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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44971 | ||||||||||||
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タイトル | Sub-tomogram average of two pairs of RSV F trimers from the surface of native virions released from RSV-infected BEAS-2B cells cultured on EM grids | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Membrane Fusion / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sibert BS / Wright ER | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Assembly of respiratory syncytial virus matrix protein lattice and its coordination with fusion glycoprotein trimers. 著者: Bryan S Sibert / Joseph Y Kim / Jie E Yang / Zunlong Ke / Christopher C Stobart / Martin L Moore / Elizabeth R Wright / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is an enveloped, filamentous, negative-strand RNA virus that causes significant respiratory illness worldwide. RSV vaccines are available, however there is still ...Respiratory syncytial virus (RSV) is an enveloped, filamentous, negative-strand RNA virus that causes significant respiratory illness worldwide. RSV vaccines are available, however there is still significant need for research to support the development of vaccines and therapeutics against RSV and related Mononegavirales viruses. Individual virions vary in size, with an average diameter of ~130 nm and ranging from ~500 nm to over 10 µm in length. Though the general arrangement of structural proteins in virions is known, we use cryo-electron tomography and sub-tomogram averaging to determine the molecular organization of RSV structural proteins. We show that the peripheral membrane-associated RSV matrix (M) protein is arranged in a packed helical-like lattice of M-dimers. We report that RSV F glycoprotein is frequently observed as pairs of trimers oriented in an anti-parallel conformation to support potential interactions between trimers. Our sub-tomogram averages indicate the positioning of F-trimer pairs is correlated with the underlying M lattice. These results provide insight into RSV virion organization and may aid in the development of RSV vaccines and anti-viral targets. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44971.map.gz | 25.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44971-v30.xml emd-44971.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_44971_fsc.xml | 7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_44971.png | 71.2 KB | ||
マスクデータ | emd_44971_msk_1.map | 27 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-44971.cif.gz | 4.8 KB | ||
その他 | emd_44971_half_map_1.map.gz emd_44971_half_map_2.map.gz | 13.4 MB 13.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44971 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44971 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_44971_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_44971_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_44971_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_44971_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44971 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44971 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.386 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_44971_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_44971_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_44971_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human respiratory syncytial virus A2
全体 | 名称: Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human respiratory syncytial virus A2
超分子 | 名称: Human respiratory syncytial virus A2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: The strain was kindly provided by Dr. Martin L. Moore. The reference is PMCID: PMC3492879/PMID:23062737 NCBI-ID: 11259 / 生物種: Human respiratory syncytial virus A2 / Sci species strain: rA2-mK+ / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: Cells were grown in RPMI medium. |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 303 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
詳細 | Filamentous virions released from BEAS-2B cells grown and infected with RSV A2-mk+ on cryo-TEM grids. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 0.35 sec. / 平均電子線量: 2.44 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 53000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |