGLNYE NMSENRKGYN NFRLNSGMPE YGQKGELRRD ERNL MWNID PYLQTQWQLS EKLSLDAGVR YSSVWFDSND HYVTPGNGDD SGDASYHKWL PAGSLKYAMT DAWNIYLAAG RGFET PTIN ELSYRADGQS GMNLGLKPST NDTIEIGSKT RIGDGLLSLA LFQTDTDDEI VVDSSSGGRT TYKNAGKTRR QGAELA WDQ RFAGDFRVNA SWTWLDATYR SNVCNEQDCN GNRMPGIARN MGFASIGYVP EDGWYAGTEA RYMGDIMADD ENTAKAP SY TLVGLFTGYK YNYHNLTVDL FGRVDNLFDK EYVGSVIVNE SNGRYYEPSP GRNYGVGMNI AWRFE UniProtKB: Pyrroloquinoline quinone transporter |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: PYRROLOQUINOLINE QUINONE
分子 | 名称: PYRROLOQUINOLINE QUINONE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PQQ |
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分子量 | 理論値: 330.206 Da |
Chemical component information | ChemComp-PQQ: |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 111 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: LMNG was partly removed by concentration in a 100 kDa cut-off concentrator. | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 30 mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 microliters of sample. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 実像数: 8744 / 平均露光時間: 5.22 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |